十一月，拓跋什翼犍命令白部、独孤部南下抵御前秦大军，均无法取胜，他又命令南部大人刘库仁率领十万骑兵再去抵抗。刘库仁，本字没根，一名洛垂。与刘卫辰同族，他的母亲是拓跋什翼犍的妹妹，后来，拓跋什翼犍又将代王宗室之女嫁给了刘库仁，任命其为南部大人。刘库仁率领代军与前秦的西路军在石子岭（内蒙古乌审旗北），展开了一场大战，结果，刘库仁率领的代军大败。此时的拓跋什翼犍病情严重，已无法亲自领兵作战，只好放弃盛乐，率众逃到阴山之北避难。可是，就在此时，臣服于代王的高车各族均趁机发动叛乱，从四面八方前来抢掠，拓跋部在阴山以北无法放牧，拓跋什翼犍只得又退回瀚海沙漠以南地区。之后，听到秦军已经退去，十二月，拓跋什翼犍又回到了云中（内蒙古托克托县）。我们知道，在公元338年拓跋什翼犍之所以得以归国，是由于弟弟拓跋孤让国的义举感动了石虎，才让兄弟二人一起回到了代国。回到代国之后，拓跋什翼犍为了报答拓跋孤，将代国一半让给了拓跋孤，然而，拓跋孤很快就死去了，拓跋孤去世之后，拓跋什翼犍并没有让拓跋孤的儿子拓跋斤继承其父的权位，而是收回了拓跋孤的原有的统治权，因此，拓跋斤十分怨恨。此时，拓跋什翼犍的世子拓跋寔和秦王拓跋翰都已经死去，拓跋寔的儿子拓跋珪年仅六岁，而慕容妃的其他几个儿子拓跋阏婆、拓跋寿鸠、拓跋纥根、拓跋地干、拓跋力真、拓跋窟咄，也都年长，但代王却没有册立世子。当时，秦军还驻守在君子津（内蒙古托克托县东南黄河渡口），拓跋什翼犍的这些儿子们每夜都手持兵刃，环绕寝宫警戒。于是，拓跋斤对拓跋什翼犍的庶长子拓跋寔君说：“大王将册立慕容妃的儿子，想要先杀了你，因此，这些天来他们兄弟们每天夜里都手持兵器，在寝帐周围巡逻，伺机将要发动。”拓跋寔君一看果然如此，就相信了拓跋斤的话，他发兵将诸弟全部杀死，又弑杀了父亲拓跋什翼犍，拓跋什翼犍死时五十七岁。当夜，那些丈夫被杀的拓跋寔君的弟媳们以及残余部众逃往君子津的秦军大营，前秦将领李柔、张蚝闻讯，率军急行军直抵云中，代王大营彻底溃散，拓跋珪的母亲贺氏带着拓跋珪逃往贺兰部，依附自己的弟弟贺讷。

苻坚询问燕凤代国内乱的原因，燕凤如实陈述，苻坚听后说：“只要是罪恶，全天下都是一样的。”于是，他逮捕了拓跋寔君和拓跋斤，将二人在长安城内处以车裂之刑。苻坚也想将拓跋珪迁往长安，燕凤请求苻坚说：“代王刚刚死去，部众离叛，王孙尚幼，无法统领部众。别部（即独孤部）刘库仁勇敢而有智慧，铁弗部刘卫辰狡猾多变，不能将代国的统治权单独交给他俩的其中一人。应该将代国一分为二，让他们两人统领。此二人之间素来有深仇大恨，谁也不敢先发动吞并对方的战争。这是秦国安定边疆最好的策略。等到代王孙长大以后，再将其立为代王，这是陛下对亡国最大的恩惠，一定会使代国君主子子孙孙都不会忘记陛下的恩德，永不背叛。”苻坚表示同意。

燕凤的建议虽然使拓跋珪没有被送到长安，但据《晋书，苻坚载记》的记载，拓跋部并没有逃脱被离散的命运，苻坚将拓跋部分散在“汉鄣故地”，设立尉、监负责部落事务，由官吏监督部众进行农业生产，三五取丁，并在三年以内不征收赋税，除此之外，苻坚还部分采纳了燕凤的建议，由于前秦氐人数量较少，无法有效地控制代地，利用铁弗部、独孤部、拓跋部以及贺兰部长期以来相互依存、又矛盾重重的关系，来维系一个相对平衡的态势，以安定前秦的北方地区。铁弗部和独孤部都可以被称为广义上的乌桓，在几个部落的领地大致如下：贺兰部在《魏书，官氏志》中被记作在神元时期纳入诸部，在前秦灭代前夕，主要在盛乐西北阴山与意辛山之间，即今内蒙古乌兰察布市塔布河以西以北地区，但游牧地区亦达代北，贺兰部与高车诸部杂处，《读史方舆纪要》记载，“意辛山在（大同府）府北塞外，亦曰意亲山。晋太元十年，代刘头眷击破柔然于意亲山。十五年，拓跋珪会燕慕容麟于意辛山，击贺兰诸部，皆降于魏。宋元嘉中，魏主焘幸意辛山，破贺兰诸部，还幸牛川。意辛山盖在牛川之北。《北史》：意辛山，贺兰部所居，逾阴山而北，即贺兰部也。”但同属贺兰部的贺赖部曾于公元357年投降前燕，被安置在代郡的平舒城（山西省广灵县）；独孤部则在盛乐的东南，以善无（山西省右玉县）为中心，盘踞在代北西边一带；西过黄河就是铁弗部。拓跋部与三部的关系都很密切，互为婚姻：拓跋珪的曾祖拓跋郁律除了有王氏为王后，又娶妻贺兰氏，生下拓跋珪的从祖拓跋翳槐，而拓跋珪的父亲拓跋寔又娶妻贺兰部。据《魏书，贺讷传》记载：拓跋珪的舅舅贺讷“祖纥，始有勋于国，尚平文（拓跋郁律）女。父野干，尚昭成（拓跋什翼犍）女辽西公主。”也就是说，拓跋什翼犍既是贺野干的舅舅，又是他的岳父，而贺野干将自己的女儿嫁给拓跋什翼犍的儿子拓跋寔，两人又是亲家；铁弗部自刘虎开始，即与拓跋部开始了长达半个多世纪的恩恩怨怨，刘虎屡遭代王拓跋猗卢的打击，公元341年刘虎死后，其子刘务桓投降代王拓跋什翼犍，拓跋什翼犍将女儿嫁给了他，后刘务桓暗通石虎，公元356年刘务桓死后，弟弟刘阏头继位，阴谋反叛，拓跋什翼犍又将自己身边的刘务桓的十二个儿子都放还铁弗部，刘务桓长子刘悉勿祈得立。刘悉勿祈立后一年左右去世，弟弟刘卫辰将刘悉勿祈的儿子们全部诛杀，夺取了头领之位，拓跋什翼犍又将自己的女儿嫁给了刘卫辰，也就是说刘务桓、刘卫辰父子均是拓跋什翼犍的女婿。然而，刘卫辰此人诡诈多变，对拓跋部时叛时降，并非真心归顺，当他看到前秦强盛以后，就投降了前秦，投降前秦后又因为掠夺前秦边民受到苻坚的指责，而背弃前秦，再投代国。苻坚派军将其活捉以后，才专心投靠前秦，被封为夏阳公，继而拓跋什翼犍开始对其发起了数次进攻；独孤部出自西晋入塞十九种之一的屠各种，与拓跋部累世婚姻，关系密切，刘库仁的母亲就是拓跋什翼犍的姐（妹），拓跋什翼犍又将宗室之女嫁给了刘库仁，后来的道武帝拓跋珪的刘皇后又是刘库仁的侄女、刘眷之女。在不同的历史时期，由于独孤部隶属于不同的部族，因而在其部落前有不同的称呼：据传说独孤部的祖先是刘秀的孙子刘伯进，战败被匈奴俘获，软禁在独山之下，其后代有一名叫尸利单于的人，自称为独孤，意思是独山之下孤独的人，据此可以认为，独孤部的族源应该是属于匈奴族，故此在西晋以前称其为匈奴独孤部；而在刘汉帝国瓦解以后，独孤部依附于拓跋鲜卑，由于拓跋鲜卑将本族以外的各族均统称为乌桓杂类，因此，在这一时期，《资治通鉴》又称这一部族为“乌桓独孤”；后来，独孤部成为北魏一个重要的部族，因此也有称为鲜卑独孤部。

为了确保北方地区的安定，秦王苻坚采纳了燕凤的建议，除了在拓跋部的基层建立政权之外，他还将拓跋部的部众一分为二，位于黄河以西的由铁弗部刘卫辰统领，以刘卫辰为西单于，督摄河西杂类，屯代来城（陕西省榆林市北）；位于黄河以东的部众由独孤部刘库仁统领，以刘库仁为陵江将军、关内侯。同时，为了牵制独孤部、以防刘库仁坐大，秦王苻坚又将贺兰部迁往东部的大宁（河北省张家口市），据《魏书，贺讷传》的记载，“讷总摄东部为大人，迁居大宁，行其恩信，众多归之，侔于库仁。苻坚假讷鹰扬将军。”等于是将拓跋部及其原有属民一分为三，不仅在政权结构上瓦解了拓跋部贵族对部众的控制力，而且在统治层面上又给拓跋部树立了三个相互制约的统治者。