二二八、平定寿春
在王猛讨伐前燕的同时，东晋大司马桓温也在讨伐寿春的叛将袁真。
桓温很早以前对皇位就怀有觊觎之心，他曾经问过术士杜炅自己的官职如何，杜炅回答：“明公位极人臣。”桓温听了很不高兴，他本来是想在伐燕中立下大功，然后，回来就接受九锡之礼，进而进行禅让。然而，事与愿违，越是想要得到的东西，越是小心翼翼地去唯恐失误，越是横生枝节，难以得到。桓温伐燕正是如此，他生怕失败，再无二十年前伐蜀之时的那种冒险精神，结果，反而大败而归，颜面尽失。襄邑惨败（史书上也说是枋头之败），让桓温失去了问鼎的政治资本，而桓温委过于人的做法，又逼反了豫州刺史袁真，因此，当务之急就是将眼皮底下的袁真消灭。
太和四年（公元369年）十月，晋豫州刺史袁真被逼投降了前燕和前秦，让东晋朝廷面临了一次真正了危机：当时，桓温将东晋的精锐部队几乎全部输光，而豫州刺史袁真就在淮河南岸的寿阳，如果，前秦与前燕不曾发生战争，任何一方派兵进驻寿阳的话，又有袁真作为向导，东晋是否还能残存尚难预料。然而，历史又一次给了东晋政权一个机会，前秦和前燕发生了大规模的战争，谁也无暇顾及寿阳的袁真，到了第二年的二月二十八日，袁真病死，陈郡太守朱辅立袁真的儿子袁瑾为建威将军、豫州刺史，并派遣自己的儿子朱乾之和司马爨（音：簒）亮前往邺城，请求前燕帝国的任命。前燕帝国任命袁瑾为扬州刺史，朱辅为荆州刺史。
听说袁真病死的消息，东晋大司马桓温即开始部署对寿春的攻击，而此时，也正值前秦王猛刚刚结束洛阳之战，也是前秦发起灭燕总攻的间隙，因此，前秦和前燕均向寿阳派出增援部队，企图解救袁瑾。桓温命令都护竺瑶、矫阳之等人，率领水军前去阻击，燕军先到，竺瑶等人在武丘（河南省沈丘县东南，曹魏甘露三年，司马昭平定诸葛诞之后，魏庭将此地改名为武丘，一说是在河南省商丘市东北）击败燕军。与此同时，桓温命令自己的侄儿、宁远将军、南顿太守桓石虔，率领各军加紧对寿阳的围攻，攻克了寿阳南城。到了这一年的八月，当前秦王猛猛攻壶关的时候，东晋桓温从广陵率领二万人马西上讨伐袁瑾，他在西上之前，为了预防万一，命令建威将军、淮南内史刘波率领五千人马驻守石头城，保卫京师。刘波是刘隗的孙子，刘隗在王敦之乱中北逃石勒，后死去，孙子刘波曾任石虎冠军将军王洽的参军，等到石虎死后，王洽以寿春投降了东晋，刘波也随之归顺，晋穆帝时被任命为襄城太守，后升任桓冲的中军谘议参军，因此，刘波应该是属于桓温的人，桓温以他镇守石头城，一方面说明了此时的桓温已经牢牢地控制了建康，能够调动建康的城防；另一方面，桓温此举也是为了防备京师异己势力趁着自己与袁瑾交战，而可能出现的不测情况，因为，桓温深知，袁瑾内心并不反对东晋朝廷，而仅仅反对的是他桓温。
桓温的主力部队抵达寿春之后，袁瑾曾经出兵与之交战，结果战败，退回城内固守待援，而桓温则将寿春城团团包围。前燕再次派出援军南下解救袁瑾，这次领军主将就是后来死去的那位左卫将军孟高，孟高的精锐骑兵已经抵达了淮北，但是，听说前秦大举伐燕的消息，孟高接到回师邺城的命令，又快马折返了邺城。
于是，前秦与前燕两国均无暇顾及淮南的袁瑾了，但是，桓温大败之后，元气远远没有恢复，因此，他不敢实施强攻，构筑壕沟将寿春围住，就这样，将寿春牢牢地围困了四个多月。到了第二年，也就是东晋简文帝司马昱咸安元年（公元371年）正月，寿春城内的袁瑾、朱辅再次向前秦王苻坚求救，此时，前秦已经灭亡了前燕，苻坚又功夫腾出手，来解救袁瑾。他任命袁瑾为扬州刺史，朱辅为交州刺史，并派遣武卫将军王鉴、前将军张蚝率领步骑两万前往救援。秦军抵达寿春城近郊之后，王鉴屯兵于洛涧（源出安徽合肥县界，北流经定远县西九址里与寿县接界，又北流至怀远县西南七十里入淮，谓之洛口），张蚝屯兵在八公山（寿春城东北部）。
王鉴、张蚝先派遣五千精锐骑兵进屯于淝水以北地区，桓温命令桓宣侄儿、淮南太守桓伊，南顿太守桓石虔等率领全军将士，趁夜在淮河与淝水之间的石桥偷袭前秦这支先头部队，遂大破王鉴、张蚝军，（《晋书，桓宣传附桓伊传》还称谢玄也参加了此战，但结合《晋书，谢玄传》的记载，谢玄似尚在闲居）秦军退屯到淮河北岸、寿春西北的慎城（安徽省颍上县）。
击退了前秦援军，桓温开始加紧攻城的步伐，一月十七日，桓温的军队终于攻陷了寿春，生擒袁瑾、朱辅等人，并将袁氏宗族数十人全部送往建康，斩于建康集市。攻下寿春之后，桓温还下令，将袁氏收养信用的数百“乞活军”全部活埋，将他们的妻子都赏赐给有功将士，这些“乞活军”均为敢死能战之士，可惜没有死于北伐的前线，而成为桓温与东晋朝廷内争的牺牲品。
桓温因平定袁瑾之功，被加班剑十人，东晋朝廷还在桓温军队回军的路上进行犒劳，随军有功将士都分别予以了赏赐。
桓温又一次立了“大功”，他对郗超说：“这次寿春大捷，是否足以洗刷枋头之败的耻辱呢？”郗超回答：“还不足以让有识之士满意。”不久，郗超去与桓温住在一起，半夜的时候，他对桓温说：“明公有忧虑没？”桓温问：“你有什么话要说么？”郗超说：“明公既然高居大位，肩负重任，天下所有的责难都将归于大人啊。如今，如果不能行废立大事、实行伊尹、霍光做过的，就不足以树立威望、镇抚四海，这难道不是值得深思的吗？”桓温本来早就有废立之心，郗超此言正合他的心意，于是，一场废黜海西公、另立司马昱的阴谋开始紧锣密鼓地进行起来了……