一路上陈独秀躺在上铺很少开口，有时喃喃自语，但也只有一句话：“中国革命应该由中国人自己来领导。”他这时虽然只有48岁，可他那副沉闷、执拗的神态，已象是一位垂暮之年的老人了。
陈独秀被免去共产党总书记职务后，几次致信中共中央，提出建议。时任中共江苏省委组织部长的陈乔年，十分同情父亲的遭遇，也部分赞同他的观点。但他对父亲与党中央之间的矛盾很感为难。有一次陈乔年劝告陈独秀不要再给党中央写信了，因为中央里有些人把他的意见“当作笑话到处宣传”。于是，陈独秀听了乔年的话，在较长一段时间里不再给中共个中央写信。
八七会议后，陈独秀在中共中央机关刊物《布尔什维克》发表文章，署名 “撒翁”，郑超麟说：“我猜想署名表示他撒手不再领导中国共产党之意。”
毛泽东后来评判道，陈独秀的“动摇的机会主义，在继续妥协显然意味着灾难的时刻，使党失去了决定性的领导作用和自己的直接路线”，“对于失败应负最大责任的是俄国首席政治顾问鲍罗廷”，罗易则“站在陈独秀和鲍罗廷两人左边一点点，可是只是站在而已”，提不出“任何实现( 挽救)的办法，总之，罗易是个蠢货，鲍罗廷是个冒失鬼，陈独秀是个不自觉的叛徒”。
托派
中共六大结束后，王若飞、王懋庭、项英、李富春等人支持陈独秀复出，李富春等江苏省委干部因反对李立三关于改组江苏省委的决定，甚至宣布“独立”。对此，陈独秀既不支持也不反对，他对汪泽楷说：“我不来，我要来时就另外创造一个新党。”
1928年11月，斯大林在莫斯科接见瞿秋白和张国焘时，问道：“陈独秀是否能找到必需的钱和获得其他的条件来办一张报纸？”言下之意是担心陈会以办报的形式来反对共产国际。张国焘回答是：“陈独秀办不起一张有力量的报。他做了这么些年的著名的中共领袖，其他的社会关系早已断绝了，现在似乎没有人敢于支持他办报。一般人看来，他仍是一个不折不扣的著名共产党员，因此，他之不能从事公开的政治活动，是很显然的。”
自1929年开始，陈独秀接受了托洛斯基主义。8月，陈与“我们的话派”（注：由托派留苏学生被遣送回国后于1928年在上海成立的第一个托派组织）接触，希望加入该组织。但我们的话派主要成员不但不欢迎陈等人，反而对他们很是厌恶，讽刺说：“这些没有出路的老机会主义者向我们托派投机了。”
加入我们的话派未果后，陈独秀开始自行组织托派组织。中共中央发觉后，对陈提出警告，要求陈“一月内作篇反对反对派的文章，并编入中央直属支部中参加党的生活”，陈认为中共中央的要求是“发狂闹的笑话”，他也复函针锋相对地对中共中央“作一次最后的警告”：“我现在正式告诉你们：在你们，绝对没有理由可以开除发表政治意见的任何同志……因此造成党的分裂，是应该由你们负责的！” 11月15日，中共遵照共产国际的意见，通过了开除了陈独秀、彭述之、江泽楷、马王夫、蔡振德五人党籍的决议。
12月15日，陈独秀等人在上海正式成立托派组织“中国共产党左派反对派”（又名“无产者派”），并很快发展至百人。共产国际遂开始改变对陈独秀的策略态度，致电陈称：“决定予你以机会来参加本政治书记处审查中国共产党中央开除你的党籍决定的会议。”陈独秀再一次表示拒绝，他给共产国际的回信道：“我的问题不是一个简单的个人问题”，如国际“不肯正式公布于各国支部加以讨论”托洛茨基的主张，那么我和国际之间的“不可调和的不同意见”，就“决不是调我个人到莫斯科便可解决的”。
无产者派的内部矛盾很快尖锐起来，彭述之不久便与陈独秀发生矛盾。当时何资深说彭是个“纸老虎”，陈独秀说：“不是纸老虎，是烂西瓜。纸老虎里面不过空无所有而已，烂西瓜表面很好看，剖开之后喷出一阵恶臭。”此后，无产者社常委每次开会必定发生激烈吵架。
1930年4月，托洛茨基委托陈独秀出面统一中国托派组织。经过陈的努力，5月1日至3日，统一大会秘密召开。“无产者社”的李仲山拿出一件猞猁皮大衣，典当得二百多元，充作大会经费，在上海大连湾路租了一幢房子，让王茨槐带着妻子、女儿住进，掩护开会。为了保密和安全，在这三天中，除了陈独秀一人外，所有代表都要住在会场内，开完会之后才能出去。大会上，陈独秀被选举为书记。
统一大会结束后，陈独秀给托洛茨基拍了一个电报，喜气洋洋地告诉他：他的中国同志正完成了一个有意义的开端，布尔什维克——列宁派的旗帜不久就将飘扬在全国。
然而大会甫一结束，内部便矛盾重重。由于陈独秀的文章说红军是“土匪”，所以青年托派对他写的文章不放心，认为他已是总书记，对外便代表整个托派的观点，因此要求他写的文章发表前最好让大家看看，同意后再发表。陈对此大发脾气，说：“文章象人一样，要有个性，大家同意，就没有个性了，还写什么文章！”
大会结束不久，梁干乔、陆一渊等四人即跑到南京加入军统，并公开发表声明，声称共产主义不符合中国国情。而马玉夫因未当上“中委”，竟去国民党龙华警备司令部告密，致使13名托派成员被捕，其中包括除了陈独秀、彭述之和罗汉之外的托派统一组织全部中央委员和候补中央委员，托派统一组织的常委仅剩陈独秀一人。此时距离托派成立大会结束仅20天。陈独秀哀叹说：“我不识人！”
1932年春天的时候，原托派“中委”濮清泉、宋逢春因狱中时疫流行，保外就医。陈独秀召集二人与彭述之、罗世潘共五人成立临时中央委员会。但是年10月15日，彭述之等四人到秘书谢少珊家中开会，中统特务跟踪濮清泉至，将他们全部逮捕。陈独秀因病未出席这次会议，本可幸免，但由于唯一知道他住址的谢少珊的出卖，他也于晚上被捕。因谢的出卖，另外五名托派骨干被捕，包括编辑托派机关报《火花》的曾猛，被捕当时他正印刷第13期《火花》。至此，托派中央被一网打尽。事后，因招供有功，谢少珊未被起诉，加入了“中统”，更名“谢力功”。
1934年下半年至1935年初，刘仁静等人趁陈独秀在狱中的机会，将1931年至1932年托派中央的文件翻出来，批判为“彻头彻尾的机会主义”，要陈独秀承认错误，陈坚决拒绝，于是，托派中央便将陈开除出托派。