沉潜
1903年，马一浮20岁，清政府驻美国使馆留学生监督公署需要一位中英文基础俱佳的人担任秘书。经过严格挑选之后，最后挑中了马一浮。六月，马一浮来到了美国北部的圣路易斯，任驻美使馆留学生监督公署中文文牍。在美国整整一年间，马一浮没有进入学校接受那种教育体制下的既定教育，而是在文牍工作之余买书、译书、读书，按照自己的习惯喜好，自由自在地选择自己要读的著作。
从西方国度归来，马一浮开始认真总结及消化西学理论和西方文艺，与少年时代的游学同伴谢无量一同隐居在江苏镇江焦山海西庵。他把塞万提斯的名作《唐�6�1吉诃德》翻译成中文，题为《稽先生传》，刊登在《独立周报》上。
在国外的两年，让马一浮逐渐认识到，西方思想并不能真正解决中国的问题，希望循着西学之路来解救中国，是行不通的。只有重兴中国固有的学术传统，以心性之学来转移社会风气，矫正人们的思想，才是正途。
1905年底，马一浮到杭州，寄居在杭州西湖广化寺。他天天到文澜阁读《四库全书》。此期间，马一浮3年足不出户，潜心国学，尽读文澜阁所藏《四库全书》。
1911年，马一浮回国，他赞同孙中山领导的辛亥革命，常撰文宣传西方进步思想。辛亥革命后，潜心研究学术，于古代哲学、文学、佛学，无不造诣精深，又精于书法，合章草、汉隶于一体，自成一家。
马一浮青年时，与同乡马君武、马叙伦游，风华正茂，“各自负以天下为任”，然而不久后，马一浮“即自匿陋巷，日与古人为伍，不屑于世务。”大约从1912年或1913年起至1937年抗日战争爆发之前，他一直在杭州，孑然一身，身居陋巷，潜心研究儒、释、道等中国传统文化。
马一浮曾赴南洋考察，见到当地华侨以儒学为国教，不废经学，两相对照，感慨万千，作《新加坡道南学堂记》。回国后，他愈发埋首国学，并开始涉及佛教。
马一浮是一位第一流的诗人和书法家。他已出版的诗集有《蠲戏斋诗前集》、《避寇集》附《芳杜词剩》、《蠲戏斋诗编年集》等，总称之为《蠲戏斋诗集》。
丰子恺在其随笔《陋巷》一文中，称马一浮为“今世的颜子（渊）”，在记述他1933年第三次去马一浮居处访问时的感受（第一次是在二十年前）说：“先生照旧孑然一身地隐居在那陋巷的老屋里，两眼照旧描着坚致有力的线而炯炯发光，谈笑声照旧愉快。”
抗战胜利后，马一浮回到了杭州的陋巷，重新隐居林下，唯主持智林图书馆，继续选刻古书。
解放后，马一浮担任过浙江省文史馆馆长、全国政协委员等职。但遵照周总理的指示，不以俗务打搅，让他在杭州家中（花港蒋庄）安心著书立说，颐养天年。
1957年，周恩来陪同苏联领导人伏罗希洛夫访问杭州，特意将他带到蒋庄访问马一浮，并向他介绍说，“马一浮先生是我国著名学者，是我国惟一的理学家。”会见中，伏罗希洛夫问马一浮：“您在研究什么?”马一浮说：“读书。”又问：“现在做什么?”回答说：“读书。”伏氏想请他出去走走，他又以“恕不奉陪”婉拒。
学说
马一浮认为：“国学者，六艺之学也。”这里的“六艺”是指诗、书、礼、乐、易、春秋，也就是“六经”。但马一浮更喜欢用“六艺”这一名称，因为它不仅是呆板地指六部经典，而是广义地指六类或六个部门的文化学术或教化。他认为：“此（六艺）是孔子之教，吾国二千余年来普遍承认，一切学术之原皆出于此，其余都是六艺之支流。故六艺可以该摄诸学，诸学不能该摄六艺。”
马一浮还认为，“六艺”也可统摄西来的一切学术。简而言之，“自然科学可统于易，社会科学（或人文科学）可统于春秋”，“文学艺术统于诗乐，政治法律经济统于书礼”。换一角度说，西方学术文化无非统摄于真、善、美三种价值，这也都包含于六艺之中。“诗书是至善，礼乐是至美，易春秋是至真。”总而言之，“全部人类之心灵，其所表现者不能离乎六艺也；全部人类之生活，其所演变者不能外乎六艺也”。
马一浮推崇中国文化，他说：“今人舍弃自己无上之家珍而拾人之土苴绪余以为宝，自居于下劣而奉西洋人为神圣，岂非至愚而可哀！”
马一浮反复声说：“一切道术皆统摄于六艺，而六艺实统摄于一心，即是一心之全体大用也。”又说：“天下万事万物不能外于六艺，六艺之道不能外于自心”，“六艺之本，即是吾人自心所具之义理”。因此，在文化、学术上如果“不知反求自心之义理，终无入头处”。
马一浮认为，只要“天地一日不毁，此心一日不亡，六艺之道亦一日不绝。人类如欲拔出黑暗而趋光明之途，舍此无由也”。更说：“国家生命所系，实系于文化，而文化根本则在思想。”
马一浮十分推崇《论语》一书。他认为，《论语》一书，其大义“无往而非六艺之要”。他说：“《论语》有三大问目：一问仁，一问政，一问孝。凡答问仁者，皆诗教义也；答问政者，皆书教义也；答问孝者，皆礼乐义也”。而“易为礼乐之原，言礼乐则易在其中”；“春秋为诗书之用，言诗书则春秋在其中”。又，他举出《论语》中的“朝闻道，夕死可矣”章为“明生死之故”；“子在川上曰：逝者如斯夫”章为“于迁流中见不迁，于变易中见不易”；“予欲无言”章为“显性体本寂而神用不穷”等，为“易教之大义”。“正名”则为“春秋大用”之要。
马一浮说：“六艺之旨，散在《论语》，而总在《孝经》。”因此，他也十分推崇《孝经》一书。他认为，“六艺皆为德教所作，而《孝经》实为之本；六艺皆为显性之书，而《孝经》特明其要。故曰，一言而可以该性德之全者曰仁，一言而可以该行仁之道者曰孝。此所以为六艺之根本，亦为六艺之总会也。”
马一浮认为心、思想是一切文化学术之根本，“不知反求自心之义理，终无入头处”。因此，他反复强调中国文化的根本精神即在于“发明自心之义理”，而且说：“须知教相多门，各有分齐，语其宗极，唯是一心。从上圣贤，唯有指归自己一路是真血脉。”
马一浮不仅主张破除程朱陆王的门户之见，而且主张破除儒佛、儒道、佛道，以及儒、佛、道内部的种种门户之争。他认为，“末流之争，皆与其所从出者了无干涉”。一些人所以斤斤于派别门户之争，都是由于他自己的“局而不通之过也”。他对于儒释道的融会，可说是已达到了“圆融无碍”的境地。他能“随意拈取老、庄、释典以阐扬儒家宗旨，不惟不陷于牵强附会，且能严格判别实理玄言，不致流荡而无归宿”。
马一浮的教育宗旨是“复性”。“复性”，是唐代李翱作为修养论提出的。马一浮继承了这一思想，并上升为教育的宗旨，还用“复性”来命名其创办的书院——复性书院，足见“复性”之重要。
马一浮认为要挽救儒家道德和人心，挽救国家，作为儒生只有通过研究儒术，讲述和弘扬儒术去达到。1905年底，马一浮从镇江回到杭州后，在给其舅父何稚逸先生的信中就谈了这个宏伟的誓愿：“窃惟王迹中迈，九洲云拢。群鹿竞逐，黔首愁苦。将欲雍容决策，咄嗟树义，却虎狼于西土，驱狐鼠于中原，使功高泰山，国重九鼎，斯非常之烈，魁桀之事，非介夫素士所能预……甥虽不敏，窃有志于二宗。欲为儒宗著秦汉以来学术之流派。为文宗纪羲画以降文艺之盛衰。将以汇纳众流，昭苏群惑。悬艺海之北辰，示儒术之总龟，振斯道于陵夷，继危害于将绝。体制草创，篇帙未具，并力缀辑，皓首为期。贮以铁函，藏诸石匮，亦经甘樵苏之弃，未敢希国门之悬耳。”
马一浮十分重视读书的方法，他的《读书法》是他教育思想的重要组成部分。马一浮在复性书院开讲时，专门讲了《读书法》一讲。在《读书法》中，他不仅阐发了格物致知的理学思想，还着重论述和总结了读书的方法和经验。马一浮认为，读书须先调心，也就是要定心，要集中精力。他说：“欲读书，先须调心。心气安定，自易领会。若以散心读书，博而寡要，劳而少功，必不能入。以定心读书，事半功倍。随事察识，语语销归自性。然后读得一书，自有一书之用，不是泛泛读过。”马一浮在《读书法》中，不仅谈了读书须先调心，还反复谈了读书一定要穷理、穷理要切己用力。他说：“学必资于读书，而但凭读书，实不足以为学。学有闻见之知和德性之知。闻见之知，亦有浅深、小大、邪是不同，然俱不是真知。德性之知，方是真知。”
马一浮认为，读书之道应该从四个方面去努力：一曰，通而不局；二曰，精而不杂；三曰，密而不烦；四曰，专而不固。他说：“通，则曲畅旁通而无门户之见。精，则幽徽洞彻而无肤廓之言。密，则条理谨严而无疏略之玻专，则宗趣明确而无泛滥之失。不局，不杂，知类也。不烦，不固，知要也。类者，辨其流别，博之事也。要者，综其指归，约之事也。读书之道，尽于此矣。”