1971年，九十高龄的马寅初开始便血。北京医院诊断可能是直肠癌，家属和医院在手术还是化疗的问题上产生了分歧。为此马寅初的夫人就向国务院打了一个请示报告，周总理见到报告后立即批示：病人自己愿意动手术，家属也同意，医院应以手术方案为主，请天津王大夫主持会诊，以后情况还要向他本人汇报。这个批示当天就下达到北京医院。从此，卫生部专门为马寅初组织了一个专家会诊小组。1972年5月，在周恩来的亲自关心下，有关方面为马寅初安排了周密的手术方案。手术相当成功，马寅初因此又多活了十年。后来马寅初常说：“周恩来是我的救命恩人，他两次救了我，一次是194２年，一次是1972年。”前一次使他摆脱了困境，这一次使他渡过了病魔的折磨。
1975年夏天，周恩来总理在自己重病缠身的情况下依然惦记着马寅初，关心他手术后的情况和用药。周恩来还派出自己身边的两位保健大夫上门为马寅初治病。周恩来细致入微的关怀使得马寅初及家人备感温暖。
1976年1月8日，周恩来总理逝世的噩耗传来，马寅初连续数日沉默不语。1月11日，马寅初接到通知去参加周恩来遗体告别仪式，他一早起来，饭不吃，水未进，就在家人的陪同下来到吊唁大厅。当见到周恩来的遗体时，坐在轮椅上的马寅初老泪纵横，默默地向周恩来遗体鞠躬行礼。马寅初随着吊唁的人群绕遗体一圈后仍然不肯离去，工作人员只能让马老再绕一圈。走出吊唁大厅，马寅初再要子女扶着他回来，深情地向周总理的遗体鞠了三个躬。马本寅说，此时此刻父亲可能想到了所有与总理见面时的情景，或许他只有选择这样的方式才能表达自己毕生对总理的感激之情。
仁厚
马寅初小时候非常爱吃嵊县家乡所炸油条，它在制作上只用少许面粉，把内芯炸空，一节一节像气泡一样，吃起来特别酥脆。后来他回国当了教授，回乡发现儿时炸油条的朱师父仍在操作，因为资金有限，一次只能付3斤菜油、10斤面粉的钱，很是同情；就付了一年的油钱和面粉钱。嘱咐说当朱师父购买时，就不收钱；但每次只能取3斤菜油、10斤面粉，也不准换现钱。他知道朱爱喝酒，怕他拿去换酒喝。
1955年8月，北京大学发生一起学生死亡的意外事故。睡在上铺的一位上海籍学生黄柏松半夜从上铺摔了下来，送到医院抢救无效死亡。两天之后，黄柏松同学的父母从上海赶来，马寅出亲自接待，安慰家长。同时，学校马上给每个双层床发绳子，说是接高教部紧急通知，必须为所有没有防护装置的双层床安装防护设备，现在先用绳子临时防护。宋运郊说，从一个学生的事故，到校长关怀，再到高教部的紧急通报，不过一两天的工夫。当年没有手机没有网络，沟通传播之快，对人的关怀，令人佩服。由此可见马寅初对学生的关怀。
宋运郊回忆马寅初，刚到北大“之后一两天的下午，马老来到我们住的小饭厅逐一查看我们的床铺，这是我们第一次见到校长。他沿着走道不时翻开被褥细看，还问我们夜里冷不冷。那年我十七岁，血气方刚，连忙说不冷不冷，想不到犯了众怒，旁边连忙有人纠正我说，这么大的屋子，已经是9月了，我们从南方来的感觉是有点冷，他是北京的学生，年纪又小，还不知道什么是冷呢。这时马老说，年年增招许多学生，宿舍不够，年年建设新楼，再有不多日子新宿舍楼完工了，大家就可以进楼了。说完，马老侧过身来对随行的人说：请总务处的同志去城里租些被子来，给大家添被，千万不能冻着他们。当天傍晚就运来了一大批棉被，挨床分发，一床一条，好像也没有签字登记之类的麻烦，进楼前归还棉被时只是把它们留在空床上，也没有清点数目追查责任之类的纠葛。马老说到就做，校长言出职能部门必随，虽说有棉被一大批，人人秉公办理没有贪渎劣迹，这是我看到的马老治下的当年北大效率。”
马寅初很关心学生食堂的工作。一次宋运郊正在低头吃饭，那天吃的是肉片白菜，忽然有人伸手接他的筷子，他抬头一看是马寅初，立马递过筷子给他，心里却还疑惑他为什么要我的筷子。马寅初接过筷子就在他的碗里挑起肉片来，把肉片全都挑在一边后，大概知道了肉片的数量，然后问我：这是什么菜，多少钱？宋告诉他这是肉片炒白菜，两毛钱，他听了后微微点头说：还可以嘛。还有一次是宋运郊在食堂吃山鸡，一毛五一份，鸡肉块很多，马寅初进门后走过宋运郊他们所在的餐桌前，看见他在吃鸡肉连忙问我，你吃的是什么？宋回答说这是山鸡。马寅初不解，又问“山鸡”是什么？宋运郊解释说，山鸡就是南方人说的野鸡。他又问，那为什么不叫野鸡而叫山鸡？宋运郊感到了一种童心，连忙说，北方人不兴说野鸡，因为那是妓女的别称。他哦哦两声，这才结束了餐桌讨论，问过价格之后又问口味如何，宋运郊说还可以。他最后的问题是：哪里来的这么多野鸡呀？宋运郊告诉他可能是北大荒开垦带来的，听说整车皮地进北京呐。他点头说：这就很好，很好，不贵不贵。缓缓地离开了食堂。宋运郊不仅看到校长的关怀，还看到了一个老人的求知童心。
一次，宋运郊在小饭厅的南头吃饭，马寅初进来了，问同学们吃的什么，好吃吗，营养够不够。快考试了，吃这样的饭菜能够应付考试吗？不久就学校统一发给每个同学一大张红纸的餐卷，分30个小格，每格1角钱，这是考试期间的餐费补助。
1956年，北大学生因举办鲁迅逝世20周年活动，提议让鲁迅的夫人许广平到北大演讲。马寅初应允。但是，演讲当日，马寅初却并未出席会议。事后，学生都好奇马寅初为何失约。有人问到校长办公室主任高望之，不料得到的是当头棒喝：你们还是北大的文科学生呢！后来学生们才明白，因为三十年代马老和鲁迅先生在观念上有分歧，有过笔墨官司，故马寅初才没有到会。但为了满足同学们的要求，马寅初还是答应让许广平来北大进行演讲。