1963 年，熊十力七十九岁，元旦开始动笔起草《存斋随笔》。
1964 年 12 月，熊十力赴京出席四届政协一次会议并列席人大三届一次会议。其间，陈毅曾来看他，并对在场的熊氏后人说，你爸爸是书呆子，让他写，把他的学术思想都写出来。郭沫若也来看望熊先生，谈到《存斋随笔》印行的种种困难。郭沫若也有苦 衷，不便宜说。熊十力知此书印行已无望，说如果印若干本留存也不行，请退稿。1965 年初，熊十力收到退稿后，请封用拙(熊的文书)再钞一份留存。
老友韦卓民上海看望熊十力，一见面熊就号陶大哭，使韦深觉不安。
1965年夏，弟子习傅裕去看望老师熊十力时发现，熊先生明显地衰老了，目光不再如以前那般如炬，谈吐不再像以前那般滔滔，情绪也不再像以前那么激昂了。他一人独坐屋中，身穿褐色长衫，扣子全无，只用一麻绳作腰带，状若老僧。屋内墙上挂着三个大字书写的君师帖，从墙头一直贴到天花板，孔子居中，左右是两位王先生：王船山和王阳明。
王元化在《熊十力二三事》回忆说：“我曾向他请教佛学，这时他已由佛入儒。在他起居室内，有三幅大字书写的君师帖。一居中，从墙头直贴到天花板上，上书孔子之位。一在右，从墙头往下贴，上书阳明先生。一在左，也从墙头往下贴，上书船山先生。他听我要学佛学后说：“你学佛学做什么？现在没有人学这个了。””
文丨革丨一开始，熊十力对红卫兵上街“破四旧”，随意闯入别人家中抄家，到庙宇教堂砸神像烧经书，十分反感，曾上书***表示反对。他给**领导人写信，但是信去如石沉大海，没有回音。
幻灭（三）
文丨革丨中，熊十力被抄家，造反派冲进各个房间，将熊十力多年来珍藏的古代书籍、经卷、字画、手稿等等，或撕毁或焚烧。熊十力视书如命，上前想从火堆中抢出一些古籍孤本，被人推倒在地。
北京一○一中学红卫兵追寻到上海青云路，审问熊十力，问他知不知道***当年在庐山白鹿书院时有甚么反动活动等等。熊十力一律回答“不知”二字，因被视为态度顽固又受批斗。
文丨革丨期间，熊十力对“左”的一套极为反感，却又无可奈何。他晚年为自己订有“三戒”：不出门、不会客、不写信，衰年求静，聊以卒岁。在万般悲苦中，他曾作一联寄友人：“衰年心事如雪窖，姜斋千载是同参。”
后来，由于抄家、批判等变故，熊十力精神有些错乱，不断给中央领导写信，还经常写很多纸条贴在裤子上、衣帽上、门窗上，连裤袜之上，都写着对“文丨革丨”的抗议。为此他常常在街上遭人围攻，他却依然我行我素。
1966年夏，当熊十力在《人民日报》上看到《横扫一切牛鬼蛇神》一文时，伤感至极。他不断地给中央领导人写信，硬让家人寄出去，还经常写很多小纸条，甚至在裤子上，袜子上都写着对“文丨革丨”的抗议。他常常穿着一件褪了色的友布长衫，扣子全无，腰间胡乱地扎一根麻绳，独自一人到街上去或公园里，跌跌撞撞，双泪长流，口中念念有词“中国文化亡了！中国文化亡了！”直到实在走不动了，才坐到地上休息。这时，悄悄尾随于后的小女婿（熊再光的丈夫彭亮生）才敢露面（熊十力不让家人跟着他出来），搀扶着他，慢慢地走回家去。
1968 年，熊十力在家曾绝粒求死，后改为减食，以求速死。但此时他在仍不停地写书，写了又毁，毁了又写。春夏之交，熊十力又患肺炎，病后不肯服药，送医院前已发高烧。在虹口医院治疗后基本好转，但他习惯于一清早开窗，又患感冒。由于他病体衰弱，心力衰竭，抢救不及，于 5 月 23 日上午九时与世长辞，终年八十四岁。
熊十力先生逝世这年，身居台岛的牟宗三似有感应，在这年的三月写了一篇怀念老师的文章，他在文中深情地说：“我常瞻望北天，喃喃祝问：‘夫子得无恙乎？’他住在上海，究竟能不能安居乐业呢？今已八十多岁，究竟能不能还和当年那样自由讲学、自由思考呢？我们皆不得而知……”
传承
熊十力的全部工作，简要地说，就是面对西学的冲击，在儒学价值系统崩坏的时代，重建儒学的本体论，重建人的道德自我，重建中国文化的 主体性。他的学生唐君毅、牟宗三、徐复观正是在他的精神感召之下，沿着他开创的精神方向和他奠立的形上基础而加以发皇、扩展、深化、扬弃的。学界把他们师弟视为现代新儒学思潮的中坚。
牟宗三与唐君毅，徐复观同为熊十力的三大弟子，但要数牟宗三跟随熊十力的时间最久，受教也最多。
牟宗三曾说：生我者父母，教我者熊师，知我者君毅兄（唐君毅）也。
吴森先生评论说：从牟氏自述学思的经过，影响他一生为学及思想最大的是熊十力先生。从熊先生的学术和人格里他才体会到生命和价值的意义。没有熊先生的启发，牟氏可能一辈子治逻辑及认识论而不会折返儒家的道路。这大转变，就像圣保罗的归于基督。保罗后来成为教会的殉难者。牟氏也成为现代儒家思想的一大支柱。这种走曲折险阻而成功的路，在现代中国的思想界，似乎未有第二个例子。
牟宗三对熊十力哲学及其以前的中国哲学作了批判地继承。牟宗三所继承的不是熊十力的哲学系统，而是熊十力的哲学精神。熊十力从生命格范与哲学精神上极大地开启了牟宗三；牟宗三在生命格范与哲学智慧上继承、高扬、拓展和推进了熊十力。
熊十力有二女一子：长女幼光，在北京航空学院退休，次女是再光，现在上海居住。其子世菩，曾就读西南联大，后在上海船舶研究所任职，已去世。其子有二子二女，两女孩名分别为“原”、“儒”。而二子各育一女，命名又为“明心”、“明宗”；也是后辈对老人的纪念。据说其曾孙女熊明心是上海复旦哲学系硕士生，免试推荐去德国读书。