礼遇
蒋介石对钱穆礼遇有加，以至于蒋、钱关系，一直众说纷纭，钱穆为此也不少挨骂。
抗战时，钱穆就数度于四川会见蒋介石，谈及理学与历史，蒋托钱穆编写《清儒学案》，邀他到重庆中央训练团演讲，素有交情。
1949年国民党军队兵败如山倒之际，钱穆是主张蒋介石应下野的人士之一。日后，蒋介石却对钱穆礼遇有加，甚至公开说，或许钱穆等人当时所言，“对国事是有利的”；为表达对钱穆的敬重，蒋介石在面见钱穆时，特别将中山装改为一袭长袍；钱穆对朱熹与王阳明学说的专精，与崇尚王阳明的蒋介石更是一拍即合。
钱穆曾回忆他与蒋介石的见面：第一次召见面，“谈话不到数分钟，已使我忘却一切拘束，权畅尽怀，如对师长，如晤老友，恍如仍在我日常之学究生活中。”第二次蒋介石设宴，“餐桌旁备两座，一座背对室门进口，一座在右侧，我见座椅不同，即趋向右侧之座，乃总统坚命我坐背向室门之座。我坚不敢移步，总统屡命辍。旁侍者告我，委员长之意，不可坚辞。余遂换至背室门之座。侍者见我移座，即将桌上预放两碗筷互易，我乃确知此座乃预定为总统座位，心滋不安，但已无可奈何。”
钱穆创办新亚书院后，蒋介石不但亲自邀请钱穆来台一叙，由宋美龄、蒋经国招待，同时指示台湾行政当局每月拨给港币三千元，供新亚纾解资金困境，前后长达四年，直到耶鲁大学提供新亚书院补助为止。
1950年之后，钱穆大约每年受邀到台湾演说或与蒋介石小叙，蒋经国多会作陪，与钱穆建立一定交情。钱穆曾考虑在台兴办新亚分校，但因未获国民党支持，不了了之。
1966年文化大革命，让身在海岛一隅的蒋介石兴起对抗的念头，发动“中华文化复兴运动”隔海别苗头。为将台湾建设成国际汉学的中心，蒋介石礼贤下士，力邀散居海外的大师级人物返台，钱穆称许此举是“自辛亥以来最大的一件事”，自己也成为蒋介石极力敦请的对象。除钱穆之外，在美国的林语堂，侨居巴西的张大千，也是指针性人物。
因有蒋介石的盛情邀请，加上香港情势丕变，形成新一波难民潮，左派抗争不断，政局不稳，刚发表《四书道贯》，被视为一代儒宗的钱穆先于1967年5月应中大新亚书院学生之请，返港演讲“五四运动”，8月决定赴台定居，10月，七十三岁的钱穆偕夫人胡美琦迁居台北，终老于此。
移居台湾之初，钱穆先住进台北市区的“自由之家”，继租居于台北金山街，在蒋介石的高度礼遇下，国民政府拨出位于台北外双溪东吴大学旁的土地，并拨公款建屋，供钱穆夫妇居住。这栋雅致的别墅式两层楼房，正是大名鼎鼎的“素书楼”。故宫博物院特聘他为研究员，不仅让钱穆免于为生活发愁，亦得以遍览四库全书等重要典籍，安心创作。
蒋介石死后，钱穆自称“内心震悼，不知所措。日常阅览写作，无可持续，惟坐电视机前，看各方吊祭情况，稍遣哀思”。
1986年，在蒋经国的邀请下，九十二高龄的钱穆受聘为总统府资政。为表达对钱穆的敬重，蒋经国特委由总统府秘书长沈昌焕，亲到素书楼致送聘书，一时传为美谈，显示两蒋对一代儒宗的高度尊重。钱穆则说，在他之前从无学者出任资政的前例，他是为知识分子开这个先例。
李敖看不惯钱穆为蒋介石歌功颂德的态度，他说：“试看钱穆写的《总统蒋公八秩华诞祝寿文》，歌颂蒋介石是‘诚吾国历史人物中最具贞德之一人。禀贞德而蹈贞运，斯以见天心之所属，而吾国家民族此一时代贞下起元之大任，所以必由公胜之也’。肉麻兮兮，已是全然无耻，知识分子反动到这步田地，真大令人失望矣！回想钱穆当年给我写信，标榜‘学问’与‘德性’的关系，如今‘学问’竟不能阻止‘德性’的沦落，我真忍不住为他悲哀！”并且说：“历史上，真正的‘一代儒宗’是不会倒在统治阶级的怀里的！”
主张
钱穆说：“当我幼年，在前清时代，就听有人说，‘中国不亡，是无天理。’在我幼小的心灵里，不禁起了一番反抗之心。”这种反抗之心便成了他后来治学的动力，“莫非因国难之鼓励，爱国之指导。”
钱穆是靠自学名世的，通过十年乡教苦读，他探索出一套独特的治学方法和治学门径。他认为中国传统文化的精髓就在儒学。
钱穆主张多读书勤思考，触类旁通，认为中国治学与西方不同，西方学问分门别类，互不相关，中国学问分门不别类。经史子集四部，是治学的四个门径，入门后，触类旁通，最后融而为一。
钱穆主张现代中国人必读九本传统经典——《论语》、《孟子》、《大学》、《中庸》、《老子》、《庄子》、《六祖坛经》、朱熹《静思录》，以及王阳明《传习录》——才能领略故人先贤的文化抱负。
钱穆在晚年多次强调，国民必需认识自己国家的历史，否则不是合格的国民。
抗战时期，钱穆在西南联大撰写《国史大纲》，他特地提出应把“我国家民族、已往文化演进之真相，明白示人，为一般有志认识中国已往政治社会文化思想种种演变者所必要之智识”，作为修撰新通史的必备条件。
钱穆在编写《国史大纲》时，提倡“国民当知国史”，确信知“国史”方能建“信仰”。他说：“一、当信任何一国之国民，尤其是自称知识在水平线以上之国民，对其本国已往历史，应该略有所知。二、所谓对其本国已往历史略有所知者，尤必附随一种对本国已往历史之温情与敬意。三、所谓对其本国已往历史有一种温情与敬意者，至少不会对本国已往历史抱一种偏激的虚无主义，亦至少不会感到现在我们是站在已往历史最高之顶点，而将我们当身种种罪恶与弱点，一切诿卸于古人。四、当信每一国家必待其国民具备上列诸条件者比数渐多，其国家乃再有向前发展之希望。”
1931年，钱穆的《国学概论》出版时他在“弁言”中写道：学术本无国界。“国学”一词，前既无承，将来亦恐不立。特为一时代的名词。其范围所及，何者应列国学，何者则否，实难判别。本书特应学校教科讲义之需，不得已姑采梁氏清代学术概论大意，分期叙述。
据钱穆的学生吴沛澜回忆，他在大学一年级时上了钱穆的“中国通史”，也读了顾颉刚《古史辩》七册。他更欣赏顾的观点，并以此为出发点，写了一篇长文。但给钱穆看了以后，钱穆“加以批评，态度严肃，声色俱厉，历时亦长”。
钱穆说：“中国为世界上历史最完备之国家”，其表现有三：一“悠久”，二“无间断”和三“详密”。
钱穆维护中国文化，他说：“若一民族文化之评价，与其历史之悠久博大成正比，则我华夏文化，于并世固当首屈一指。”
钱穆晚年多次指出，中国人对中国文化失去信心是中国文化的最大危机，学校教育偏重自然科学，崇洋蔑己，更是中国文化的隐忧。他强调，中国从无帝国主义侵略他国的文化传统，向来推崇“不嗜杀人者能一之”，才是真正的世界性和平观。
西安事变发生后，国人都十分关心，上课时同学们也请钱穆谈谈他对这件事的看法，钱穆说：“张学良、杨虎成的作法是不对的，扣住国家领袖是不应当的。”学生们开玩笑地说，钱穆是唯心论者。
据史学家严耕望回忆，钱穆教导学生立志宏大，拿出气魄与意志，做个领导社会、移风易俗的大师，否则学术局限一隅，纵使当代是第一流学者，回归历史之后，仍是第二流学者。
钱穆说说，五四一代的学者迅速成名，学术却谈不上；清华一代的学者有成绩，却太早当上教授，过舒适日子，谈不上大成就，反不及以一生精力着一本书。故他要求弟子不要年轻时轻易发表作品，以免到了年长学问贯通后后悔。
1989年仲秋，钱穆参加新亚书院四十周年校庆，与学生座谈时认为“救世界必中国，救中国必儒家”
钱穆的《八十忆双亲•师友杂忆》以平实而雅洁的文笔追述其七十年间的师友往事，且明白告诉世人“苟以研寻中国现代社会史之目光视之，亦未尝不足添一客观之旁证”。实际上，钱穆著此书虽系追忆师友杂事，但多有月旦当日学界人物之举，如对汤锡予、蒙文通学术的推重，对张荫麟、雷海宗等的好评，对胡适、傅斯年的不无微辞，对熊十力的批评等。