1907年，苏曼殊赴日组织亚洲和亲会，公然反抗帝国主义，后与鲁迅等人合办杂志《新生》，但未成功，此后远赴爪哇。辛亥革命后归国，对现实悲观失望。
辛亥革命后，袁世凯窃取了胜利果实，并暗杀了宋教仁，从而引发了李烈钧等人发动的“二次革命”。苏曼殊又积极参加反袁斗争。
1913年7月21日，苏曼殊以个人名义在《民立报》上发表了词锋凌厉的《释曼殊代十方法侣宣言》，完全撕下了嗜血恶魔袁世凯的画皮。其词为：“……自民国创造，独夫袁氏作孽作恶，迄今一年。擅操屠刀，杀人如草；幽蓟冤鬼，无帝可诉。诸生平等，杀人者抵；人伐未申，天殛不逭。况辱国失地，蒙边夷亡；四维不张，奸回充斥。上穷碧落，下极黄泉，新造共和，固不知今真安在耶？独夫祸心愈固，天道益晦；雷霆之威，震震斯发。普国以内，同起伐罪之师。衲等虽托身世外，然宗国兴亡，岂无责耶？今直告尔：甘为元凶，不恤兵连祸极，涂炭生灵；即衲等虽以言善习静为怀，亦将起而褫尔之魂！尔谛听之！”这篇宣言更像是檄文，正是它为苏曼殊赢得了“革命和尚”的美誉。
苏曼殊对袁世凯窃夺政权持反对态度。章太炎对袁世凯抱有幻想，在辛亥革命后退出同盟会，另组共和党，并被骗到北京。曼殊对章太炎黄子孙因此亦有微词。曼殊在答萧公书中说：“此次过沪，与太炎未尝相遇。此公兴致不浅，知不慧进言之未至，故未造访，闻已北上矣。”
“二次革命”失败，孙中山、黄兴等革命领袖被迫再次逃亡国外，国民党党员四散。曼殊亦于1913年底东渡，在日本肠病连绵，经济亦陷于困境。国民党机关刊物《民国》于1914年5月创刊于东京，鼓吹反袁，实行“三次革命”。曼殊在该刊发表《天涯红泪记》小说，重刊《燕子龛随笔》。他经常与孙中山、萧萱、居正、田桐、杨庶堪、邵元冲、邓家彦、戴传贤等革命党人相往还。他曾经住在居正家中。
1916年孙中山派居正为中华革命军东北军总司令。嗣后居正赴山东发动反袁起义，率部攻占潍县、邹平、临淄等十余县。曼殊听说居正到山东讨袁，非常高兴，急忙到青岛去看望居正，盘桓数天，游劳山之后返沪，住在环龙路44号孙中山的住宅中。在陈独秀主编的《新青年》杂志上发表小说《碎簪记》。
苏曼殊还是一位画僧。他的画格调不凡，意境深邃。他曾做《写忆翁诗意图》，配诗“花柳有愁春正苦，江山无主月自圆”，其亡国之痛溢于纸面。曼殊作画，不仅为抒写怀抱，还想以此为反清革命作出更多贡献。1907年章太炎等人在东京办《民报》遇上经费困难，曼殊主动提出卖画筹钱以解困。
据曼殊自述，他在日本翻译《哀希腊》前后，妒时愤世，“唯好啸傲山林”，尝于月夜泛舟湖上，“歌拜仑《哀希腊》之篇。歌已哭，哭复歌，抗音与湖水相应。”
苏曼殊为陈独秀的《国民日报》撰稿，将雨果的《悲惨世界》译为《惨社会》。奇就奇在他不愿受原著束缚，从第七回的后半回到十三回的前半回，他索性另起炉灶，自己塑造了一个革命侠士明男德，大骂皇帝是“独夫民贼”，“孔学是狗屁不如的奴隶教训”，公然蔑视“上帝”、“神佛”、“道德”、“礼义”、“天地”、“圣人”。
苏曼殊也醉心于宣传无政府主义的救国思想，赞同暗杀活动。他主张无政府主义，土地、财产归穷苦的民众享有，对极力倡导无政府主义的美国女杰郭耳缦尤为推崇，特别翻译了她的传记。
苏曼殊的笔锋无比锐利，而且饱含激情，因此颇具感染力和批判力。他讨厌广州人对英国人的态度，故杂文《呜呼广东人》开篇：“吾悲来而血满襟，吾几握管而不能下矣！吾闻之：外国人与外省人说，中国不亡则已，一亡必亡于广东人手。”
苏曼殊在《民报》副刊“天讨”的美术版上发表了《猎狐图》、《扑满图》、《太平天国翼王夜啸图》等画作，无不喻意深刻，仿佛一支支响箭，径直射向昏庸无道的清王朝的脑门和胸膛，可谓箭箭中的，无一虚发。
才情
1898年，年仅15岁的苏曼殊不堪忍受族人歧视，随表兄奔赴日本横滨。当时横滨的华侨教育事业颇为发达，维新运动领袖康有为的弟子徐勤、汤觉顿等在此创办了大同学校，曼殊即入此校就读。
在日本求学时，章太炎让苏曼殊好好学诗，他立即“失踪”。朋友遍寻不见，后来才知道他躲在陋室多日不出，写就诗作多篇，令章太炎也刮目其毅力才情。
当时苏曼殊就已显露出绘画与文学天才，有时作画赠友，笔法挺秀，见者莫不称奇；学校缺美术教员，便由他兼教美术课，梁启超及各教员所编教科书，插图也大多出自他手。
苏曼殊一生能诗擅画，通晓日文、英文、梵文等多种文字，可谓多才多艺，在诗歌、小说等多种领域皆取得了成就，后人将其著作编成《曼殊全集》。
苏曼殊翻译了《拜伦诗选》和法国著名作家雨果的名著《悲惨世界》，在当时译坛上引起了轰动。
1909年，精通梵文的印度人密尸逻到东京，章太炎聘他为讲师，组织十个人一起学习梵文，学费大家分摊。但是密尸逻不懂中文，授课有困难，章太炎请苏曼殊担任翻译。那时每次上课要翻译两个半小时，而苏曼殊正在患病，医生劝他每次只限翻译一个小时，但是找不到代替的人，苏曼殊只好抱病坚持到学习班结束（因经费困难而结束），不久鲁迅就回国了。
苏曼殊自己也从事小说的创作，从1912年起他陆续创作而成的小说有《断鸿零雁记》、《绛纱记》、《焚剑记》、《碎簪记》、《非梦记》等6种，另有《天涯红泪记》仅写成两章，未完。这些作品都以爱情为题材，展示了男女主人公的追求与社会阻挠间的矛盾冲突，作品多以悲剧结尾，有浓重的感伤色彩。苏曼殊注重对主人公心理的矛盾揭示，实际是其内心痛苦挣扎的真实写照。行文清新流畅，文辞婉丽，情节曲折动人，对后来流行的鸳鸯蝴蝶派小说产生了较大影响。
苏曼殊以自己与菊子的初恋为题材创作了情爱小说《断鸿零雁记》，感慨幽冥永隔的爱恋之苦，也引得不少痴情男女泪湿襟衫。
苏曼殊在日本从事反清活动时，时常为故国河山破碎而感伤。他在《忆西湖》中这样写道：“春雨楼头尺八萧，何时归春浙江潮?芒鞋破钵无人识，踏过梅花第几桥?”
仅仅用了一年多的时间，苏曼殊就学会了别人数十年才能弄懂的梵文，还编撰了一部迄今无人出其右的《梵文典》，在《天义报》上发表，陈独秀也曾以熙州仲子的名义为之题诗。事前，陈氏还向曼殊提供英文书，包括Max Muller撰著的A Sanskrit Grammar For Beginner（《梵文语法入门》）等三种。曼殊得此三种参考文献，顺利完成《梵文典》之写作，由此也可看出曼殊于梵文的兴趣与造诣。
苏曼殊天资聪慧，但幼时未能认真学习汉语，故初到上海时，其汉文水平实在不甚高明。至于音韵、平仄尤其一窍不通，但他却立意要学作古诗，于是开始由陈独秀承担起教授苏曼殊作诗的责任。据陈独秀和章士钊后来回忆，20岁时的苏曼殊，写字还时常缺笔少划，文法上也存在诸多缺陷，然而，稍加点拨之后，他的文笔就判若两人，没过两年，竟然“出语殊妙”、浑然天成了。
初，苏曼殊习作由陈独秀改正，而后陈亦无能为力，继由章士钊教正，但章也只是敷衍而已，大多还是靠苏曼殊自己。苏曼殊既读又写，诗句、诗意渐至佳境。柳亚子尝言：“曼殊的文学才能，不是死读书读出来的，全靠他的天才。”
苏曼殊编过《汉英辞典》、《粤英辞典》、《泰西群芳谱》等书。
苏曼殊云：凡诸学术，义精则用愈微。