晚景
1954年龙潜任中山大学副校长，在批判胡风的运动中，他点名批判陈寅恪的思想，过后不久他就受到了批判，后来龙潜在检讨时这样表白道：“我对陈寅恪的问题考虑不周，和了他三首诗，在会场上念了两句，后来到了北京，许多领导同志都问到陈寅恪，我才知道问题不是那么简单。”
1961年陈寅恪与郭沫若见面。郭主动对过去两人的不快作了“解释”，并征询陈寅恪有何希望和要求。陈寅恪真挚地提出应组织力量整理出版《文苑英华》；并云自己需要图书资料和因写《钱柳因缘》希望得到特制稿纸。郭沫若概允并践诺。
1961年，陈寅恪辞别专门来探望自己的吴宓，为赋诗曰：“问疾宁辞蜀道难，相逢握手泪丸澜。暮年一晤非容易，应作生死离别看。”其后果不复见。
1966年7月，陈寅恪由原来的大字号“走资派”、“资产阶级反动学术权威”，水涨船高地被加封为“牛鬼蛇神”、“封建余孽”、“死不改悔的走资派”，同时被指斥为大肆挥霍国家财产，享受高级护理待遇，非美帝国主义的药物不吃，有意污辱为其理疗的年轻女护士等的“罪魁祸首”。而随着陶铸被打倒，一直颇受陶氏关怀的陈寅恪更是雪上加霜。助手黄萱被赶走，当年受陶铸直接关怀而委派到陈家的三名护士被撤除，陈寅恪工资停发，存款冻结，陈家住居的校园内东南区一号楼被大字报覆盖，远远望去如同一口巨大的白色棺材，兀立于树木丛生的校园一隅，望之令人恐怖惊悚。接下来，大字报由楼外糊到了室内，门脸、衣柜、床头，甚至陈寅恪的衣服上皆由大字报贴盖。面对此情，唐筼说：“人还没死，已先开吊了。”
此后，陈寅恪后半生积攒的书籍全部查封，手稿被掠。唐筼先祖遗留的一点纪念性首饰及陈寅恪历尽千难万险，历尽十几年战火侥幸保存下来的二十余封祖父往来手札亦被劫走。造反派先是把几只大字号高音喇叭吊至陈宅窗前屋后，让其听取革命群众对其发出的怒吼之音。双目失明，不辨牛马且患严重失眠症与心脏病的陈寅恪，突闻几个“怪物”整日在耳边嗷叫不止，惊悚不安，惶惶不可终日。后来他们干脆将高音喇叭干脆搬进室内，绑到了陈氏的床头之上。每当“革命者”呼声响起，整个陈宅如狂飙突至，风雷激荡。陈氏夫妇未闻几声，即感天旋地转，双双心脏病复发，口吐白沫，倒地不起。
陈寅恪最后的声音是：“我现在譬如在死牢之中。”
1969年春节后，陈寅恪一家被扫地出门，迁至中大校园西南区五十号一所四面透风的平房住居。此时陈寅恪病体衰弱得已不能吃饭，只能进一点汤水之类的“流食”，偶有亲友偷偷登门拜望，他躺在病榻上已说不出话，只是眼角不断有泪流出，望者无不凄然。陈寅恪自知将不久于人世，但面对几次被登门的"革命者“乱拳打倒”，心脏病日趋严重几乎瘫痪的唐筼，陈认为爱妻可能将先于自己命赴黄泉，悲凉无助中，夫妻相对而泣。奄奄一息的陈寅恪怜夫人之悲苦，叹命运之不公，心怀无尽的怨愤与痛楚，留下了生命中最后一曲挽歌《挽晓莹》：涕泣对牛衣，载都成肠断史。废残难豹隐，九泉稍待眼枯人。
归去
1969年5月5日下午，躺在床上气脉已竭的陈寅恪，再次被迫向当权者作口头交代。陈寅恪有“我现在譬如在死囚牢中”之语，终至泪尽泣血，口不能言方休。延至10月7日晨5时30分，心力衰竭的陈寅恪于凄风苦雨中溘然长逝。一个月后的11月21日，唐筼撒手人寰，追随陈寅恪而去。
梁宗岱夫人甘少苏在回忆录《宗岱和我》中说：“那时候，挨整的人及其家属都特别害怕高音喇叭，一听到高音喇叭声，就战战兢兢，因为红卫兵经常用高音喇叭通知开会，点人出来批斗游行；而出去一次也就是小死一场。历史系一级教师陈寅恪双目失明，他胆子小，一听见喇叭里喊他的名字，就浑身发抖，尿湿裤子。就这样，终于给吓死了。”
评誉
义宁陈氏一门，实握世运之枢轴，含时代之消息，而为中国文化与学术德教之所托命者也。——吴宓《空轩诗话》
吴世昌与唐兰纵论天下饱学之士曾大言云：“当今学者称得上博极群书者，一个梁任公（梁启超），一个陈寅恪，一个你，一个我。”
吴宓在哈佛初识陈就向朋友宣称“合中西新旧各种学问统而论之，吾必以寅恪为全中国最博学之人”。
傅斯年也说陈寅恪“在汉学上的素养不下钱晓徵”。
傅斯年对陈寅恪这样评价：“陈先生的学问，近三百年来一人而已！”
梁启超向人介绍陈寅恪说：“陈先生的学问胜过我。”后来梁启超向清华大学校长曹云祥推荐陈寅恪时说：他的著作“还比不上陈先生寥寥几百字有价值”。
美国弗吉尼亚大学教授汪荣祖说：“陈寅恪在现代中国史学上占有极其重要的地位。在国外影响也很深远。”
日人白鸟库吉称其为中国最博学的人，却完全没有俗世的声名。
一位美国学者写《论韩愈》一书，特在扉页上注明；将此书献给陈寅恪先生。
胡适留美时的“文学知音”、现代中国第一位女史学家陈衡哲（莎菲，1893-1976）曾这样评论：牛津聘请陈寅恪，证明中国的学术，已经受到西方学界的重视。但她又颇带自豪地加上一句：以陈寅恪的学问，他在牛津讲学，能听懂的恐怕寥寥无几。
胡适说：“读陈寅恪的论文若干篇。寅恪治史学，当然是今日最渊博、最有识见、最能用材料的人。”