沈从文在1949年元月写道：“人近中年，情绪凝固，又因情绪内向，缺乏适应能力，用笔方式，20年30年统统由一个‘思’字出发，此时却必须用‘信’字起步，或不容易扭转。过不多久，即未被迫搁笔，亦终得把笔搁下。”
1951年，沈从文在他写于解放后的第一篇文章《我的学习》，写到了自己的精神危机，“北京城是和平解放的。对历史对新中国都极重要。我却在自己作成的思想战争中病倒下来了”。
1949年1月，原来旧北京大学的民主广场贴出很多大字报，大字报转抄了不少文章，其中包括郭沫若的《斥反动文艺》。郭沫若犀利而尖刻地给朱光潜、沈从文、萧乾画像，他们分别被骂成红、黄、蓝、白、黑的作家。郭沫若斥责沈从文是专写颓废色情的“桃红色作家”，是个“看云摘星的风流小生”，“特别是沈从文，他一直是有意识地作为反动派而活动着”，“存心不良，意在蛊惑读者，软化人们的斗争情绪”。沈从文14岁的长子沈龙朱成去北大看热闹，回到家告诉了沈从文。沈从文感到这次是对他二十多年来独立为文艺奋斗的自强精神的“一次真正的全面否定”，先前的担忧很快变成了现实，他害怕，恐惧，觉得有一张网在收紧。他常常喃喃自语“清算的时候到来了！”“生命脆弱得很，善良的生命真脆弱……”。
1949年7月召开的“第一次文代会”，沈从文与京派理论家朱光潜、沦陷区女作家张爱玲、国统区作家无名氏（卜宁）等都被排除在外，并被赶下北大的讲台。
1949年1月以后沈从文的神经就不正常了，他感觉压抑，感觉有人要迫害他。1949年3月的一天，14岁的沈龙朱看见沈从文把手伸到电线的插头上。沈龙朱在慌乱中拔掉电源把父亲蹬开。几天以后，沈从文再次自杀，他找到一把保险刀片，割手腕的动脉，割脖子上的血管，幸好在沈家做客的张中和（沈龙朱的表舅）从沈从文所在的房间外走过。他听见房内有呻吟的声音，推门的时候门纹丝不动，张中和破窗而入，看见沈从文已经用小刀将手腕上的动脉、脖子上的血管划破，处于昏迷状态。张中和把沈从文送到了位于德胜门外的安定医院。被医生救活的沈从文以为医院是牢房，大喊着要逃走。
病愈后，沈从文去了华北革命大学学习政治，这时他的工作编制仍在北大。学习“毕业”后，经国家文物局局长郑振铎及北大副教授兼历史博物馆代馆长韩寿萱介绍，正式调往历史博物馆。
1953年沈从文接到开明书店的通知：其作品因内容已过时，凡已印和未印的作品均代为焚毁。同年9月间，全国文代会第二次大会在怀仁堂举行。沈从文参加了大会，毛泽东和周恩来到左侧房子接见一部分代表，在介绍到沈从文时，毛泽东问过他的年龄后，说：“年纪还不老，再写几年小说吧。”沈从文说：“当时除了兴奋感激，眼睛发潮，什么也没说。”
1961年初，沈从文在北京阜外医院住院时研读了屠格涅夫和托尔斯泰的小说，记下了自己的心得：“难的不是无可写之人，无可写的事，难的是如何得到一种较从容自由的心情……如能得到较从容工作环境，一定还可以写得出几个有分量东西的。”
1962年作协安排沈从文等几个作家去江西老区，准备长期住下去。但是沈从文真要拿起笔来的时候，还是心中有顾虑。他在江西只呆了3个月，最后跑到景德镇去看他喜欢的陶瓷，帮着参谋如何改进生产去了。从此，沈从文只写旧体诗。
沈从文1968年写过一份检查稿《我为什么始终不离开历史博物馆》，检查中说：“要我重新写作，明白是对我一种极大鼓励。但是我自己丧了气。头脑经常还在混乱痛苦之中，恐怕出差错。也对‘做作家’少妄想，且极端缺少新社会新生活经验。曾试着写了个《炊事员》，也无法完成。所以，还是希望回到博物馆服务。工作寂寞点不妨事，人事简单比较容易适应。”
沈从文的学生辈的林斤澜有次拉他去参加一个会议，主持人最后礼节性地请沈从文讲话，他赶紧说：“我不会写小说，我不太懂小说。”
沈从文“搁笔”之后，曾经提到“跛者不忘其履”，他写道：“这个人本来如果会走路，即或因故不良于行时，在梦中或在日常生活中，还是会常常要想起过去一时健步如飞的情形，且乐于在一些新的努力中，试图恢复他的本来。”
沈从文在东堂子胡同51号的家总共被抄了8次。其中两次是大儿子学校来人，目标是家里的那些唱片，抄家人还专程带来了学校的英语老师，将唱片一一过目，最终确定没有问题才作罢。
1972年沈从文从干校回到北京，原来的三间房被强占去两间，一生几十年的心爱的书、家具，满堆在院子里任人践踏，日晒雨淋。沈从文说：“硬木家具放在外面就毁了，你们要用就用吧。”他的书和家具都送人，朋友们谁需要就来拿走。搞梅兰芳研究的徐城北先生当年还曾来挑了书带走。剩下的黄永玉的夫人帮忙张罗着7分钱一斤处理掉。
人们为沈从文在文学史上的“失踪”感到不平，沈从文却笑道：“那未必不是塞翁失马。”
在国外演讲时，沈从文说：“许多在日本、在美国的朋友，为我不写小说而觉得惋惜，事实上并不值得惋惜。按照社会习惯来说，一个人进了历史博物馆，就等于说他本身已成为历史，也就是说等于报废了。但对我来说，这是一个机会，可以具体地把六千年的中华文物，有条理有系统地看一个遍。”
研物
沈从文形容新出土的楚漆器纹样，战国玉器的雕工，洛阳博物馆陈列的汉壁画……总是带着悠然神往的心情说：“真美呀！美得简直叫你不可想象。”
1947、1948年，北大开始筹备建立博物馆，并着手从公私各方收集展品和资料。沈从文对此事表现出莫大的热情。他把自己多年来搜罗到的一些有历史或艺术价值的文物都赠送给博物馆筹备处，并积极做大量事务性工作。不仅本人热心，他还动员别人也这样做。周定一就回忆沈从文说服他捐了一个康熙青花小瓷杯、一枚吴三桂在云南所铸“利用通宝”铜钱。
从干校回到北京之后，沈从文日以继夜地写他的服饰史和其他一些专题性文章。沈从文有一个强烈的愿望，就是要把自己脑袋里知道的东西留给后人，好让年轻人少走弯路。沈从文觉得自己可能活的时间不长了，因为他是由于心脏病太厉害才能回北京的。院子里的老大妈们看他灯老亮着，就害怕他突然死掉，不时要去张望张望。早上听见没动静就去敲他的窗户玻璃，一听里面有声音才放心。
20世纪70年代以后，沈从文和黄苗子两家住得很近，经常互相拜访、聊天。黄苗子不在家的时候，沈从文就把收集到的汉代或是明朝的绣花拿给黄13岁的三儿子看。沈从文看见黄的儿子就说：“这个东西美极了！美极了！”沈从文经常去逛琉璃厂、隆福寺的古玩店。看见文物便经常买回来，无偿地捐给故宫博物院和历史博物馆。
画家黄永玉说：表叔（沈从文）在临终前两三年，得到党和政府的认真关注，给了他一套宽大的房子，并且配备了一部汽车和一位司机。遗憾的是太晚了。他已经没有能力放手地使用这套房子了。
“文革”中，黄能馥吃了苦头，不干文物了。沈从文知道了跟陈娟娟说“把黄能馥给我叫来”，黄能馥去了，沈从文对黄说：“眼光看远一点，这些事你们不做谁做？”说完落下泪来。
纠葛
在“五四”时代一直到“左联”成立，胡也频、丁玲、沈从文三人关系很密切。从北京到上海，他们三个人都住在一起，百无避忌，大被同眠。甚至被小报讽刺，也毫不理会。他们是密友，是患难之交。
沈从文《记丁玲》中，沈从文写道，他开始一见到丁玲就觉得很可爱，二人都是湘西人，谈的话上有共同语言和乡音。那个时候，胡也频在追丁玲，沈从文、丁玲二人一讲话就忘了胡也频，胡也频颇为不平。沈从文就向他解释，他在与丁玲谈话时，从来没有考虑她是一个女性。
胡也频被捕之后，为了让丁玲母亲不担忧，沈从文以胡也频的名义给丁玲母亲写信。沈从文多次求助过的胡适、徐志摩，给南京的蔡元培、杨杏佛等文化名人写信，希望通过他们保释他的贫贱之交。为了友谊，沈从文把自己的利害关系置之度外，特地赶到南京，找了一些国民党要员，都被害怕惹上共产嫌疑的他们拒绝。沈从文频繁奔波于上海和南京之间达十余次。其中，有一次他从南京拿着蔡元培致上海市长的信去找当时的市长张群，然而杳如黄鹤。
胡也频遇难后，沈从文以“夫妻”名义陪伴丁玲回湖南，把胡也频与丁玲的孩子交给丁玲的母亲带养。1933年，丁玲失踪（过了好久，才知是被捕），沈从文多方呼吁，八方打听，还多次文提醒各方对此事件的关注和重视，不久误传丁玲被害，悲愤之余，沈从文继胡也频遇害后作了四万字的《记胡也频》，又创作了十一万字的《记丁玲》。後来才得知丁玲是被国民党软禁在南京，沈从文闻信，携著新婚妻子张兆和，带著丁玲儿子的相片，探望丁玲。然而这样深厚的友情，最终反目。