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周延儒入京后，众辅臣自觉靠后，他毫无悬念的做了首辅。国事艰难，朝野都以救时宰相视之，对周延儒充满了期望，周也颇思振作想有一番作为，崇祯这时格外的虚心，对其谏议多有采纳，少了几分暴戾之气，朝政为之一清。
加征三饷之后，朝廷的税收一年增加了二千万两，不谓不多，但民间财力已竭，无力如数缴纳，庞大的财政收入只是挂在账上，收不上来多少，到了崇祯十四年，天下灾荒遍起，中原湖广烽烟四起实缴的税收更是稀少，户部的税收收入已经完全成了数字游戏，好看不好吃。而民间怨声载道，叫苦连天，成了朝廷的一大恶政，严重损坏了国家声誉。为此，周延儒提出，对于兵连祸结、天灾严重之地，减免两年税收，对于地方上拖欠多年事实上已成了坏账收不上来的税赋予以核销，以苏民困，崇祯一一同意。此举一出，百姓的负担有所减轻。
崇祯的用人是一个“骤”字，一次召对就可以把将一人连升数级，从九地之下拔于九天之上。同样，也可以因一句话或一件小事就把朝廷重臣削职下狱。当政以来，果于杀伐，处死关押罢黜的大臣硕果累累，内中不少是能干有为品行高洁之人。
周延儒顺应舆情，向崇祯奏请“老成名德之臣不可轻弃”，列了一个平反起用的名单供皇上点用。崇祯陆续起用了刘宗周、范景文、郑三俊、李邦华、倪元璐等人，并给罢职死去的文震孟追赠了封号以示褒扬，似乎又恢复到了崇祯即位之初欣欣向荣一堂和气的状态。
东山再召的周延儒再任元揆，比十一年前初为首辅之时沉稳收敛了许多，他向以警敏著称，最会体察皇帝心思，如今近知天命之年，几经起落，阅历深厚更非当年可比，每次都能以婉转和顺的方式进谏，崇祯听得丝毫不觉刺耳，欣然采纳。往往在轻松和谐的气氛中完成了多年解决不了的难题，既办了事情，又不触怒皇帝。黄道周的事就很典型。
黄道周在崇祯十一年七月平台召对之时，舌战崇祯、杨嗣昌君臣，面对崇杨二人有备而来的围剿，运用修炼数十年的理学功力，奋力抵挡，坚决不向最高权力低头，誓死不屈，气得崇祯大骂其读了半生圣贤之书就练就了一张“佞口”。
此役过后，黄道周被连降六级，发往江西按察司做了一名照磨。照磨是从八品的小小官，大概算科级干部，负责地方审计工作。审计终日与繁琐的账目数字打交道，黄道周是理学大师，一生浸淫于辞章文字之中，研究的是道德文章，最讨厌繁琐之物，崇祯偏偏让他干审计工作，真是特殊照顾。
黄道周被贬江西，并没有遭罪。江西巡抚解学龙仰慕黄的人格学问，在工作生活各方面都予以真正的特殊照顾。黄道周根本不需要干什么审计工作，每日可以随意安排，读书写字讲学打坐，悉听尊便，解学龙不时到访，二人谈天说地，甚是投机。黄道周在江西过得优哉游哉，不亦乐乎。
崇祯十三年，解学龙行将离任，按照惯例可以向朝廷推荐干部以资提拔，毫不犹豫的推荐了黄道周。大学士魏照乘很讨厌黄道周，写了票拟斥责解学龙“滥荐”，崇祯大怒，把解学龙、黄道周一齐逮拿进京下刑部大牢，以党邪乱政的罪名，一人廷杖八十，并且穷治党羽，逮捕了不少官员。最后把黄道周“永远”发配广西。
黄道周一辈子就知道读书，不通世务，是标准的生活白痴，身体素来单弱。八十棍能把八十万禁军教头林冲打得经受不住，黄道周一文弱书生可想而知，要不是行刑之人手下留情，早把他立毙棍下了。奄奄一息，气若游丝的黄大师，经过基本的医治，总算保住了性命，再奉旨南下发配广西。等走到江西九江，又生了一场疟疾，来势猛烈，只得停住在一座寺庙当中将养，却不幸遇到庸医吃错了药，病上加病险些丧命。九江到广西还有二千里路，如再前往，黄道周必然死于路上。
黄道周和刘宗周是当时官员队伍中最负盛名的理学大师，二人都是清廉刚正，学洽德高，在士林中拥有很高的声誉，而且每贬谪一次声名就更大一番，也得到人们的更大尊敬。和刘宗周相比，黄道周的遭遇尤为悲惨，引起了朝野上下的普遍同情。一些人找到周延儒，希望他能在皇帝面前给黄道周求情，周延儒没有立即行动，他知道崇祯正在气头上，贸然求情只会给黄道周招来更大的祸患，他在等待一个合适的时机。
崇祯十五年八月二十四，皇帝上完“日讲”，召周延儒、陈演、蒋德璟、黄景昉、吴甡五名辅臣到文华殿议事。辅臣们来了之后，只见皇帝手拿一本书好像在翻阅，看起来心情不错。
崇祯问辅臣：“张溥、张采何如人也？”二张的情况周延儒最熟悉，他答道：“都是读书的好秀才”
崇祯有些不解的问道：“张溥已死，张采小臣（张采崇祯初年做过江西临川知县，后辞官回籍），科道官如何只说他好？”
周延儒回奏：“他胸中颇有书，也会做文章，科道官以其未得大用而惜之。”
崇祯思索了一下，说：“亦不免偏”。这是他一贯的看人套路，似乎很多大臣都适用这一评语，总是哪里不大端正。
周延儒灵敏的感觉到机会到了，立刻附和皇帝的英明指示，把黄道周拉入话题，小心翼翼试探皇帝的反应，如果发怒就准备就此打住：“张溥、黄道周皆有些偏，只是会读书，所以人人惜他。”
崇祯默然，却并未发怒。周延儒知道有戏，其他辅臣也看出端倪。蒋德璟插话：“黄道周前日蒙天恩浩荡，放他生还，不过是永远充军，极感圣恩。只是他家贫子幼，着实可怜。还望皇上发天恩赦回，就算改到近处些也好。”
崇祯看出辅臣们的意图，微笑不语。
次辅陈演说：“其事亲亦极孝”，吴甡也搭话：“道周学无不通，且极清苦。”
黄景昉跟着附和：“永远充军，子子孙孙要世世承当，也极可怜”
五位辅臣全部为一人求情，也是罕有。崇祯还是微笑，继续观看辅臣们的表演。
周延儒又说：“道周在狱中写了许多书，都是亲手。”
蒋德璟道：“道周写了《孝经》一百本，每本不同，皆是感颂圣德。”已经以黄道周的名义吹捧皇帝。
周延儒又做了补充，小心翼翼的提出建议：“道周也不在永戍不永戍，就是读书，也还用得。”
崇祯依然微笑，不发一言，转而说起流贼猖獗无大将可用，叹道：“安得将如岳飞者而用之！”
周延儒道：“岳飞自然是名将，然其破女真事，史书也多浮夸虚张。比如黄道周之为人，后世传之史册，亦不免曰；‘其不用，天下惜之’。”
崇祯默然，似有所悟。第二天，给内阁写了手诏，说黄道周经过此一番惩创，想亦悔改，念在人才当惜，命辅臣们密议奏来。这又是崇祯一贯的做法，遇事不表态，只稍微暗示，由臣下提出他想要的意见来。
周延儒心领神会，建议赦免黄道周，恢复原职。崇祯立刻同意。黄道周才免了永远充军广西之苦。