也是在六月初三，崇祯秘密召见辅臣研究此事。先征询首辅周延儒的意见，追问再三，周延儒就是不明确表态。崇祯大为生气，推案而起拂袖而去。

就在此时，他的书童进来整理书房文件，看到桌岸上摊开的这份信函，以为是陈尚书每日阅示的各地塘报，就与其他数份塘报一齐交给专门的塘报差官，由其公开传抄。这一下京师各衙门都知道了朝廷正与满清议和，而清人之骄横贪婪又如此不堪。

陈新甲的百密一疏给早已窥视多时而苦无实据的言官们提供了天赐良机，反对、斥责议和的奏章如漫天箭雨，攻得陈新甲体无完肤，锋芒所及隐隐指向皇帝。

数日之后，马绍愉给陈新甲写来书信，透露了一些谈判细节，并把清人最初的要价写了上去，以示他此行不辱使命大获成功。陈新甲看后颇有感触，联想到了许多事情，心神不定，随手将书信放在桌案之上，起身离去。

就在此时，他的书童进来整理书房文件，看到桌岸上摊开的这份信函，以为是陈尚书每日阅示的各地塘报，就与其他数份塘报一齐交给专门的塘报差官，由其公开传抄。这一下京师各衙门都知道了朝廷正与满清议和，而清人之骄横贪婪又如此不堪。

陈新甲的百密一疏给早已窥视多时而苦无实据的言官们提供了天赐良机，反对、斥责议和的奏章如漫天箭雨，攻得陈新甲体无完肤，锋芒所及隐隐指向皇帝。

崇祯大怒，认为陈新甲成事不足败事有余，严旨申斥，命他速速回话。一向聪明的陈新甲慌乱之际不再聪明，他以为一切都是遵旨行事，事前有请示，事后有汇报，如何尽是他一人之罪，而且议和成功与国家实有大利，纵不论功岂能问罪？当即上疏申辩，绝口不承认有罪，反而自诩有功，抱怨说：“有某事，人以为大功而实臣之大罪。”并将崇祯对他的相关指示一一列明，时间地点一应俱全，一看就不是编的。言官们大喜过望，终于抓住了狐狸尾巴，原来皇帝才是议和真正的幕后黑手！舆论立刻大哗。崇祯恼羞成怒，七月二十九下旨将陈新甲“革了职，刑部提问”下狱论罪。

掉进监狱的陈新甲又恢复了聪明，上疏认罪，向皇帝求饶，可惜为时已晚，崇祯已然动了杀机。他可以容忍陈新甲轻躁催战令松锦一败涂地，也可以容忍陈新甲剿贼无术致李闯蹂躏中原，但绝不容忍陈新甲为保全自身彰显主过，因为他坚决认为身为臣子彰显主过乃最大之恶，决不能宽恕。

陈新甲以交接中贵闻名，尤其与司礼太监王德化亲昵，故能顶住轮番的言路交攻。此际身遭大祸，指使家人亲故不惜重金运动关系以求保命。内廷的太监知道皇帝动了真怒应者寥寥，倒是有几位言官与他请托营救。

主持该案的刑部侍郎徐石麒给陈新甲开脱，崇祯不纳，辅臣周延儒、陈演援引“敌兵不薄城，不杀大司马”的惯例说情。单以崇祯一朝而论，王洽、张凤翼都是因为敌军入犯京师而死，他们自认为很有说服力。不想，崇祯悍然道：“他且勿论，戮辱我亲藩七，不甚于薄城乎？”随即将陈新甲弃市。

陈新甲因杨嗣昌大力援引而做了兵部尚书，其人才品心术、行事做派与杨甚为相似，人称“小杨嗣昌”，也是精于揣摩上意，长于处理公文事务， 崇祯依稀又找到了杨嗣昌的影子，故而颇为倚赖。但其军事才略平平无奇，实难应付当日之危局，松山催战将明军精锐一举断送，其肉岂足食乎？

大败之后，陈新甲自知罪重，毅然倡导和议以救危局，不失为亡羊补牢之计，崇祯如能倚重始终，大局尚可维持一时。不曾想一时疏忽酿成大错，陈新甲成为众矢之的，其急于脱身竟然不知轻重将皇帝抛了出来，忘了崇祯是何如之主，这证明这位小杨嗣昌只学到了老杨嗣昌之形，全未得其之神。换了杨嗣昌一定是把全部责任揽到他一人身上，绝对要保护皇上的政治名誉，而陈新甲情急之际竟然章法大乱，自取大祸，其智术又何足道哉！

虽将陈新甲处死，崇祯内心还是很认可他的才能。陈死后，给事中沈迅上奏痛批其过，崇祯冷冷的道：“令尔做新甲，恐更不如。”说的沈迅满面羞惭而退。

“世人皆欲杀，吾意独怜才。”陈新甲之死是由于让一心想隐藏在幕后的皇帝被甩到了前台，在聚光灯下被群众围观而觉得无比的尴尬，不愿意承担责任的皇帝感觉受了羞辱，怒而挥刀。

陈新甲一死，明廷上下又达成一致，“堂堂天朝何至于款？”明清和议无人主持半途而废，明朝最后一次也是最接近成功的与清议和就如此夭折了。明朝在生死危急之际失去了无比珍贵的喘息之机，与清国又恢复了战争状态。大明国两面受敌，岌岌可危，它的寿命进入了倒计时。