此时的祖大寿处于一种奇特而有趣的状态。拥强兵于关外与后金相抗，明朝离不了他，也管不了他，祖大寿依然为朝廷效力，皇太极费尽心机屈尊纡贵的多次拉拢都不为所动。后金一旦入犯京师，崇祯总忘不了命祖大寿入关救驾，先后数次召其陛见，祖大寿一概不去，对于崇祯敬而远之。你有命令我照样执行，但绝不会像己巳之变中舍命出力。

为了应付崇祯，祖大寿把长子祖泽溥放在北京以示无有异心；老婆住在宁远，以防万一他突然被清军消灭，全家被一网打尽；他本人坐镇锦州掌握全盘。一家人分居三地，二儿子祖泽洪则在清国，狡兔四窟。

崇祯对祖大寿的阳奉阴违心知肚明，但他还要靠其镇守辽东兼职勤王救驾，不得不着意笼络。大凌河之败，明知祖大寿出降故作不知，之后数年间不断对其加官进爵，崇祯十四年，祖大寿官职的全称是“钦差镇守辽东等处地方挂征辽先锋将军印太子太师总兵官左军都督府左都督住俸”，已经超过了当年毛文龙的太子太保左都督。虽然带着住俸（停发工资），但当时伺候崇祯的哪个大臣不是住俸？洪承畴在崇祯十三年八月是“钦差总督蓟辽等处军务兼理粮饷经略御倭太子太保兵部尚书兼都察院右佥都御史降二级戴罪住俸又降一级”，比祖大寿更惨。祖大寿家财万贯根本不靠工资生活，洪承畴可是单凭工资过日子，崇祯降了三级还要停发工资，不知他怎么过日子，这些高级文武自与常人不同都有过人之处。

平衡被宁锦之战打破，十年之后故人来访，皇太极要让历史重演，把锦州变成第二个大凌河。祖大寿长了记性，抢先囤积好粮食，坚守城池，不怕清人来攻。他怕洪承畴冒进，特意传话让其持重，不要担心他的安危，以车营步步推进。祖洪之见不谋而合。

此际的祖大寿充满乐观，锦州城坚炮利粮草充裕非弹丸之大凌河可比，洪承畴久在行间智谋深沉，岂是弼马温张春能比？八镇总兵，曹变蛟之骁勇善战乃他在关内亲见，吴三桂是他亲自培养的接班人，比他财主老子吴襄强了不知多少。如此内外夹击，皇太极纵然不败也得狼狈而走。祖大寿甚至想象见了皇太极恼羞成怒的丑态。

事态的发展却让祖大寿做梦都难梦到，洪承畴竟然仓储出师，连战数日不能有效突破，后路被断又惊慌失措回师就饷，最终一夜兵溃，洪氏逃入松山旋即被困，锦州和松山同时成了孤城。

抱着一线希望，祖大寿还在苦苦坚守，盼着朝廷出兵解围或者明清议和能把他捞出来，这次他又失望了，明廷没有一兵一卒来援，和议也久拖不决。

长夜漫漫中，夏成德忍耐不住献了松山，洪承畴等一锅被端。祖大寿仅存的斗志瞬间崩溃，率众出降，锦州真的成了第二个大凌河，历史重演了。历史不断重演，本身就是不断重演的一条历史规律。

降清后的祖大寿，皇太极保留了他原有的富贵生活，编入汉军正黄旗，祖大寿没有继续带兵，他不愿意像三顺王一样反噬本朝，皇太极也不强迫。祖大寿也许是心中不安也许是故作姿态，崇祯十五年十月，写信给外甥吴三桂劝其降清。第二年正月又献计取宁远后方的中右所等三城，以逼吴三桂投降，此外再无活动，名震一时的大明国第一勇将就此消失在烟尘之中。

崇祯十七年，祖大寿随多尔衮入关，移居北京。顺治十三年（1656年）病逝，想来已是七十余岁之人。他亲眼见证了明朝一步步由衰而亡的惨痛历史，也亲眼目睹了一个个英雄豪杰面对艰难时势奋起抗争最终赍志以殁的凄凉和无奈。他本人也曾是这些人之一，最后不得不在命运面前低头，选择了苟且顺从，毕竟像袁督师那样刚毅决绝的“亡命之徒”世上能有几人？

入清之后，祖大寿的子侄很多都做了大官。长子祖泽溥任福建总督；养子祖可法任湖广总兵左都督；侄儿祖泽远任湖广总督、另一个侄儿祖泽润任汉军正黄旗都统。至今北京西城区的赵登禹路与平安大街相交之处仍有一条祖家街，记载着祖大寿家族当年显赫一时的流风遗韵。

祖大寿死后葬在北京丰台铁匠营，1919年英国皮货商克莱夫茨出资（一说是偷盗）将祖大寿墓购买，用装箱运输，整体搬迁至加拿大多伦多安大略皇家博物馆。据说总重量高达150吨。辽东名将祖大寿居然魂归万里之外的泰西之地，这更是其梦也梦不到的。

松锦决战百年之后，皇太极的玄孙乾隆皇帝东巡盛京，路过宁远，看了宏伟精美的祖氏石坊后，这位中国历史上产量最高的诗人即兴作诗一首:“隧谨寒更烽侯朝,鸡工何暇沿逍遥。若非华表留名姓,谁识元戎事两朝。”辛辣的讽刺了祖大寿两姓家奴的可耻行为，将祖大寿特意高看一眼打入《贰臣传》中。

时过境迁，乾隆已经不需要像他玄祖一样为了夺取天下不拘一格延揽人才，在他的时代，需要的是丘民仰、曹变蛟式的愚忠死节，而不是洪承畴、祖大寿式的识时务见机投降。