有人担忧兵进锦州，祖大寿定会拼死抵抗，未必有成算。张存仁以追随祖大寿三十年的经验胸有成竹的断言：“祖本无定见，一当危急，必束身归命矣”，并预测如果大军围困锦州，远不过一年，近不过数月，自有可乘之机。
方针一定，皇太极马上着手布置，他经过比较，选择了在广宁以东的义州作为前进基地，义州在锦州东北九十里，相比广宁又接近了五十里，对宁锦的威胁更大。
崇祯十三年春三月，关内江南已是姹紫嫣红，辽东大地刚刚冻土消融，柳梢泛青，清朝郑亲王济尔哈朗、多罗贝勒多铎率部开往义州屯田筑城。
义州自天启二年被后金攻陷后，废弃已久，崇祯十年，辽东巡抚方一藻曾奏请修复义州，兵部尚书杨嗣昌不同意，怕成为第二个大凌河，因而中止，如今竟由清军完成明廷未竟的事业。
义州平地起城，一切都要靠后方供应，皇太极没忘记朝鲜，严令其从海路运米一万包，在大小凌河河**卸，再由清军运往义州。为了压制明军的炮火优势，清廷赶造红衣大炮六十位，并从漠北蒙古买来大批战马，源源不断的发往义州。炮兵部队乌真超哈统领石廷柱带兵拉运红衣大炮三十位，小炮无数，携带大量铁锹铁镐等物进了义州城，孔耿尚等随后亦至。清军每日驱赶当地百姓砍树拔草，烧砖砌墙为其做无偿劳动。
五月，皇太极亲临义州视察，查看了清军建造的营盘、房屋，非常满意，随即东进锦州，在城外远远的窥视锦州城内明军防御布置情形。明军每年都在锦州城外屯田种麦，此时麦熟但尚未收割，皇太极没把自己当外人，立即下令清军将麦子全部收割，装车拉走，不留一粒给明军。祖大寿眼看着皇太极将他的麦子抢走，不敢出城阻止。
清军大举进驻义州，而且摆出长期盘踞的架势，顿时令明军惊慌起来，紧急上报朝廷。崇祯觉得事不寻常，严饬辽东方面密切监视，不得稍有懈怠。数日后，他召见兵部尚书陈新甲等研究形势，忧心忡忡的说：“奴贼狡诈，逆谋叵测，东西沿边一应战守，虽在边臣料理，中枢尤当予筹。”
有了历次满清内犯的教训，除了辽东之外，崇祯更担心满清又一次绕道入犯，命督抚镇密筹方略尽快上报。
蓟辽总督洪承畴的衙门在密云，他判断清军屯扎义州，明显是做持久之计，上奏了他的方略。认为今日要守辽，不能单纯以守为守，必须以战为守，“然后可以成其守”，而战又不可浪战， “必正而出之以奇，然后可以守其战”。
洪承畴的方略是经过他总督蓟辽一年多的实地调研、多方研究深思熟虑而得之，是一个实事求是，又不失积极的明智清醒的策略。首先，他清醒的认识到，在目前的形势下，明朝已无恢复辽东的可能，只可以守辽，而要守住辽东，又不能消极防御，必须以守为战，严加训练部队，充实武器装备，时刻准备打仗，同时要认识到清军强大的军事实力，不可以轻率出战。至于其所言之正奇，不过是兵家口头禅，玄之又玄之术，“运用之妙存乎一心”只可意会不可言传。
洪承畴接着提出了具体方略：以吴三桂、刘肇基兵一万驻扎松山杏山之间，洪的直属部队一万五千人驻扎前屯、中后所之间，山海关总兵马科驻守中前所，蓟州部队一万六千人驻守蓟州中协，兼顾东协西协，山永巡抚朱国栋则驻守山海关。在松锦沿线节节布置机动兵力准备支援锦州，同时在蓟州防备清人绕路入犯。
兵部很赞赏洪的方略，称赞说：“此数语，真老成筹边，即韩、范方略无以加此督臣”，认为洪承畴强过了北宋抗击西夏的名臣韩琦范仲淹。又夸奖其兵力布置“战守双筹，内外兼顾，切中机宜”，在做了微小调整后报崇祯批准，明廷针对清军屯义困锦的应对策略初步形成。
五月，祖大寿请朝廷配给他五万骑兵，他将出锦州与清军决战，兵部缺少战马，满足不了其要求。对于洪承畴在何处指挥，兵部和兵科议论不一，有的说洪身为总督应在关门坐镇；有的说关门太远，洪应在前屯指挥；还有的说洪承畴练了一年多兵，花了如许饷银，岂能安坐后方，若不出战，所试何效？在舆论压力之下，洪承畴再出山海关北进，与清军发生数次交战。
五月初十，辽东分练总兵刘肇基在杏山与清军接战，吴三桂驻守松山，南距杏山十八里，率部增援，祖大寿也发兵助战。明军合计7000余人，清军由济尔哈朗统率，辅以刚被处分的多罗郡王多铎和多罗郡王阿达礼，所部是最精锐的护军，以一当十。吴三桂被困在垓心，拼死冲杀，也难以突围，凶险异常。幸有刘肇基赶来相救，才突出重围，退回杏山城中。此役明军损失千余人，两名副将被俘后遭处死。吴三桂不敢以事情上报，讳败为功，诡称大获全胜。副总兵程继儒临阵退缩，被洪承畴立斩，三军无不凛然。
七月，洪承畴亲统左光先、曹变蛟、吴三桂、刘肇基四镇兵马四万余进至杏山，这是二十年来明廷第一次调关内部队出关作战，声势浩大，与清军多尔衮、豪格、阿巴泰两万余骑相遇，两军交战。锦州城内的祖大寿闻报，派弟弟祖大乐率兵出城策应，明军兵力倍之清军，清军败退而走。此役明军阵亡十一人，受伤六十五人，损失战马五十六匹，清军伤亡不详。
七月十一，洪承畴率吴三桂等四镇至杏山城外，主动挑战清军，与多尔衮交战，数日后双方又战于黄土台，祖大寿派兵设伏，歼灭清军九十余人。
就在黑云压城、大战一触即发的紧要关头，辽东巡抚方一藻突然精神失常疯了！
方一藻，字子元，安徽歙县人，。天启二年二甲进士，崇祯四年大凌河兵溃后接任丘禾嘉出任辽东巡抚，一直至崇祯十三年，前后九年，是启祯年间任职最久的辽东巡抚。
也是其人命好，大凌河之役后数年，辽东没有大规模的战事，方一藻因此也得以久任，他周详精细，颇能为各方面所接受，与兵部的关系不错，崇祯也很赏识，年前刚进为兵部尚书。
明朝的巡抚权力很大，上马管军，下马管民。辽东巡抚虽然上面还有总督，但其“弹压辽土，驾驭辽将，联络辽民，商筹战守，申严赏罚，责任不在督臣之下”，是辽东军政事务的实际负责人，地位极其重要。
方一藻向以精明强干的形象示人，这一日，如往常一样升堂问事。刚坐上大堂，忽然命人备轿出门，要去宁远东门。上轿没走几步又命转向西门，行出不远，又命去文庙，轿夫们急忙折回，往文庙而去。穿过几条大街之后，又说去校场，搞得随员们不知所措：“这方抚院莫非是要游览全城？他老人家做了九年巡抚宁远城熟得不能再熟，还要游览甚么?”。
终于到了校场，方一藻下轿，大步腾腾走向一棵大树，扑通跪下就是磕头，磕完这棵又磕那棵，额头上满是泥土，貌似非常投入，众人无不惊愕。
随员急忙上来搀扶，方一藻目露凶光，抢过一根棍棒照随员的身上乱打，中军、旗牌等官见势不好一齐上来，七手八脚将抚院扭住塞进轿子抬着回衙。
回到衙署，急忙换医官诊治，方一藻突然又安静了下来，和往日一样，并无异状。医官望闻问切忙了好大一阵，看不出毛病，最后开了些安神补脑的药让抚院服用。
方一藻服药之后，昏睡了一天，到了半夜猛的精神大振，大呼小叫达旦不休，神魂颠倒，语言错乱。阖衙之人驻足围观，议论纷纷，终于有人忍不住说了出来—“抚院疯了”！