郧阳抚治袁继贤曾对杨嗣昌讲：“剿局告成，关键在于秦蜀得人”，三边总督郑崇俭、四川巡抚邵捷春是剿杀献曹能否成功的关键人物。郑崇俭知兵能战，但因玛瑙山受到的封赏不公带有情绪，接着又大病一场，索性掉头回了陕西，撂下不管。他一走，秦军无人压制，贺人龙跟着带兵撤回陕西。左良玉不来，贺人龙又走，再无能战的大将，官军成了有追无剿，连吃败战。
兵部的调度漫无重点，也给杨嗣昌的剿局拖了后腿，没有集中全部力量入川搜剿，而是重谈各省划地自守的老调，严令秦督不可纵贼入秦，使得郑崇俭有理由回陕西，他没有义务舍己为人。
邵捷春则是另一种情况，其人长于治理地方，施惠百姓，但不懂军事。一开始就对杨嗣昌将献曹驱入蜀中的策略很不理解，直觉告诉他这是杨嗣昌存心不正，有意陷害于他。带着这种情绪，邵捷春极不情愿的组织对献曹的堵截，效果可想而知。
川军的不堪一击也是杨嗣昌事先没有想到的，种种匪夷所思的怪相令其喷饭，方国安带兵扎扎实实的陪着张献忠在四川走了个来回，未有一捷，完美的当了一回免费导游。
献曹闯过大昌之后，杨嗣昌已有不祥的预感，感叹“剿局未完，罪状难测”。张献忠深入川南破了泸州，杨嗣昌更是方寸大乱，调全部兵力紧追，使得川东北防御空虚，充分暴露出其不善用兵的弱项。献曹以极限速度星驰北上，一路畅通，毫无阻拦。猛如虎使出吃奶的劲儿在开县追上张献忠，是最后的机会，惜乎士马疲惫军心不齐，反遭大败。
献曹出川，杨嗣昌痛悔无及，他沿江而下东进，张献忠就在他头上陆地而行，开始还是“离我三天路”，后来差距越来越大，已是无法追上，最后只好寄希望于左良玉能遵令在当阳大路上以逸待劳，给张献忠迎头一击，即便不能生擒献曹，起码不会失落城池。
南宋岳飞在朱仙镇接到十二面金牌，虽极不情愿，也不得不退兵南下执行军令，左良玉接到十九道调令，置若罔闻，按兵不动，最后故意北走汉中，让出大路给张献忠通过，致使襄阳失陷，彻底致杨嗣昌于死地。杨嗣昌常常念叨“到头一着”，最后是他一力捧起来的平贼将军左良玉结结实实给了他“到头一着”。
就在杨嗣昌得知襄阳噩耗的前一日，二月初十，他向崇祯汇报了左良玉屡次违令不遵，可是最后还给左说好话：“该镇谋勇、兵力实能办之，且终堪备边疆大用。仍祈皇上于切责之中寓爱惜之意。”宛如一名痴情女子，虽遭负心汉屡番抛弃，还是痴心不改。
“滴水之恩，涌泉相报”，杨嗣昌于左良玉，当然有利用的成分，但恩不谓不厚，左良玉先是感激，后有些疑心，玛瑙山一战又对杨有了轻视之心，夺印一事彻底反目为仇，屡调不动，坐观成败，终于致其死命，虽不亲手杀杨，却是杀人不见血。以怨报德，斯人之谓也！
崇祯当政十七年，用过的大臣成百上千，真正始终信任的仅有杨嗣昌一人。杨为人机敏，反应快捷，精于揣摩，深为皇帝所喜，但这些并不是杨的独有，其他大臣如周延儒、梁廷栋、温体仁等也都具备，杨嗣昌最让崇祯欣赏的是实心任事能提出与众不同高明的战略，而且知进退、识分寸，谨守为臣之道。一件事情，杨嗣昌能提出看法，皇帝如不接受，杨嗣昌会坚持，皇帝如果坚决不接受，杨嗣昌就会收回本人的意见，按照皇帝的意见执行，如张献忠谷城受抚就如此。后来张献忠复叛，证明崇祯的主张的错误的，但杨嗣昌并无一语指摘皇帝，也无一句抱怨，全部把责任揽了过来。他能代主受过，这是袁崇焕、孙传庭所不能的。
又如戊寅之变，正是崇祯的固执犹豫、不愿负责使得和议半途而废，引来清军入犯，诱发了张献忠等复叛，导致局势大坏，杨嗣昌心知肚明，只能打落牙齿和血吞，也无一句报怨。
因为这些，崇祯才对杨嗣昌有了独一无二的圣眷，戊寅之变损失惨重，朝臣纷纷向杨嗣昌问罪，他是兵部尚书，按照以往王洽、张凤翼的例子，杨嗣昌也要杀头。崇祯明白杨嗣昌很多时候是代他受过，予以坚决保护，仅仅戴罪了事，不久就借机恢复原官。
襄阳失陷后，舆论对杨嗣昌的弹劾空前猛烈，户科给事中左懋第言其“拥兵自卫，迄今无功”。他死后，言官们一致要求要严厉追究其责任，不但襄阳失陷是杨嗣昌的大罪，就是洛阳失陷他也难逃干系，要把杨开棺戮尸。
沸沸扬扬中，崇祯出来表态：“杨嗣昌是他特简任用，无论有何罪责，皇帝自有裁定”，一锤定音，无人敢有异议。
之后数年，崇祯对杨嗣昌一直念念不忘，一次召见辅臣，说他昨夜梦见杨嗣昌跪在阶下，依然是其在京时胖胖的模样，两泪汪汪向他申诉；“臣鞠躬尽瘁，死而后已。只是诸臣不公不平，连章见诋，故归而诉诸皇上”。崇祯大为怜悯，问：“如某某之疏犹公平否？”，杨嗣昌摇头：“亦未然”。说罢，崇祯一脸惨恻。
杨嗣昌圆圆胖胖，双目细长，神情憨厚颇带喜感，从相貌看好像是迟钝迂缓之人，实则相反。其人生性机敏，心思敏捷，办事干练，有着丰富的地方及中央工作经验，在户部管理过新饷，使得他对一般大臣视为畏途的兵马钱谷甚为精通，张口就是一堆数据，尤擅长处理公文，数千字的奏疏一目十行，很快能提炼出核心意思并拟出处理意见，这些使得他能脱颖而出。戊寅之变时，每日各地告急文书雪片般飞来，杨嗣昌随手批答，从无阻滞，人服其才。杨同时也是写奏疏的能手，连篇累牍，动辄洋洋数千言，似乎以此为乐，可是给看奏疏的人累的够呛。目前留存下来的奏疏有数十万字，高居时人前列。入阁之后，他不是首辅，但每有票拟总是独立拟就，从不交于首辅批改，崇祯对其几乎言听计从，倚重甚殷，可以说是不是首辅的首辅。