九月十一，关索王光恩在巫山降，杨嗣昌在船头受降，次日挽舟西上，直向云阳。

四川多年没有战争，只有在崇祯十年李自成曾闯入半年，川军缺乏训练，脆弱不堪，队部中贪腐成风，军官公然克扣军饷，士卒月饷只有六七钱，只是边兵的一半不到，就此还要受层层盘剥，衣甲器械，褴褛朽敝，全不堪战。原总兵罗尚文被革职，方国安继任，刚刚交接完毕。杨嗣昌命其驰援大昌。九月十五，方国安还未到尖山，献曹已过大昌河，直奔净堡。川军张奏凯五千人守净堡，望见献曹立即逃上高山躲避，农民军又是不战而过。

川军柔弱如草，不堪一战，邵捷春进驻梁山，杨嗣昌驻扎夔门， 只得再调秦楚兵来剿。

张献忠、罗汝才越过大昌天险，西进开县、达州，行若脱兔，如风驰电掣。四川总兵方国安先到达州，不敢据守江岸阻击，躲入城内，农民军不费一矢穿城而过。

达州以西，有嘉陵江、涪江两条大江，嘉陵江以西更有剑阁天险。“剑阁峥嵘而崔嵬，一夫当关，万夫莫开”，诸葛亮称“大剑至小剑隘束之路三十里，连山绝险”。三国末年，蜀汉大将姜维在此防守，曹魏大将钟会十万大军数月不得通过。张献忠预计明军定会遇险扼守，必有一番恶战。

十月十三，献曹渡过嘉陵江，直逼剑州（今四川剑阁县）。方国安守剑州，其部罗万象、韩光荣等一触即溃，方国安不战而走，向杨嗣昌汇报：献曹能过河，官军不能过河，献曹过河时江水不涨，官军过江时江水陡涨。气得杨嗣昌七窍生烟。献曹又不战而过剑阁天险。北上广元，图谋走宁羌进入陕西。秦将贺人龙、赵光远扼守百丈关、阳平关，农民军无法突破，再次折回巴西。二十三日，张应元联合川军在梓潼邀击，先胜后败，农民军降将扫地王张一川被张献忠生擒，对付叛徒无须客气，张献忠将扫地王脔割而死。

邵捷春退保绵州（今四川绵阳），扼守涪江。绵州即汉之涪县，东、北两面依傍涪江，是成都东北方向的门户，地势险要，易守难攻，三国时刘璋部将张任曾在此地据守，刘备数月不能前进。邵捷春提兵驻守绵州，严令川将寅启高、孙逢圣等出战，一个照面就败下阵来，如同齑粉，被献曹杀得落花流水。邵捷春逃回成都。

战况不利，杨嗣昌归咎于陕西四川方面剿贼不力。对于怨气冲天、口称重病的郑崇俭，杨嗣昌称其人“奄奄暮气，凛凛危情，殆不可任军旅之事”，请求换马。为免贻误军机，可由陕西巡抚丁启睿代行职责，先任督剿。崇祯立即将郑崇俭革职，命丁启睿代理总督，先任督剿，不得一刻迟误。杨嗣昌对邵捷春的步步退缩、毫无反击很不满意，上本参劾其防守不力，崇祯派锦衣卫入川逮捕，由监军廖大亨接任巡抚。

邵捷春为官清廉，治蜀颇有惠政，民间口碑很好。押解进京之日，士民拦路哭送，成千上万堵塞道路，锦衣卫官船无法开动，下来强行驱赶百姓，被愤怒的群众打得抱头鼠窜。蜀王朱至澍上表给邵捷春去求情也无济于事。

崇祯就是这样的汉子，他要处置一个官员，越是有人替其鸣冤叫屈，他越是要严办，严令四川巡按御史派兵将邵捷春遣送京师，下狱论死。邵捷春知道难逃一死，第二年八月在狱中服毒自杀。这瓶毒药不知藏在何处，竟然未被搜出，也可能是贿赂狱卒从监外而得，邵捷春和陈祖苞一样，通过仰药而死，免去西市砍头的羞辱，未始不是一种对崇祯的反抗。数年后，福王称帝，邵捷春得到平反，恢复原官，赠兵部右侍郎

川军甚至缺乏基本的战斗素养，部队出征不设斥候探马，如同盲人骑瞎马，部队驻扎不设防御工事，对敌军的突袭毫无防范。“梦梦焉如寻常走路，掉臂遨游”，把凶险的战争当做武装游行，一遇农民军，稳稳当当就步入其埋伏之中。而农民军屡遭大创，至此无生之路，有死之心，拼命狠冲，如入无人之境。

川军如此，川官也彼此彼此。崇祯十年，李自成入川，连破数十州县，三年过后，仍有不少城池未加修复，州县官有的闻风先自溃逃，有的临敌毫无准备，城下炮声一响，吓得魂不附体，毫无抵抗之力。

献曹不但未被歼灭，反而在四川纵横驰骋，越入越深，明军连战不利，局势的进展与明廷当局的预料完全相反。杨嗣昌原来预计春夏之交就可以大功告成，如今事与愿违，深感事态严重，只好亲自出马。

明军连遭挫败，士气低沉，不少人认为现有诸将不是献曹对手，必须调左良玉来，方可制其死命。此时左良玉在汉中兴安，杨嗣昌又给左良玉写信，请他从兴安西进四川保宁府，迎头截杀献曹。“正是第一成功奇会，慰不佞之望，解不佞之忧，真不啻从天而下也”，殷切之情，溢于纸上，左良玉看了，冷然一笑，不予理会。

左良玉不来，杨嗣昌退而求其次，起用因罪革职发配的蓟镇中协总兵猛如虎来至军前听用。

临行之际，杨嗣昌心头忐忑，在金斗墟算了一卦，卦辞显示大事艰难，但终可告成，就在年终岁尾之时，才觉稍稍心安。