目下归杨嗣昌节制的军队计有河南巡抚李先凤所部一万五千；湖广巡抚方孔诏所部一万五千；郧阳抚治王鳌永所部六千；偏沅巡抚陈睿谟所部四千；湖广总兵钱中选所部五千，专护承天祖陵；左良玉所部三千，另有其收降的刘国能、李万庆两部六千，发往安徽剿杀革左五营；陈洪范所部两千；勇卫营兵一万一千，由太监刘元斌、卢九德指挥，杨嗣昌一般不干预；大同副将刁明忠所部两千，亦去剿革左五营；杨嗣昌直属标营二千余人，以上诸军合计七万余人，如果再加上陕西、四川部队约有十万之众，月需饷银十五万两。其中由杨嗣昌直接指挥剿杀献曹的就左良玉、陈洪范两部及督师直属标营共一万余人，是为“剿兵”。几位巡抚的部队主要是堵截防守，是为“守兵”，刘元斌的禁军则专剿革左五营。
杨嗣昌本计划还要抽调战力最强的辽军娄继忠等部两千人，但高起潜奏报此两千部队已被蓟辽总督洪承畴纳入抽练名单，相应的饷银已发，如再拨给杨嗣昌，饷银就要再发一遍，花费不小，而且南下剿贼之后，又得再抽两千辽军入关抽练，辽东军务更显空虚，再者张献忠盘踞郧阳深山，辽军善于旷野驰骋难于入山搜剿，即便调到亦无大用，杨嗣昌只好作罢。
农民军则主要分为三股，张献忠在西，盘踞四川湖北交界，约兵力二三万人；罗汝才、惠登相等九营在张营之南的竹山、房县一带，约五六万人；革左五营在东面的太湖、潜山一带，约四五万人。农民军的人数占绝对优势，且聚集深山占了地利，但装备和训练不及明军，而革命斗志则远在明军之上。明军总数不少，但机动兵力不多，更要命的是地方督抚同床异梦，各怀鬼胎，各大将拥兵自重，逗留观望。另外军饷给养也是个大问题。
罗猴山之战后，明军和农民军进入了一个相对平静期，无大的军事战斗。杨嗣昌一面积极布置各督抚镇道厉兵秣马，一面效法诸葛亮南征孟获，开始政治攻势，以瓦解农民军。
在四处张贴榜文，写着：“大恶不赦，惟张献忠一人，上山山顶擒拿，过水水底擒拿”的字样悬赏捉拿张献忠，生擒者赏银五千两，加升玉带，锦衣卫指挥使世袭；斩首者，赏银三千两，加升玉带，锦衣卫指挥佥事世袭。
河南邓州举人丁之栋堂妹是张献忠宠妾，杨嗣昌命南阳道将其锁拿至襄阳，逼令写信招降张献忠。又访得一名“冷水道人”姚宗中，其人与罗汝才、惠登相熟识，口若悬河，杨嗣昌将其送入曹营，授意挑拨曹过与张献忠的关系，游说二人勿与张合股。这些措施用心良苦，却收效甚微。
为了加强军力，杨嗣昌调陕兵东进，兴安道殷大白未按杨嗣昌制定的路线行军，错过了堵截张献忠的机会，立时被杨嗣昌以尚方剑处斩。
整世王王国宁在复叛后不久又率士卒六百、家属三百归降官军。明廷授为加衔游击，随军征剿。
崇祯十二年十二月，湖广副将杨世恩、罗安邦所部在荆州府兴山县香油坪遭到曹过等股伏击，全军尽墨，杨世恩、罗安邦双双阵亡，杨嗣昌归罪于巡抚方孔诏，崇祯二话不说将方孔诏革职逮治，任命襄阳道宋一鹤为湖广巡抚。
宋一鹤是顺天府宛平人，举人出身，为人机敏干练，在湖广任兵备道时，镇压农民军颇为得力，而且擅于用毒，曾经一次毒杀农民军千余人，如此手段，如不为官，就在武林中也是使毒的一代宗师。杨嗣昌驻节襄阳，二人多有接触，深为杨所喜。杨嗣昌对人讲，他来了襄阳，文官宋一鹤、武将左良玉，仅此二人可以倚仗，其余都是泥胎木偶，他是放羊的，驱群羊东西而走。
宋一鹤知道杨嗣昌的来头，倾力迎奉，为人所不能为，因杨嗣昌之父名杨鹤，他递给杨的手本上署名“宋一鸟”，以避督师辅臣之父的名讳，一时传为笑谈，正因为此，赢得了杨嗣昌特殊的眷顾，一步登天成了巡抚。“笑骂由他笑骂，好官我自为之”，宋一鸟失去了面子，得到了里子，有过人的代价就有过人的回报，就看当事人如何取舍。
郧阳抚治王鳌永，杨嗣昌也看不顺眼，说其人“意阔而疏，眼高而暗，胆锐而荒”，贪婪成性，克扣军饷，竟然给五名士兵发一双鞋，不知是如何穿法。崇祯十三年五月，崇祯也将其罢免，改任袁继咸。
听说杨嗣昌督师，农民军都藏入深山，郧阳又成了农民军的洞天福地。当年陈奇瑜、卢象升是亲自督率人马进山搜剿，杨嗣昌没这个勇气和本事。此外，入山搜剿的粮草供应也让他望而却步。士卒入山，既要携带刀枪弓箭、鸟铳火炮等武器，又要随身背粮，一人只能背粮五六升（十斤左右），力大者背一斗（十五六斤），一人一天吃一升粮，待到进山之时，粮已吃光，无以为继。农民军潜伏深山，备有先前缴获储存的大量粮食，且可以用金银与山民交换粮食，短期之内这方面的困难并不大，其在困难环境中的顽强的生存能力更是官军难望项背。
经过三个多月的精心准备后，杨嗣昌觉得时机已到，调动兵马剿杀张献忠。
经过三个多月的精心准备后，杨嗣昌觉得时机已到，调动兵马剿杀张献忠。
张献忠在山中蛰伏半年，给养消耗的差不多了，开始出山想向西进入四川。杨嗣昌得到情报，急调三边总督郑崇俭率部由汉中西乡进入四川追剿，左良玉坐镇兴安（今陕西安康）、平利，防备张献忠折回郧阳，另派左部偏将率三千人入川追剿，颇为得意的自称他这一部署是“奇着”。
左良玉却不同意杨嗣昌的奇着，他在汇报中先拍了杨嗣昌的马屁：“此为奇着，跪诵再四（比再三还多一次），钦仰本阁部万全胜算，非寻常所能企及者也”，马上又否定了这一奇着，提出三点理由。
一是蜀中肥沃，人民殷富，张献忠一旦窜入，必将大肆劫掠，可饱数年，养成气力，后将难制，不到万分窘迫，必然不会折回郧阳受穷。二是兵合则强，分则弱，他的部队刘国能、李万庆两部驻防郧阳，如再分三千入川，所剩无几，就算献贼折回也难以抵御。三是他的部队本是剿兵，不是守兵，如果也是划地而守，贼将何时而尽耶？如今只有出其不意，攻其所恃，必成破竹之势，贼自然溃败，就算折回郧阳，也无能为。再调大兵围攻，献曹两相疑忌，必自相图，各生异志，瓦解可待。
杨嗣昌听了，觉得左良玉说的破有道理，一时拿不定主意，最后同意按照左的方案执行，但他老于世故，把左良玉的条陈报给朝廷，立此存照，万一失利，与他无干。
左良玉得了平贼将军印后兴奋不已，廿载从军，百战余生，总算做到了武臣实职的顶峰—挂印总兵官。先前虽然也是援剿总兵官，但总觉得少了点什么，不够完美，而今荣任平贼将军，再无遗憾。他长身赧面，酷似关羽，关羽是荡寇将军，左良玉是平贼将军，天造地设，他老左就是关帝转世！
饮水思源，左良玉很感激杨嗣昌，决心立大功酬报，是以不顾蜀道艰难，亲自入川追剿张献忠。