崇祯得报大怒，立将河南总兵张任学革职，左良玉因其轻进降三级戴罪自效，他可不管是谁逼令左良玉轻进的， 熊文灿前已革职，无职可革，崇祯另有打算。
张任学本是河南巡按御史，崇祯十一年二月，上疏痛诋各镇大帅庸碌无能，糜饷误国，请皇帝改他为武职，亲执干戈，为国平贼。张任学的本意是想当河南巡抚，崇祯看了他的奏疏，大壮之，命吏兵二部及都察院研究。诸臣以为从来无以文职改武职者，既然皇上如此欣赏张任学，不办也不行，得想一个变通之计，不妨任其为监军御史兼总兵事。崇祯不从，直接任命张任学为河南总兵。河南旧无总兵，左良玉在河南征战多年也是援剿总兵，这回特设镇守总兵的编制，也体现了崇祯对河南的重视程度。
兵部把署总兵许定国的部队拨给张任学，任罗岱为中军参将，张任学知道罗岱忠勇能战，特意向朝廷申请将其升为副将，倚为干城，不想竟命丧罗猴山中。
也许是通过戊寅之变，杨嗣昌发现了他军事才能上的不足，抑或是感觉到兵部尚书这个职位过于凶险，虽然崇祯实际上没有处罚于他，五月初二，杨嗣昌还是力辞兵部尚书，推荐了四川巡抚傅宗龙继任，得到了崇祯的批准。
傅宗龙，字仲纶，云南昆明人。万历三十八年进士。初任四川铜梁知县，后调任巴县，再为户部主事，升为御史。天启四年，任贵州巡按，剿灭叛乱的土司安邦彦，威名大著，升任太仆少卿，不久丁忧守制。
崇祯三年再起，当时辽东督师孙承宗很欣赏傅宗龙，向朝廷推荐其接替他的职务，明廷升傅宗龙为顺天巡抚，未几又升为蓟辽总督，但不久又将罢职。
此后，傅宗龙一直处于闲置状态，崇祯九年，李自成入川，四川当局被杀的屁滚尿流，崇祯又想起了傅宗龙，召其为四川巡抚接替王维章。傅宗龙到任后，果然身手不凡，李自成被其节节堵截，被迫撤出四川，崇祯极为满意。
八月二十二，傅宗龙进京，杨嗣昌将兵部尚书大印封存，并写了咨文，命司务范学颜一同交回内阁，崇祯命他遵旨回阁佐理。
结束了他两年的兵部尚书生涯，杨嗣昌如释重负，两天后又旧事重提，说他之罪有若丘山，请罪之心有同金石，每一念起，毛发为竖，请皇帝撤回他佐理之命，将他赐死，或发配远恶军州，如此则皇恩浩荡天高地厚，旷世难逢，他将没齿不忘。杨嗣昌请罪的功夫当真独步天下，这份执着，这种坚韧无人能及，纵然是铁石人也要心伤感动
第二天八月二十五，崇祯批示：“辅臣屡疏请罪，诚恳愈如，尤见守法振玩至意。目今叛寇猖獗，总理革任，以辅臣才识过人，办此裕如，可星驰往代，速荡妖氛，救民水火。凯旋之日，优叙隆酬。仍赐尚方剑督师，各省兵马自督、抚、镇以下俱听节制，副、参以下即以赐剑从事、其敕印等项，速与办给。”
杨嗣昌任职中枢之后，崇祯对其倚赖甚殷，超过了任何大臣，军国大事事事相商，几乎一日不能相离。杨嗣昌几次自请督师，崇祯都坚决不允。这次杨嗣昌并没有主动提出督师，崇祯却一反常态，直接命其督师剿寇，突然舍得杨嗣昌远离身边，大是耐人寻味。
皇帝如此旨意，大出杨嗣昌意料，毫无任何心理准备，他没想到皇上突然会命他督师剿贼，既惊讶又狐疑：“是不是皇上对他圣眷已衰？”
无论如何，皇命如天，不能有任何推诿。杨嗣昌马上上本表态，表示虽然督师重任，他庸才碌碌难以胜任，但：“仰体圣怀，速荡妖氛，救民水火，东西南北，臣谊难辞，”毅然决然将皇帝下达的任务毫无保留的承担了下来。
杨嗣昌同时提出几项请求：一是要求兵部严令豫楚各抚按道将严堵境内，防止张献忠长驱而逃。二是请发辽兵二千助剿。三是请求兵部不要规定灭贼期限。四是军饷一定要予以保障。
崇祯很高兴，全部照准，夸奖杨嗣昌“慷慨督师，朕心嘉悦”。
九月初一，圣旨传赐督师辅臣杨嗣昌银一百两、大红纻丝四表里、斗牛服一袭。并发内帑银四万两、赏功银牌一千五百面，各色蟒衣、纻丝五百匹、红绢五百匹用于军前赏功，这样的待遇多年罕有。
稍后传全体阁臣及六部尚书。崇祯道：“今著辅臣杨嗣昌督师剿贼，吏部用人、户部钱粮、兵部调度，俱要照应，不得掣肘。”大臣们诺诺连声。
吏部尚书谢陞请示“往例阁臣奉命而出，俱用银印，今辅臣杨嗣昌出师，当照往例否？”谢陞今年正月还在老家德州为民，半年后又穿上蟒袍玉带做了吏部尚书。
崇祯不假思索“与做督师辅臣银印”，转头问杨嗣昌“卿之剿贼以何者为先？”
杨嗣昌跪对：“权难预设，待到军前条上方略。但臣以千罪万罪弹射交加之身，独蒙圣鉴，不惟赦其死罪，且深谅其苦，哀臣之感思图报，断无有心不尽，有力不竭之理。然诸葛忠武云‘成败利钝，非臣所能逆睹’。臣以冷面孤踪，在皇上左右尚且人言三至，何况远去庭阙，其孤危有万倍于今日者。臣死不足惜，但军旅之事多一番瞻顾则多一番牵掣，诚恐破局忌成，机会可惜耳！”
历史竟然如此巧合，杨嗣昌的奏对和当年崇祯询问他父亲杨鹤此去陕西有何剿贼方略时的回答一样，都是大而化之，并无具体方略。而其接下来的应答又与袁崇焕平台召对时相仿，皆是忧谗畏讥，担心离开皇帝身边之后，谗言乘虚而入，做事受到牵制，不得成功。
崇祯用力把手一摆，断然言道：“卿之实心任事，朕俱知道。今惟信赏必罚，一遵敕书行事，不必瞻徇。”
杨嗣昌知道崇祯最讨厌大臣对他的指示拖拉迟延，慨然道：“君言不宿于家，臣朝受命，夕启行，军资甲仗望敕有司 速发”
崇祯大喜：“卿能如此，朕复何忧”。