杨嗣昌是兵部尚书负责指挥全盘军事，崇祯信任极专，言无不从，他也能苦心运筹，以国事为重，不计较个人恩怨，取得了一些成效，如成功调和了卢象升、高起潜的矛盾，也化解了他和卢象升的误会，力荐孙传庭出关、督师、总督保定。但在军事指挥调度上，失误不少。
一是对局势严峻性估计不足，兵力使用不能一次性的投入，从战事开始到结束，杨嗣昌分成数次调集各镇援军，如同挤牙膏一般，导致明军的数量优势不能充分有效发挥。洪承畴十二月接到调令，等带兵进至京郊，战事已经结束，毫无作用。
二是对援军的给养供应准备不充分，只是日日发公文命地方措办，至于地方能否措办，并无有效措施，地方州县一来是财力不足，二来是则从自身利益出发，不予积极供应，三来是援军在清军过后才到，激起民愤，拒绝供应，甚至视若寇仇，放炮轰击，这些直接导致了军事的受挫。
三是在千里之外指挥，掌握不了前线瞬息万变的情势，下的命令往往滞后，不合实际，前方将领执行不是，不执行也不是，无所适从。倔强如孙传庭者决绝执行过时的军令，自作主张，又被视为抗命不遵，徒然激化了内部矛盾。
除了军事策略分歧，明廷内部矛盾重重，互相倾轧的优良传统，也给清军的胜利做出了重大贡献。崇祯多疑善变，意气用事，不顾实际，苛责于人，既用主战的卢象升，又不给以全权，使其进退失据，徒劳无功，发现其战绩寥寥后，又大失所望，不设身处地考虑卢的处境，一味严旨申斥，降级处分，激得卢象升摧折而死。
对于继任督师的孙传庭，崇祯也是如出一撤，不看其来之不易的成绩，只怒其不能成千上万的斩杀清军，把他亲封的实心任事之人扣上不尽实心的帽子，还不许申辩。
崇祯对孙传庭的态度起先是期盼，接着是不满，后来是恼恨。尤其是在清军撤退之际，崇祯认为要对敌军进行四面围剿大加惩创，孙传庭则坚持以当前明军的实力，根本做不到，最好的结局就是将清军驱赶出长城，万万不可不自量力把煞神再赶回内地。
君臣二人一个要堵，一个要赶，南辕北辙，大相径庭，因此崇祯认为原先实心的孙传庭不再实心，一味躲闪，大负委任。不识相的孙传庭自命痴忠一片，可质天日，偏偏不认可这个“不实心”，一再执着的请求陛见，越发激怒了崇祯，谁都接见，就是不接见孙传庭。君臣矛盾炸裂，最后竟然以孙传庭装聋为由，将其下狱铸成无可挽回的大错。
崇祯与卢象升、孙传庭的矛盾，卢象升与高起潜的矛盾，高起潜与孙传庭的矛盾，刘宇亮与孙传庭的矛盾，刘宇亮与行间诸镇的矛盾，行间诸镇之间的矛盾，前线将领与朝中言官的矛盾，明廷到处充斥着尖锐而难以调和的矛盾，焉能不败？
反观清方，皇太极本身就是高明的军事家、政治家，令行禁止，善于调和内部矛盾，不存在明廷激烈的内讧。其军事策略更是高明，入口之初，迅速斩杀明廷边军，然后左右路军并路而下。密云城坚炮利，清军有了宁远的教训，围而不攻，绕路而行。明朝重兵囤集北京，防守严密，清军一个月等不到破绽，再次分路而下，劫掠畿南，在运动战中寻机歼灭了卢象升。
孙传庭、高起潜、颜继祖等重兵防守临清、德州，清军却避实击虚，潜袭济南，一举而下，明军无如之何。撤退出口，关外攻打松山牵制辽军；数次逼近长城，吸引关内明军，掩护关内清军。关内清军数次迂回，故布疑阵，给明廷造成错觉，在付出轻微代价之后，安然出口。其军事指挥灵活机动，虚实相应，一气呵成，明方则僵化死板，数次误判，招招受制，处处失败。
戊寅之变对明朝的打击是极其沉重的，明廷遭到大肆杀掠破坏，经济损失惨重，更致命的是大批栋梁之臣或被清军杀死，或被明廷处死，不死于敌军锋刃之下，即死于朝廷国法之下，比之经济损失和一般人员伤亡，这是无法弥补的重大损失。孙承宗、卢象升、颜继祖、祖宽，或为元老重臣，或为当朝栋梁，或为地方能吏，或为边关猛将，都因为明朝调度无方送了性命，辛苦奔忙的孙传庭则被皇帝送进监狱。待到之后局势迅速恶化，明朝再无人可用，自己给自己的垮台创造了组织条件。
战事结束，明廷痛感各镇兵马孱弱，不能御敌，决定在各镇抽调精锐兵马严加操练，练就精兵三十二万。练兵就要花钱，于是又开征了每年七百三十万两的练饷，三饷全部登场，合计每年两千余万两，民间不堪重负，大大激化了社会矛盾。
崇祯受了刺激，狠心掏出三十万两内帑充饷，当然不是白给，是暂时借给朝廷，等收上税银来就要如数偿还，不过皇上不收利息，是无息贷款，已经是相当大方。
崇祯十二年四月，清军刚退出长城，朝廷开始加固北京城防，征集大量民夫班军疏浚护城河，挖深挖宽，深达三丈，宽达五丈，望之如同深崖巨川，工程浩大，花费近百万两银子。有言官叹息：去冬奴贼入犯，通州沧州德州济南都有运河、黄河为险，岂不比这数丈深广的护城河险要？可敌骑扬鞭飞渡如入无人，可见在人不在险，而今花费如此之巨用于无用之地，何如将这大笔银子用于岩疆要害防御。
满清和农民军一不沾亲二不带故，却在农民军最低沉的困难时期狠狠给了明朝一刀，迫使明廷重新把防御满清置于战略优先地位，将多年在陕西镇压农民军的洪承畴调到蓟辽，主持对清军事，而另两名阎王卢象升、孙传庭一死一囚，农民军压力顿减，死中得活，又重新活跃起来，势若燎原，明廷再也不能扑灭，朱明王朝的丧钟已经敲响！