三月十五，崇祯沉痛的表示“朕与大小臣工均属有罪”，皇帝虽然把他的责任摆在前面，还是让很多大臣无地自容。杨嗣昌是本次战役的总指挥，责任最大，已经多次辞官请罪，崇祯一概不准，坚定表示了对其他的信任和重用。这次见皇上如此沉痛，又来请罪，崇祯就是欣赏杨嗣昌这种为主分责的政治觉悟，感觉非常舒服。不管皇帝有没有过错，做臣子的都主动把责任全盘揽了下来，不喊冤，不叫屈，不争辩，坚决认为之所以出现这样或那样的问题，都是臣下没按皇上的英明指示去办，有罪的是臣子，不是皇上。而不是像孙传庭口口声声说他冤枉，和皇上硬扛，好像大明国就他一个是含冤受屈的，受不得一点委屈，毫无大局意识。
三月十五，崇祯沉痛的表示“朕与大小臣工均属有罪”，皇帝虽然把他的责任摆在前面，还是让很多大臣无地自容。杨嗣昌是本次战役的总指挥，责任最大，已经多次辞官请罪，崇祯一概不准，坚定表示了对杨的信任和重用。这次见皇上如此沉痛，又来请罪，崇祯就是欣赏杨嗣昌这种为主分责的政治觉悟，感觉非常舒服。不管皇帝有没有过错，做臣子的都主动把责任全盘揽了下来，不喊冤，不叫屈，不争辩，坚决认为之所以出现这样或那样的问题，都是臣下没按皇上的英明指示去办，有罪的是臣子，不是皇上。而不是像孙传庭口口声声说他冤枉，和皇上硬扛，好像大明国就他一个是含冤受屈的，受不得一点委屈，毫无大局意识。
为了应付朝野对杨嗣昌的严厉指责，崇祯暂时将其革职，但冠带办事，照常工作，权力不减，而且在“革了职”三个字旁边用特意朱笔写了“以安其心”四个小字，以安抚杨嗣昌，真可谓圣恩优渥矣。
在整个战争期间，崇祯、杨嗣昌这对君臣每日都在加班处理军情，杨嗣昌几乎将近半年吃住都在兵部衙门不曾回家，天天通宵办公。每每在夜半或凌晨接到紧急奏报，立即写奏疏上奏，一目十行，落笔如飞，很快就能准确的归纳总结，并形成处理意见回报皇帝。崇祯也从不拖延，杨嗣昌的奏报子时进宫，一两个时辰之后圣旨就下达，在勤政敬业上，二人可以傲视古今。
本次作战的援守部队比往日并未减少，每年的军饷数倍于以前，保卫战争却又一次惨败，杨嗣昌分析了原因，得出结论：“一言以蔽之，法不行耳”，崇祯深表赞同，这正是他一贯的看法，杨嗣昌又一次与他不谋而合。
兵科给事中张缙彦奏请严厉追究失事文武的责任，崇祯立命杨嗣昌全权主持戊寅之役的责任追究工作，并定下“不纵不枉”的原则，杨嗣昌明白皇帝的意思和个性，说是“不纵不枉”，重点在“不枉”，就是宁可错杀也不可放过，马上开始照办。
杨嗣昌把所谓有罪人员分了五类，一类是边备失机导致清军入口，如邓希诏、吴国俊；一类是陷城，未尽到守城保民的责任，如陈祖苞、张其平及失陷城池的各地方州县官；一类是通款卖国，如高唐州知州尹亮，他在清军围城之际，把暂存城内的江西十万两税银献上，换取清军绕道而行。一类是藩变，即德王被俘的有罪人员，如颜继祖、倪宠、祖宽等；一类是损将，如自己逃命主帅身死的李重镇。在五类之外还有一类是纵敌出塞，如收取清军贿赂的孙茂霖，这种情况特殊单独处理。
贾庄之战，卢象升孤身陷阵身亡，各镇将无不溃逃，兵部当时要求俱当立斩，这当然是做个样子，用人之际不可能一下把这么多将领全部杀光，毕竟还要靠他们给皇帝卖命。督察刘宇亮、总督孙传庭、总督陈新甲纷纷求情，最后兵部勉从其请，将各镇将一齐削职，充为事官，军前戴罪立功。
同样是溃围而出的总兵，关键时刻显出了不一样的人品。山西总兵虎大威合营苦战，所部中军、旗鼓全部战死，阵亡千总以上的军官数十人，所部伤亡惨重。宣府总兵杨国柱则无一名将领阵亡，显然未经激战，二人高下立判。虎、杨二人革职戴罪后，均能勇猛敢战，朝廷免其死罪，仍然革任戴罪，以观后效。
李重镇、刘钦是卢象升的中军副将，按照军法应与主帅卢象升同生共死。贾庄之战，李重镇扔下卢象升独自突围，刘钦则早一天就溜之大吉。开始兵部也令二人戴罪立功，由新任宣大总督陈新甲指挥。二月初六，陈新甲向兵部解来在香河斩获的清军首级报功，一共是八颗。其中李重镇名下的两颗，一颗是千总杨进朝（宁远兵变的那位）所获，一颗是蒙古材官恰班的所获，两颗都是清军中的蒙古兵首级，写明要替主官李重镇赎罪。
兵部尚书杨嗣昌看见后差点直接被气死。按照朝廷的赏格:一颗清军蒙古士兵首级赏银五十两，两颗共一百两，用此两级来赎李重镇之罪。李重镇所犯何罪？乃督师阵亡，亲将不能同死之死罪！而今竟然拿价值一百两的两颗首级来赎罪，可怜堂堂一代名将大明督师卢象升只值区区一百两银子。几近发疯的杨嗣昌请皇上立命孙传庭将李重镇绑拿立斩军前！李重镇、刘钦这样光荣的加入了八月金榜，一刀了之。
诡言有警，临阵脱逃的大同总兵王朴是卢象升之死的重要功臣，本次却逃过一死，只是把前后功劳概行抹去，降级管事，依旧做他的总兵，这一处置日后又给明廷带来巨大灾难。
山东总兵倪宠在上年本来是奉命剿流贼，刚好赶上清军入犯，他托言入卫，兵进德州。十一月初六，兵部真的命他防御山东，他却又南奔徐州。兵部派差官去调，倪宠腊月初七报称起行，一直逗留不进。在东昌遇见回镇的登莱巡抚杨文岳，直接跟着回了登莱，置兵部严令于不顾，导致济南失陷，被论处死。
辽东援剿总兵祖宽是员猛将，内外战场战功赫赫，腊月二十四，他被高起潜派往济南增援，手下只有三百骑兵。高总监的意思不过是做做姿态，祖宽也就拖拖拉拉，沿途逗留，也被处死。祖宽性情粗鲁，言语鄙陋，经常辱骂文官，是以被言官们猛攻，无人搭救，死的可惜。
明廷最大的军阀—关宁总监高起潜，本次战争中咬定青山不放松，牢牢抱定不与清军争锋的大计，在清军后面尾随数千里，所负责的区域失陷累累，战绩焦人，在其刀下倒是添了不少屈死的难民冤魂。杨嗣昌知道其人圣眷不衰，降六级了事。