持续半年的战事结束，各镇兵将征战已久咸欲回镇。清军出口之后，孙传庭请求朝廷将各镇兵马发回本镇，或有应留防者，由皇帝命兵部酌议。杨嗣昌却向皇帝建议将关宁津密、宣大通保等镇兵马各回各家，留下陕西兵马驻扎蓟州、保定等处，抵御满清。
孙传庭得知大惊，极力反对。他的部队是崇祯九年新招募而来，而且很多是农民军降兵，这些人当初带着家属来降，孙传庭都安置在省城西安，出征半年，归心似箭，如强行留防，必生祸乱。秦兵哗变倒是小事，要命的是流贼余烬未灭，只是摄于秦兵不敢妄动，如今将秦兵调之一空，万一流贼再起，何以应之？
孙传庭心急如焚，紧急与杨嗣昌磋商，坚决认为： “秦军不可留也。留则贼势张，无益于边，非哗即逃，不复为吾用，必为贼用，是驱民而从贼也。安危之机，不可不察”，杨嗣昌不为所动，忧急之下，孙传庭的耳朵更聋了。
四月二十三，孙传庭在通州接到圣旨，依旧恭设香案。他跪在地上，只见差官手捧圣旨，嘴巴一开一合说了半天，但半个字也听不到。
送走差官，孙传庭打开圣旨看见了对他的任命。皇帝雷霆忽霁，雨露顿施，没有追究他的所谓过错，而是任命他为首任保定总督，将河北山东数百万生灵托付与他，事权比之前的陕西巡抚大了许多，说明朝廷还是重用于他，心中稍感欣慰。孙传庭是要强之人，凡事都务求尽善尽美，从不愿意把他的瑕疵展示于人。如今五官缺一，自绝于天，羞愧难当，感到无颜居于僚属军民之上。他又是勇毅之人，常言天下无不可为之事，自不甘就此消沉，如今年未及五十，精力素强，自认为耳聋只是一时气急所致，只要精心医治，未必不癒。他翻阅邸报，看到蓟辽总督洪承畴及真定保定道臣以上都奉命觐见皇上，唯独不见他的名字，以为是皇上一时忘记，又上本请求陛见。很快接到圣旨“孙传庭不必陛见，着即星速上任”
从一出潼关，进入河北起，孙传庭就祈求陛见，几乎每道奏疏都有提到，而且一次比一次强烈。他痛感清军入犯，明军一败如水，中枢指挥失误，各镇懦若眠蚕，尽管在奏疏中提了很多建议，总是意犹未尽，急切想在皇上面前把他胸中思索已久的安内攘外大计一吐为快。从两年前剿寇以来，孙传庭就对杨嗣昌的很多策略不以为然，两人在陕西巡抚的责任区划分、汉兴商洛要不要设置巡抚等问题上颇有分歧。杨嗣昌自鸣得意的十面网，孙传庭更是颇有微词，公然表示所谓十面网不过是夸夸其谈，大有沦为空网之虞。
这些问题上，孙传庭有他独到的见解，但是也有地方主义的局限。他是在陕言陕，站在陕西一省角度上考虑的多一些，杨嗣昌是兵部尚书，负责全国军事，更多是的从全局出发通盘考虑。比如孙传庭嫌他防区过大，坚持要增设汉兴巡抚，杨嗣昌就反问，如果汉兴增设巡抚，那么湖广地域辽阔是否也要增设三四个巡抚，如此全国各省起而效尤，要增加多少巡抚，国家如何承受？孙传庭无以应。
虽然有歧异，总的来讲，二人在剿寇的合作上还是很顺利的。孙传庭足智多谋，勇于任事，擒闯王，抚蝎子块，平定大天王等，战绩赫赫，有目共睹，杨嗣昌一再在崇祯面前夸赞其人，并没有因政见不同而压制陷害。经过一年多的磨合，杨嗣昌对孙传庭的能力和魄力钦佩不已，并把洪承畴和孙传庭做了比较，说洪是洞山古佛，圣贤一路，孙是泰山岩岩，豪杰一路，洪终不及孙。
戊寅入援，杨嗣昌对孙传庭也多有借重，一开始就力主调其出关勤王，在卢象升死后，又力荐为督师。但是，由于战局不利，孙传庭对杨嗣昌的能力产生了严重质疑，在奏疏中责问“如此溃败，疆事决裂，是谁之过？”，暗指杨嗣昌调度无方。杨嗣昌是高明的战略家，军事指挥非其所长，孙传庭的指责不无道理。朝堂哄传，孙传庭有取杨嗣昌而代之的夺席之意，中国人的想象力自古到今都是那么的丰富强大，由此二人产生了严重隔阂。在清军撤退之际，杨嗣昌急于立功折罪，一再严令孙传庭大加痛剿，其人远在中枢，对瞬息万变的战场形势不能及时掌握，一些命令脱离了实际并不可行，由于恨铁不成钢，对孙传庭的指责有些也失于苛求，激怒了孙传庭。
尽管如此，杨嗣昌还是以大局为重，能在皇帝面前客观公正的为孙传庭开托，并力保其为保定总督，而且力请崇祯尽快召见洪承畴、孙传庭以定大计，体现了其雅量高致，而这些孙传庭并不知晓。他隐隐认为皇上一再拒绝他陛见，一定是杨嗣昌进了谗言，陷害于他。
皇帝一再不许陛见，激起了孙传庭的执拗之性，又写了请求陛见的奏疏，命差官送到北京。说他：“纵然耳聋听不见，但心尚存、舌犹在”，恳请皇上召见，他可以把留心考究的军国大计一一陈奏。皇上但有发问，可令辅臣写在纸上，他自能一一条对。即使不准陛见，也可以允许他在紫禁城前叩首，由户兵二部写出咨询的问题，和他商议一二日，再把他的建议上呈皇上，他不敢说他的这些愚见“如轻尘坠露，必无补于岳海高深也”，孙传庭耳朵聋了还是一如既往的自信。
差官进京把奏疏交给杨嗣昌，杨嗣昌他知道崇祯很火孙传庭，见孙传庭还是死心不改要见皇上，不由大怒。杨也是性急之人，恼怒之下，也不解释缘由，厉声斥责差官：“孙传庭好不晓事，这般时候，还要请陛见！”将差官赶了回去，不予转奏。如此，孙传庭更坚信是杨嗣昌阻挠他陛见，二人的误会终其一生再也无法消除。
皇上严旨不许进京，孙传庭只得南下保定赴任。路过北京之时，在京为官的山西同乡在郊外迎候，孙传庭意兴阑珊，消瘦了很多，耳不能听，话自然也少了很多，几乎是沉默不语，偶尔唯唯两声，与往日的生龙活虎，口若悬河判若两人，众人皆为掩泣，不少人痛哭失声。
日暮，行抵卢沟桥，分守太监武俊也是山西人，正在督修卢沟桥外的城池。他久仰孙传庭的威名，在上年驱剿战斗中鼎力帮助，曹变蛟所部的盔甲就是武俊提供。得知孙传庭过境，武俊亲自迎接。备下酒宴热情款待。
席间武俊殷勤敬酒夹菜，闻讯慰劳，孙传庭看见其关切的神情，知道是在慰问他，频频点头感谢，但听不到一句，只能命书役将其所言一一记下。