清军终于退走，孙传庭倒霉的日子也开始了。两日后在榆木岭接到圣旨，崇祯对孙传庭的战绩很不满意，劈头盖脸一顿训斥：“敌遁出口，未闻大创，犹云舍短用长，崇朝駾喙，全无愤耻，虚事铺张，孙传庭溺职殊甚。”在皇帝口中，孙传庭成了睁眼说瞎话、满嘴跑火车的无耻之徒，和刘宇亮的口吻不谋而合。孙传庭素以不浮夸自命，皇帝如此斥责，心中很是难受。他万万没想到，这只是难受的开始。
清军终于退走，孙传庭倒霉的日子也开始了。两日后接到圣旨，崇祯对孙传庭的战绩很不满意，劈头盖脸一顿训斥：“敌遁出口，未闻大创，犹云舍短用长，崇朝駾喙，全无愤耻，虚事铺张，孙传庭溺职殊甚。”在皇帝口中，孙传庭成了睁眼说瞎话、满嘴跑火车的无耻之徒，和刘宇亮的口吻不谋而合。孙传庭素以不浮夸自命，皇帝如此斥责，心中很是难受。他万万没想到，这只是难受的开始。
孙传庭在建昌一带堵截，手下兵马是他入援以来最多的，达到两万之众，有曾经指挥过的曹变蛟、贺人龙及他的直属标营郑嘉栋、李国政等部，用来得心应手，还有王朴、杨国柱两部，也能感奋知耻，勇往直前，但是要重创数万清军还远远不能。对此孙传庭有清醒的认识，他只是在力所能及的范围内尽量给予清军打击。前后数战，斩级不过数百，而高起潜、祖大寿二月在天津宝坻报称斩级三千余。二者一对比，崇祯有理由不满意，并为孙传庭的沾沾自喜感到愤怒，脱口而出斥其无耻。殊不知高起潜、祖大寿所报的斩级，绝大多数都是无辜难民，崇祯对高起潜的杀良冒功不予追究，而对孙传庭货真价实的斩级怒不可遏。
十七日，孙传庭行至迁西榆木岭，接到兵部咨文：奉旨降孙传庭三级戴罪，并引用了刘宇亮当初嘲讽孙传庭的警句“张网而鸟不入，刻舟而剑不存”
还没等缓过气来，二十日，孙传庭在三河翻阅邸报，一眼看到刘宇亮参劾他大负特委，圣旨批示：“孙传庭躲闪虚恢，全无调度，大负重任，该部院一并确议速奏”。朝廷启动了对孙传庭的问责追究。
孙传庭心中气苦，在他督师驱剿之时，举朝倚为长城，天天盼他早日把清军赶走，杨嗣昌隔几天就是一封书信，吹捧孙“环观宇内，不望台台谁望乎？”把孙传庭比作战国时大破秦兵的信陵君、唐朝痛击安史的李光弼，“转祸为福，因败为功，敬倚台台一手”，多么热情诚恳。到了清军北撤，朝廷对孙传庭的批评多了起来，等到清军完全出口，更是弹章如雨，纷纷指责孙传庭躲闪无能，要对其严加议处。一夜之间，孙传庭从功臣变成罪人，他这头驴拉了半年磨，一下磨坊就被送上屠场，角色转化就是如此之快。
二十二日，孙传庭行至通州，又接到严旨，命他停止前进，留驻中途恭听处分。孙传庭再也无法忍耐，奋笔疾书上疏申辩，把他上年入援以来的种种情形一一向皇帝陈述，饱含委屈的哀叹“自入援以来，万苦备尝，一着未错，比敌将去，臣罪遂多。及事甫竣，即束身待议，虽欲碎首御阶，剖心无由，薄命如臣，胡可得也！”孙传庭一肚子委屈，就有一个强烈的要求—面见皇帝：“三年远役，半载入援，咫尺天颜，妄冀一瞻晬穆，稍申犬马恋主之私。”一方面是解释他的事情，一方面是向皇帝阐述今后对付清军的策略。
对于刘宇亮的参劾，孙传庭既无奈又愤怒，他无法理解刘宇亮自己被革职，怎么还要找他垫背？半年以来他对这位同年首辅督察是百般迁就，苦心忍让。刘宇亮不懂军事还要瞎指挥，贪生怕死却要各镇拼死向前，一路之上，丑态百出，成事不足败事有余，各镇总兵怒气冲天。孙传庭煞费苦心调和关系，到头来却被其接连上本弹劾，大骂孙传庭恬不知耻。
孙传庭只得自认倒霉，哀叹：“督察颠倒乃尔，而毅然请缨，则臣等行间文武之大不幸，于督察何责焉”，末了禁不住愤愤不平：“臣蒙皇上委任不效，即靖二东（山东、辽东）、障陵京，卫内堵外，前后零斩，大战屡捷，俱不敢言功，第臣即不才，亦不至远逊督察焉。乃督察患失惧祸，厚诬臣等以行其掩饰，臣即任受，将如清议何哉？孙传庭还是对公众舆论抱有一线希望，觉得群众的眼光是雪亮的。
奏疏上去，又被崇祯申斥：“郡邑失陷，孙传庭任后不少，岂得诿卸？”皇帝此语，冰冷犀利，如同一把利刃扎入孙传庭肺腑。他不明白，清军入犯之后连陷五十九城，自他接任督师之后，所负责的区域内无一城因失于援救失陷，圣旨如何却斥责他失陷不少，统御四海万民的皇上怎么也能睁眼说瞎话？
凛承严旨，孙传庭跪在地上，手足无措，头脑中一片空白，突然觉得胸中憋闷，两耳中只听得轰轰隆隆，如同雷鸣，久久不绝，良久之后才寂静下来。孙传庭爬起身来，随员过来与他说话，孙传庭突然觉得听不见声音，命其大声言语，随员走到近前，张大嘴巴禀报，孙传庭还是听不见，满脸愕然，左右一片惊异。孙传庭觉得不对，竖起耳朵再听，还是声息皆无。这时滴滴答答，窗外下起雨来，猛然间天上一个炸雷响起，声势猛恶，震得窗户纸发颤，众人皆惊，孙传庭恍若无事，充耳不闻，众人才明白—孙督师聋了！
左右急忙传来医官，医官抓住孙传庭的左手来回号脉，又看了舌苔，只见潮红如血，不住的摇头，连声叹气。孙传庭枯坐椅上，知道不妙，问医官他所得何症？医官要过纸笔，写了八个字“肝火爆发，肾水枯竭”，凝神思索一阵，开了药方，让一日服两剂。孙传庭按照医嘱老实服用，毫无效果，于是增加大剂量一日四剂，依然无用。医官改用峻厉之猛药，药性猛烈，吃药吃得孙传庭大便带血，小便色赤于赭，尿也尿不出来，要用手挤压脐下才能排出。家人童仆、官役随员无不垂泪，各级官员不时前来慰问，孙传庭躺在床上只能微微颔首表示感谢，一切言语毫无所闻。唯有城头施放大炮，才稍有反应。
本次清军入犯，由北京南下直闯保定、真定，明廷郡邑望风而溃，杨嗣昌痛感该地区防御薄弱，奏请设保定总督，总督保定、山东、河北军务，以增强防御力量。济南失陷之后，明廷任命洪承畴为蓟辽总督，孙传庭为保定总督。
洪承畴在上年十二月也奉调入援，等他的兵马到了长城董家口，已是本年三月中旬，清军早已出口五天，洪承畴提兵驻扎京郊候旨。
清兵出口之后，明廷着手战后布局，杨嗣昌请皇帝立即召见洪承畴、孙传庭商议大计。崇祯马上命提兵在京郊候旨的洪承畴星驰陛见，
清兵出口之后，明廷着手战后布局，杨嗣昌请皇帝立即召见洪承畴、孙传庭商议大计。崇祯马上命提兵在京郊候旨的洪承畴星驰陛见，并拨给其内帑十万两犒赏士卒，对于几次三番强烈请求陛见的孙传庭则晾在一边置之不理。
四月初三，崇祯在武英殿召见洪承畴，极尽优礼慰劳备至。谈起孙传庭，崇祯怒形于色，说定要将其严加议处。保定总督命杨嗣昌另推一人，杨嗣昌说孙传庭人才难得。洪承畴和孙传庭在陕西这几年合作的很好，关系很融洽，也向皇帝求情，崇祯还是没有松口。
第二天，崇祯召集辅臣再次讨论蓟辽总督、保定总督和陕西巡抚的人选。蓟辽总督洪承畴，大家一致没有异议。保定总督，崇祯说还要用一人，杨嗣昌又奏请用孙传庭。
崇祯犹豫：“孙传庭在陕西尽好。此番一味躲闪，若再用，岂不误事？”皇帝对孙传庭这回的表现很不满意。
杨嗣昌道“传庭此来胸有成见，勉担残局，未免躲闪。若做保督，从头料理，自然不同”
崇祯还是不允“练兵或者去得，但督察既然处分，岂有总督不处分者？”
杨嗣昌还是推孙“洪（洪承畴）、孙二臣亲经战阵，臣亦不及传庭之才，毕竟可惜”
经过杨嗣昌的再三保举，崇祯终于同意孙传庭任保定总督，命他即刻上任。