左右两路清军在通州以北会合后，没有马上进逼北京，而是在京郊盘旋，与明军发生小规模的战斗。继卢象升部在孙堠失利后，高起潜指挥的辽军刘伯禄部也在卢沟桥被清军击败。
明军虽然失利，但各路援军云集北京，防备甚严，清军也无机可乘。在相持了四十天后，十一月初，清军绕过北京转而向西，分路南下。岳托、多尔衮等秉承努尔哈赤的用兵秘法，清军始终抱成一团，不给明军各个击破的机会，即使分路而下，也相互保持一定距离，以便援救。清军处于进攻地位，掌握了战斗的主动权，明军只能被动防御。
对于入犯的清军，杨嗣昌也没有神机妙计。清军来去如风、矫捷剽悍的骑兵部队是当时最强大的兵种和武力，在冷兵器时代只有具备与其对等的骑兵才能与之抗衡，汉唐元明莫不如此。当时明朝恰恰就是没有这副家当，比较而言只有部分关宁军精锐勉强可以与之一战，但高起潜又极为持重，绝不与清军正面交锋。
无奈之下，杨嗣昌把夜袭作为法宝，建议各部队精选敢死队（最好是没钱的穷人）在上弦月黑之夜（不是十五月圆之夜）手持轻便火器前去劫营，每夜不绝，前仆后继，忠勇者重赏，退怯者立斩，如此持续不断，敌军必狼狈而逃。
崇祯开头看了很是欣赏，看得多了就提出了疑问“逆虏狡诈百出，夜劫一法，只可间用，今夜得胜，次夜彼岂能无备？”皇帝的脑子还是很灵。
清军南下畿南，在明朝统帅部的预料之内，按照应对计划，本应留一人扼守京通，另一人南下南下邀截，但崇祯指示高起潜、卢象升二人并力同心，勒限驱剿。杨嗣昌担心二人去后，京通空虚，万一关外之敌再闯进来，北京危矣。命二人各提兵二万前去追剿，余部留守京通。另外严催陕西巡抚孙传庭星驰入卫，勿容滞留。因战事扩大，明廷又增调河南援剿总兵左良玉和山东总兵倪宠所部北上驰援。
清军舍北京南下，目的就是劫掠，明廷如果各处城池防守坚固，清军将毫无所获，因此增强防御是第一要务。明廷严令各处州县官死守城池，如有失陷必定严惩，同时命高起潜、卢象升援兵部队即日南下驱剿，但效果很不理想。
十一月初七，清军分为两路，一路往涿州和保定之间的定兴西南，一路往定兴以东的新城，两路紧贴而行，距离不到50里。卢象升提兵往定兴，高起潜提兵往新城分路而追。在关内激战之时，皇太极在关外动作频频，以牵制明军兵力，间接支援关内清军，在辽东出兵攻打城池，并放出风声要在喜峰口继续突入，明军统帅部真伪难辨，左右为难，不敢把全部兵力南下追击敌军。
崇祯担心北京安危，命杨嗣昌与督监二人商议，可否把高起潜调回京通，留卢象升一人追剿清军。杨嗣昌与卢象升几次磋商，卢象升先是显示表态同意一人独往，后又说还是愿意同高起潜并力追剿，最后仍然保持原先二人合力追剿的态势。
初八，高起潜在新城发骑兵五千赴雄县、二千往容城，与保定巡抚张其平、总兵刘光祚会合，山东巡抚颜继祖在霸州、大同巡抚叶廷桂在新城。鉴于目前清军分路南下的态势，杨嗣昌主张明军不必再如上月守卫京师之时持重，总督总监可以奋力邀击，但有机会得手即做。
但是实际情况并未如明朝中枢所料。清军纵马疾驰，日行百里，攻城略地，各路明军只是尾随其后，并不能在其前进路上间道抄截。清军所过之处，明朝城池纷纷失陷，官民被杀，战局急转直下。
十一月初九、初十，清军连破任丘、高阳、蠡县、庆都，退休在家的前大学士孙承宗被杀。
崇祯四年十一月，因大凌河兵败，孙承宗辞官归里，闭门读书，不问世事，日以教授孙辈读书为乐。孙承宗是带着处分辞官的，很多人不敢上门探望，他也不愿意旁人受他连累，不与外界交通，只有他的心腹幕僚太常寺少卿也是辞官回乡的鹿善继，不时从定兴过访。崇祯九年秋，清军破定兴，鹿善继身亡，高阳幸而未破。鹿善继之死，孙承宗极为悲痛，写了悼诗四十九首纪念。
崇祯十一年春，孙承宗的另一亲信门客福建人蔡鼎专程北上探望，孙承宗很高兴。人老了，就怕孤寂，最是喜欢亲友故人前来探访。蔡鼎是江湖术士，自称能未卜先知，提醒孙承宗今秋清军可能还来入犯。孙承宗显得有些无奈，说“万一来犯，也只有死守，其他也没甚么好的办法”蔡鼎 又劝孙承宗移居保定，保定是府城，守卫森严，比高阳安全得多，孙承宗不从。
十一月初九，清军数万来攻高阳，孙承宗部署子弟守城。高阳小城，铅弹火药无多，百姓把家中的铜盆铁锅都拿出来融化为铅弹，房子拆了取出房梁竖柱作为滚木，台阶扒掉以为礌石，死守了两日，最终城破。孙承宗在北城城楼坐镇，还在指挥放炮，清军蜂拥而至，家丁南州挺身护主，死于乱刃之下。清军认得孙承宗，将其劫持至城南的圈头桥清军大营。
孙承宗先后两次督师辽东，在关外大名如雷贯耳，清军将领将其推到上座，口称孙阁老。孙承宗誓死不从，坐在地上大骂“臊狗奴，快杀我！”一名清军汉将以亲身经历劝孙承宗“南朝不识好人，北朝识好人，善待英雄，阁老何不归顺北朝，辅佐大业，何苦为崇祯白白送死？”孙承宗目眦尽裂，厉声喝骂“我天朝大臣，城亡与亡，唯一死耳，何须多言”又一清将狞笑“老贼不降也罢，拿出金银可饶尔一命”孙承宗高声骂道“臊狗奴，真无耳者，难道不知天朝有一无金银的孙阁老么？
孙承宗本就中气充沛，声若洪钟，此时情绪激动，须髯戟张，更是如雷鸣鼓震，震得人耳朵嗡嗡作响。他决意就死，问清军要来一张芦席，铺在地上，神色惨然，跪于席上望着北京方向三叩头，喝令清军即刻将他缢死，清将满足了他的要求，有两名士卒过来用绳索套住孙承宗的脖子，用力一拉，孙承宗绝气身亡。高阳城破，孙承宗的五个儿子，六个孙子，两个侄子，八个侄孙全部殉国，可谓满门忠烈。
第二天，高起潜带兵到了高阳，得知孙承宗的死讯。孙承宗督师辽东之时，曾是高起潜
的上级，多少有些感情。乡人把孙承宗的尸体运至军前，由孙家仆人侯果背回孙府。只见孙承宗面貌如生，舌头微微突出口外，须发郁然。高起潜也难得的掉了几滴眼泪，寻了一口棺木成殓起来，然后上本报告朝廷。
孙承宗的长子孙铨时任山东高苑知县，其长子孙之淓在北京做锦衣卫指挥佥事，父子幸免于难。十一月十八，孙之淓从北京赶回，给祖父重新找了一口上等棺木，一个月后，孙铨由高苑回来奔丧。在崇祯十二年七月初六，将孙承宗葬于高阳城西二里的孙氏祖坟，孙承宗总算入土为安，下葬之日，蔡鼎和鹿善继之孙一同赶来祭襄助，一代英雄就此落幕。
高起潜的报告到了北京，崇祯命有关部门从优议恤。但是最后只批准恢复原官，给与祭葬，追赠谥号和荫封后代的请求一概驳回，到了福王之时，才追赠太师，谥号文忠。