毛文龙死后，袁崇焕没来得及彻底整顿东江就被崇祯处死，皮岛数年内接连大乱，元气大伤。朝廷对其也兴趣大减，把袁崇焕提高了军饷水平又降至原来的水平，每年的粮饷根本不足以养活各岛兵民。一些大臣甚至认为皮岛已成为累赘，毫无作用，不如撤掉。如杨嗣昌，他一直认为皮岛不过是毛文龙等借以走私，发家致富的生意场，什么牵制后金，都是幌子，在皮岛遭到清军大举进攻之时，也对救援持消极态度，皮岛溃亡后，甚至有解脱的喜悦，比作“决二十年之大痈，醒二十年之大梦”，这和其人对辽东局势的悲观论是一致的。
东江另一个为人诟病的是贸易问题。
皮岛位于鸭绿江口，明朝、后金、三国交界要冲，是天然的贸易佳处，吸引了三国的商人来此贸易，商品有、后金、明朝各自的特产，生丝、布匹、锦缎、貂皮、人参、水银、茶叶等等还有日本，东南亚的商品在皮岛周转贸易，流转于三国之间，成为当时全球性贸易的一部分。
贸易的缘起是东江镇的粮饷不足。天启二年到天启七年，东江镇共收到银两 105万两，平均每年 17万两;米豆9万 石，平均每年 1.5 石。
按照当时军饷水平，明朝政府每年拨给东江镇的银两只能供养不到两万人的部队，而东江部队在三万人出头，还有百姓十余万人。仅靠朝廷的粮饷，军民要饿死大半。毛文龙曾向朝廷索要一百万两军饷（饷银及米豆），如果按照关宁军的军饷水平和全盛时的东江军民数，虽然有夸大，并不太过分。
在此情况下，毛文龙自想办法，采取了两项措施，一是问寻求帮助，每年提供东江数万石大米，多的时候达到十五万石，二就是海上开市，通过海上贸易，毛文龙既收取商人商税，又亲自参与贸易，利润很是可观，不但解决了军民粮饷，各级军官又发了大财，何乐而不为？毛文龙之所以顶住不让袁崇焕查核兵马钱粮，还有一个没有说出口的顾虑，就是害怕袁崇焕斩断其海上贸易的生财之道。
有贸易，就有走私，繁荣兴盛的皮岛开市之下，一些明朝明令禁止的布匹等重要物资也源源不断的在利润的自然驱动下输往后金，解决了后金的一部分经济困难。因此，后金贵族很看重东江的海上贸易，不惜放下身段，主要和东江主官拉近关系，频频以高官厚禄诱降。
崇祯四年 (1631)，皇太极与刘兴治商谈互市事宜，信中写道 “其缎金银，无有也罢，
惟弓面、茶叶等项杂货，这边不出，怎么得的？幸勿吝而易换之”，向刘兴治讨要弓面茶叶，语气之谦卑，实为罕见，说明东江在与后金的交往中，占据了相当大的经济优势，能迫使横行天下的天聪汗低声下气。
明末的军队有三大系统，关宁军为主的辽军集团、毛文龙手创的东江集团和从明代中期形成的陕甘西兵集团。曹文诏、左良玉、刘泽清等从辽军中分出来后自成一军，其源头不出以上三家。
三家中，辽军装备最好、待遇最高、实力最强，主要作战对象是后金和后来的清朝，陕西部队次之，主要对手是国内的农民军。东江部队人数最少、待遇最差，生存环境最艰苦，主要对手也是后金和清朝。
在历史大势的无情播弄之下，东江部队的命途多舛。毛文龙死后，东江失去了一言九鼎的统帅，而准备整顿东江的袁崇焕又很快身遭奇祸。皮岛开始内乱不止，刘兴治杀陈继盛、沈世魁又杀刘兴治，黄龙被劫持险些丧命成了残废。孔有德、耿仲明等与沈世魁不和，投到登莱孙元化部下，因入援大凌河发生叛乱投向后金，引金兵攻打旅顺的黄龙。
临阵之际，孔耿下令“旅顺的官兵老幼，一个也不要留他”。城陷之后，黄龙自刎，旅顺被屠，而手举屠刀的正是东江同袍，包括随后降金的尚可喜的家人也尽数死于旅顺，同室操戈，相煎何急。四年之后，这一幕又在皮岛重演。
沈世魁死后，皮岛失陷，黄孙茂把总兵印信交还朝廷已经有放弃东江的意思，杨嗣昌等力主取消东江建制，全力保守关宁，明廷彻底放弃了东江。沈志祥的石城岛之乱，已经无关宏旨。
由于东江特殊的军事经济地位，努尔哈赤父子不遗余力的进行诱降活动，尤其是皇太极更为热心卖力，从毛文龙到刘兴治再到沈世魁都和后金有过此方面的接触。毛文龙与皇太极书信来往，人员往还，交往甚密，以至于盛传其已经降金，语言夸诞是毛文龙一贯的风格，在和皇太极的书信中天马行空、信口开河，完全以游戏笔墨写出“尔取山海，我取山东，如此则大事成矣….事成之后，尔如何待我？”，嬉笑怒骂，说的神乎其神。如果他不被袁崇焕斩杀，是否降金，是个疑问，毛都督已死，这个问题只能问之于天，但终其一生毛文龙始终没有迈出投降的那一步。
刘兴治以暴力手段夺取了皮岛，深知明金均有除其之心。皇太极在杀了刘兴祚之后，善待其刘氏家属，频频命刘兴贤写信招降刘兴治，并将其妻子送还，答应了刘兴治的种种条件，不耐其烦的安抚以消除其对后金的疑虑，刘兴治和后金的关系急速拉近，他对明挟金自重，对金又挟明自重，周旋取巧于二国之间，自以为得计，最后为沈世魁所杀，全家惨遭灭门，也没有公开降金。
黄龙是坚决的抗金派，和后金兵戎相见，最后城陷自刎。沈世魁在位，皇太极又开始诱降，但得不到如同毛文龙、刘兴治般火热的回应，最后通过战争手段解决了皮岛
尽管明朝东西并进的战略破产，皮岛对后金的进攻越来越少，最后纯粹进入防守，皇太极还是把东江视为心腹大患，终于借征伐之机，顺手连根拔掉，从此吃得下、睡得香了。而明朝无论对还是对东江，都是嘴上作业，毫无实际有力的援助，坐视其被满清一一征服消灭，藩篱尽失，彻底成了光杆儿司令。沈志祥的问题刚告解决，满清的屠刀又伸了过来，明朝大难临头了！