十月初二，大军行至锦州沙河堡，皇太极命多尔衮，豪格等率领左翼兵，从鸭绿江东面的宽甸入长山口，以破朝鲜东北诸道之兵。第二天，命马福塔、劳萨等率领三百精兵，扮作商人，日夜兼程，直插朝鲜王京，数日后又派多铎、硕托等领军千人，作为马福塔之援军。初九，皇太极抵达镇江，觉得恐怕马福塔、多铎等人率领的部队还是太少，又命岳托、老贝勒额驸杨古利等率三千人马火速增援。次日，清军突破义州，杀入朝鲜境内，十二日陷郭山城，十三日破定州，朝军望风披靡，如入无人之境。为了防止明军增援，皇太极命贝勒杜度，及孔有德、尚可喜、耿仲明等率精骑，往攻皮岛、云从岛、大花岛、铁山一带，分割、切断皮岛明军和朝鲜的联系。
清军入犯，朝鲜举国愤怒，奋起反击，但是爱国热情决定不了战争胜负，两家的军事实力对比过于悬殊，清军伐朝，如同狮子搏兔。朝鲜当时人口不过两百余万，兵不到七八万，水陆军俱全，也装备了一部分火炮，拥有射击技术纯熟的炮手。但是朝鲜和明朝有同样的问题，长期处于和平状态，武备废弛，而且朝鲜近乎痴迷的崇拜模仿明朝的儒家文化，尊崇礼义，鄙视武功，导致整个国民社会柔靡文弱，国防力量相当脆弱，以至于毛文龙当年都放言要将朝鲜袭而取之。
光海君执政之时，对当时形势有较为清醒的认识，不同意派兵援助明朝与后金结怨，他判断“老酋桀骜，虽以中朝兵力，未能必其一举剿灭”，萨尔浒之战果如其言。丙子胡乱几乎就是十年前丁卯胡乱的翻版，朝鲜的武力丝毫未长，清朝却吞并了漠南蒙古，收降了诸多汉军，势力大增，此消彼长，胜负丝毫没有悬念。
十三日，清军前锋攻入平壤 ，朝鲜守臣弃城而逃，平壤到汉城仅五百余里，骑兵疾驰两日可到，王京之内人心惶惶，一片混乱，出城逃难者不计其数，社会秩序已经失控。
李倧彻底慌了手脚，大臣们束手无策，下令赦免罪犯就地充军，起用老将沈器远为留都大将，都是急来抱佛脚的招数，那几位义愤填膺叫嚣要与清朝断交斩使的爱国大臣此时也集体失语。
十四日，天降大雪，更加剧了恐慌情绪，黎明时分。清军前锋已进入汉城郊区。朝鲜长湍府使黄稷带着一哨人马与清军相遇，被就地缴械，直接剃发编入清军，穿着满清的袍褂作为先锋进攻汉城。
看得情势危急，李倧忧心如焚，又准备施展绝招上江华岛避难。一大早把宗庙神主、皇室元老和后宫妃嫔送到江华岛避难，午后，李倧率亲随出王京南门也准备去江华岛。探马来报：清军已过延曙驿，马福塔率数百铁骑已到汉城西郊慕华馆以北的弘济院，另一股清军截断了阳川江，去江华岛之路已被堵死。李倧心乱如麻，无奈之下折回汉城，坐在南大门城楼，召见群臣问计，众臣呆若木鸡，不知所对。都监大将申景禛在慕华馆阻击清军全军覆没，城内士女哭声震天。
吏曹判书崔鸣吉还算有点主意，自报奋勇单骑去见马福塔，以缓其师，以抢出时间来掩护李倧出城上南汉山暂避。李倧连连点头，拨给他禁军二十名和牛酒金帛等物去犒劳清军，刚一出城，这些禁军就甩下崔鸣吉四散而逃。
李倧慌慌张张带着亲信出城，城中百姓都认为跟着国王才最安全，光着脚拼命追赶，哭声震天。天黑时分，才到山底，顾不得山高雪滑，七手八脚爬了上去，山上筑有城池，李倧进去安歇。
第二天黎明，李倧下山，还是想去江华岛，但雪后结冰，不能骑马，才走了几步，就摔了好几交，李倧疼痛难忍，脚趾也被冻伤，侍从用毛方席包起来抬着才回到城中。
此时，外省援兵陆续来到，军兵一万二千余人登上南汉山守城，李倧稍稍安心。
崔鸣吉跑到弘济院见到马福塔，二人以前常打交道，还算有点交情，但此一时，彼一时，马将一脸骄狂，毫无朋友的态度，开口就要李倧过来回话。崔鸣吉说“主上移驾南汉山城，一时难以相见”
十六日，清军主力进围南汉山，连营数十里，朝鲜君臣眺望山下，无不变色。
很多大臣开始动摇，请求送世子入清营，对清称臣，尊皇太极为皇帝，以挽救朝鲜国祚，李倧不从。当时山上军兵一万三千八百，粮草给养可支撑六七十日，但是人心涣散，很多人被清军之威吓得魂不附体。
二十九日，皇太极率军渡汉江而来，在山下张两柄大黄伞，擂鼓放炮。朝军与清军发生激战，努尔哈赤的女婿六十六岁的超品一等公扬古利被朝鲜炮手放炮击毙，朝军虽顽强抵抗但无法突围。
正月初一，清军结阵，号称三十万，旌旗蔽日，炮声动地，皇太极登上东面的望月峰，俯瞰城中。崔鸣吉听说皇太极来了，极为惊慌，跟李倧讲“汗既出来，尤难抵挡，国必亡矣”更增加了李倧的忧虑。
这是皇太极有生以来，第一次在外地而且是出国过年，虽然不能与家人团圆，但瓮中捉鳖，别有一番情趣，年味更浓。朝鲜本就严寒，李倧君臣又被困在高山，更是冻得发抖，正月二十，又降大雪，雪深一尺，守军和大臣们冻死多人，南汉城中，愁云惨淡。
李倧实在扛不住了，二十一日，派李弘胄、崔鸣吉持国书下山求和，不再坚持大义，乖乖的称皇太极为皇帝，皇太极看了大笑。
求和的空气越来越浓，为了早日达成和议，备局开始追究斥和（和清朝断交）的祸首，以显示求和的诚意。一致推举当初要斩罗李二使首级砸皇太极大门的洪翼汉为第一人选，亚军和季军分别是弘文馆校理尹集、修撰吴达济，都是三个只读死书，不通世务的书呆子。
二十四日，清军用红衣大炮攻城，声如巨雷，在空旷的山谷中回声不绝，将城上垛口尽数打坏，城中大惧。二十六日，噩耗传来，江华岛已于三日前被清军多尔衮部攻陷，朝鲜王妃等全被生擒，跟随李倧的大臣们家属十有八九都在江华岛，听闻后吓得大哭，气象之惨，不可言状，李朝君臣的仅存的一丝斗志彻底崩溃了。