其后的二十年间，俺答的势力达到顶峰，向西征服了青海蒙古及青海湖周围的土著部落，向南任意蹂躏明边，一入明边。明人男女死者少则数万，多则二十余万，财物掠夺不计其数。气焰之盛，逼得察哈尔的打来孙汗，率部东迁远赴辽东以避其锋。
俺答收罗了许多明廷叛臣及不得志的失意文人赵全等以为谋臣。这些人熟知明边地形，风土人情，有其为助，俺答如虎添翼，几乎做了皇帝。已经盖起七层大殿，雕梁画栋，金碧辉煌，大厅上写着“威震华夷、沧海蛟龙”等匾额。这就是塞上名城归化城（现在的呼和浩特）的起源。
就在俺答对明朝构成严重威胁之际，隆庆四年（1570），一位传奇女子改变了历史的走向。
二十一岁的三娘子是俺答的外孙女，貌美聪慧，本来已经许配与人，六十四岁的俺答垂涎外孙的美貌，竟然据为已有，这如果在汉地，俺答再凶悍十倍也不敢公然为之，但在游牧民族对这些礼法并无太大的讲究。俺答为了补偿三娘子的未婚夫，顺手把孙子把汉那吉的未婚妻转给三娘子的未婚夫作为补偿，此举激怒了把汉那吉，一怒之下逃入明边。
此时世宗嘉靖已死去五年，继任的穆宗皇帝甚是宽容，手下的大臣渐渐敢放手做事。宣大总督王崇古和大同巡抚方逢时马上把汉那吉一行十余人接纳下来，并上奏朝廷，大学士高拱、张居正也严重赞同，建议利用把汉那吉挟制俺答，穆宗表示同意。
孙子叛逃，俺答颜面丧尽，他素日本来很疼爱把汉那吉，这时特别害怕明廷将其杀害。俺答于是向明廷请和，愿意纳贡称臣，但同时提出了互市的要求。经过高拱、张居正等一力促成和穆宗的坚决支持，明蒙达成和议，明廷封俺答为顺义王，铸赐金印，三娘子、把汉那吉以下各有封赏，两家在宣府、大同等地开市。
之后的六十年间，双方再无战事，“天涯静处无征战，兵气销为日月光”，南北实现和平，边境百姓安居乐业，成千上万之人得以免为刀下之鬼。
把汉那吉回到蒙古，爷爷俺答重新给他娶了貌美的姑娘，三娘子则被明廷封为忠顺夫人。俺答死后，嫁给了俺答之子黄台吉，黄台吉死后续嫁其子扯力克，先后给俺答三代做过夫人。万历四十年（1612），六十三岁的三娘子去世，其一生为蒙汉团结和国家和平做出了永不磨灭的贡献。
在俺答封贡过程中，明朝边臣及中枢展现了难得的担当精神，不拘泥于细枝末节，敢于为国家人民的长远利益考虑。俺答来信之后，明廷派人持空白信纸到蒙古，先盖顺义王印信回来，明方翻译对照原文按照明朝的表文格式，将书信重新写过，把其中的不逊之辞，一律改为恭顺字眼，再上奏朝廷，既务实又灵活。当然最关键的还是穆宗的态度，如果皇上不旗帜鲜明的支持和议，张居正、王崇古等本事再大也等于零。
俺答入犯，最根源的驱动是经济需求，和后来皇太极颇为相似。皇太极也是迫切想与明朝互市，频频求和，求和不成，举兵入犯，大肆杀掠，入犯的目的也是为了抢夺财物，严嵩所说的“此抢食贼耳”并非全无道理。所不同的是，俺答只是单纯劫掠，并未侵占明朝疆土，而努尔哈赤父子则将明朝辽东之地席卷一空，这也是明方难以接受议和的一大障碍。
达延汗之后，蒙古左右翼万户们渐渐开始各自为政，喇嘛教风行之后，西藏的大喇嘛到处封各部首领为汗，一时间各部首领纷纷称汗，大汗多如牛毛，也不再那么值钱了。大家都成了大汗，正宗的各部共主察哈尔大汗威权日衰，只剩下名义上的尊严。
万历三十二年（1604），十三岁的林丹汗（明人称之为插汉虎敦兔）即察哈尔汗位，他是成吉思汗19世孙，蒙古第36任大汗，也是最后一任大汗。
林丹汗即位之时
，蒙古民族的辉煌已成为过去，整个蒙古分为漠北、漠南、漠西三部，漠北、漠西地处辽远，还未参与到中原的激烈争夺中来。漠南蒙古右翼在宣大以西，左翼在蓟辽边外，各部首领称王称汗，各霸一方，在林丹汗祖父布延薛禅汗之时，左右翼各部好歹还向大汗按时进贡，维持表面的恭敬。布延薛禅汗死后，欺负林丹汗年幼，连进贡也都免了。
林丹汗即位的前十年，默默无闻，明方的记载是其人耽于酒色。十三岁就耽于酒色，颇有几分夸张，未必可信，但安于享乐，生活奢华基本属实。其笃信喇嘛教，从幼年起由喇嘛数次灌顶，即位后到处建造喇嘛庙，翻译了大量佛经。
祖先铁木真、窝阔台、拖雷、忽必烈等大汗的伟业丰功给年幼的林丹汗带来无比的骄傲和自豪。面对今日蒙古诸部四分五裂，大汗毫无威权，无人理睬的局面，林丹汗仿佛回到了四百年前铁木真统一蒙古之前的蒙古高原。他本来就最崇拜成吉思汗，这时立志重振祖业，再现全盛时期的蒙古，也以成吉思汗自命，自称“神中之神全智成吉思隆盛汗”。因自幼笃信藏传格鲁派黄教，又自称“林丹呼图克图福荫成吉思睿智战无不胜伟大喇瓦尔迪大太宗之天神全世界之玉皇转金轮法轮诺门罕”，这一超长贯口，雷人而神奇，糅杂了汉蒙藏各路顶级大神，包括现实中的和传说中的，展现了林丹汗的勃勃雄心。
带着满怀壮志，万历末年，林丹汗开始活跃于历史舞台。万历四十三年（1615），二十四岁的察哈尔大汗林丹汗亲率数万铁骑号称十万劫掠明边，沉寂多年的死火山突然喷发，明方毫无准备，惊呼其为虏中名王，视为蒙古诸部汗王中的头号威胁。
林丹汗崛起之时，天下形势已经大变。原先作为蒙古附庸的建州女真异军突起，其首领努尔哈赤经过三十年征战统一了女真各部，只余下叶赫依附明朝暂时存活。万历四十四年，努尔哈赤黄衣称朕，公然与明朝分庭抗礼，并在三年后发兵攻明，尽占辽河两岸之地，成为新兴的霸主。
林丹汗对后金的兴起颇为不屑，在他看来努尔哈赤父子是不折不扣的一夜暴富，虽然有钱了，但依然是泥腿子本色，永远成不了贵族，更不能和他这位金光灿烂充满荣耀的成吉思汗黄金家族直系子孙相比。林丹汗有一句口头禅“南边只一大明皇帝，北边只我一人，何得处处称王？”，当时称王之人只有努尔哈赤一家，个中含义，不言而喻。
天启年间，辽东出现了察哈尔、后金、明朝三方博弈的局面，明金刀兵相见，直接交锋，察哈尔及其他蒙古诸部坐山观虎斗，举足轻重，成为双方竭力争夺的对象，林丹汗处于极其有利的地位。
辽东边外，蒙古诸部的分布如下：
最东北面是成吉思汗弟弟哈撒尔的后裔科尔沁部，位于嫩江河口；科尔沁以西是察哈尔林丹汗，其金账设在金刚白城（察罕浩特，今内蒙古阿鲁科尔沁旗罕苏莫苏木城），距明边有一千余里。察哈尔由八大营（蒙语称为鄂托克）组成，分别是阿剌处（阿喇克卓特）、敖汉、乃蛮（奈曼）、兀鲁（主亦惕），浩齐特、乌珠穆沁、苏尼特、克什克腾，位于广宁以北，潢河（西辽河上游）北岸。察哈尔以南，是内喀尔喀五部，明人称之为炒花五大营，其始祖为达延汗之孙虎喇哈赤，乌济叶特部炒花为其子，五部在开原铁岭、广宁以北数百里外。炒花五大营西面是以束不的为首的朵颜三十六家，位于蓟州边外，此为左翼蒙古。
再往西为右翼蒙古，依次是喀喇沁大营、位于宣大边外的永邵卜和土默特部俺答的曾孙第四代顺义王卜失兔等部。
左右翼诸部合称漠南蒙古，总计部众有二百余万，精骑二十余万，明人称之为西虏，以和辽东女真东虏相区别。