好景不长，己巳之变改变了一切。北京危急之际，崇祯认为外廷诸臣不实心任事，辜负了他的期望，再次重用宦官。命太监李凤翔提督京营掌握卫戍部队，北京外七内九皇城四全部二十座城门都由太监把守，各镇入援大将，无论何人，即使是袁崇焕这样的辽东督师也不能从城门中进城，必须在城墙根爬进大筐子由城上的太监指挥人吊上城头，出城之际再如法炮制坐筐子吊下来，一派风声鹤唳之像。
崇祯任用宦官，前后经历了好几次反复，和大臣们经过了激烈的较量，皇帝要大用宦官，大臣们群起反对，皇帝坚决要用，出手严惩带头反对的大臣，强行重用宦官，过的一段时期，皇帝认为局势缓和，撤回宦官，几年之后局势又告紧张，再次启用宦官，如是者再三。
崇祯四年，崇祯恢复了宦官监军，派太监王应朝监视关宁，张国元监视蓟州东协，王之心监视蓟州中协，邓希诏监视蓟州西协。年底，太监李奇茂奉命到陕西监视茶马互市，吴直到登莱监视军饷，这些还算是前朝有过的。太监张彝宪出任户工总理，位居两部尚书之上，却是崇祯的一大创举。宦官势力在沉寂了数年之后，死灰复燃，火苗更盛，不但在传统领域全面复辟，而且开辟了新的领地，掌管了全国经济大权，一个魏忠贤倒下了，千千万万个小魏忠贤站了起来。
外臣激烈反对重用内臣，是非常容易理解的。一用内臣，外臣的权力就会遭到侵夺，损害了他们的切身利益，而且自古以来，宦官干政都是反面教材，外臣们自认为有足够的正当理由来反对皇帝。
再有就是外臣对内臣根深蒂固的潜在鄙视。宦官具有重大生残缺，因生理残缺又引发生理变异，不男不女、不阴不阳，在士大夫眼中，不过是伺候皇家的阉奴而已，和阉猪阉狗并无分别，甚至更加可恶。这种非人之人一朝与他们这些衣冠大夫突然成了完全对等的工作同事，甚至成了顶头上司，在感情上是万万不能接受的。
大臣们看见皇帝一反初衷，变本加厉的重用宦官，感到十分不解和忧虑，一些言官御史忍不住发出反对的声音。
兵科给事中魏呈润十分沉痛的指出“边事日坏，病在十羊九牧。既有将帅，又有监司；既有督抚，有巡方（御史），又有监视。一官出，增一官扰，中贵（太监）之威，又复十倍”
奏疏上去，崇祯二话不说，立即将魏呈润降了三级，赶出北京。
尽管魏呈润被贬，还有不少言官反对重用宦官，声势很大，激起了崇祯的倔强之性，大臣们越反对，他越加大宦官的使用力度，大面积的往全国各地派发宦官，一拨又一拨，一名宦官前脚刚出北京，另一名已经奉命整装待发。直到崇祯七年，崇祯才把各处的监军太监撤回，但关宁监视太监高起潜例外，这是崇祯第二次撤回宦官。
宦官撤是撤了，但崇祯发了一道诏书，说明他使用宦官是迫不得已，完全是外廷大臣们自己不争气，结党营私，而稍微清廉的又迂腐不通世务，十足的书呆子加饭桶，这才逼得他不得不使用宦官，而且特意提到了己巳之变“己巳之冬，京师被兵，宗社震恐，此士大夫负国家也。朕不得已，用成祖监理之例，分遣各镇监视，添设两部总理，虽一时权宜，亦欲诸臣自引罪”，可见己巳之变对皇帝的刺激之大，一切一切的改变由此而来。
崇祯为了显示他重用宦官的合理性，还把成祖朱棣搬了出来，表明宦官监军、镇守也是祖制，并非他标新立异，他的行为完全合乎祖宗的政治传统。
两年之后，崇祯九年七月，清军大举入犯，崇祯又派宦官到北京周边各要害监军或镇守，直接统率各级将领，成了部队的最高指挥。
司礼监太监魏国徵奉命镇守昌平祖陵所在地天寿山，兵部右侍郎张元佐奉命镇守昌平。魏国徵当天就出城前往天寿山，而张元佐三天都不动身，崇祯这下有了理。对辅臣讲“内臣即日就道，而侍郎三日未出，何怪朕之用内臣耶？”皇帝讲的是事实，辅臣们无言以对。
这次派遣宦官监军、镇守一直持续到崇祯十三年，前后四年。当年三月，崇祯下旨“撤各镇内监还京”，这次撤的比较彻底，连高起潜也从辽东撤回，是崇祯第三次撤监镇宦官。
两年之后，崇祯十五年冬，清兵第五次入犯，崇祯又一次祭起了重用宦官的法宝，力度之大，面积之广，前所未有，清兵退走之后，各处监军、镇守太监依旧留任。
崇祯十七年，李自成进军北京，崇祯派太监杜勋等十人分赴宣府、大同、居庸关、昌平等要塞监军，本指望这些太监能死心塌地为他卖命，谁知闯军到来，头一个投降的就是他宠信的这些太监。
北京被围后，太监杜勋奉李自成之命进城与崇祯谈判，杜勋非但不以为耻，反而得意洋洋，以新主子面前的红人自居，进得城后遇到以前相熟的太监，公然叫嚣“不要担心，新主来了，我们照旧有富贵”
三月十七，闯军围城，崇祯信不过外臣，还是命宦官执掌城防大权，在最后关头把他的性命托付给了离他生活最近的宦官。谁曾想这些阉奴已经心生异志，打起了卖主求荣的算盘，第二天夜间把守彰义门的太监就大开城门，迎接闯军入城，固若金汤的北京城只守了不到两天。
崇祯临死之前，只有司礼监太监王承恩陪伴身前，他所信任重用的一群太监早就你追我赶忙着迎接新主子李自成讨富贵去了。
“宦官观兵，古来有戒”，是崇祯即位之初第一次撤回宦官的原话，闪烁着历史的教训的智慧的光芒，十八岁的皇帝头脑是何等的清醒，认识是何等的深刻。
唐肃宗乾元元年（758年）九月，唐朝朔方军节度使郭子仪、河东节度使李光弼等九名节度使六十万大军围攻相州（今河南安阳）的安庆绪。安庆绪为了保命，把大燕皇帝的头衔让给父亲安禄山的老伙伴史思明，以换取其援救。
乾元二年三月，史思明统精兵五万与唐军激战于安阳河北，六十万唐军的总司令既不是郭子仪也不是李光弼，而是任观军容宣慰处置使的宦官鱼朝恩。结果在他老人家的英明指挥之下，唐军各部互不统属，被史思明、安庆绪里外夹击，一败涂地，尸如山积，九节度使各回各家，狼狈逃回本镇。
相州之战是宦官指挥军事导致大败的经典案例，历来被后世引以为戒。
相州之战是宦官指挥军事导致大败的经典案例，历来被后世引以为戒。
宦官观兵，是不是全部坏事？当然不是，宦官里面人才辈出，也有真正的军事家，但毕竟凤毛麟角。承平时代的宦官，四体不勤，五谷不分，在宫中作威作福，狐假虎威，出得宫来，都是钦差大臣，到了各边镇，以最高司令官自居，根本不把巡抚、总兵放在眼里，军政财权一把抓，对各项工作横挑鼻子竖挑眼，俨然是全能专家。
巡抚、总兵刚开始对监军太监有强烈的抵触情绪，觉得是皇帝对他们不信任，宦官监军是侵犯了他们的职权。可是到了后来，反对的就很少。一来是皇帝的指示，理解的要执行，不理解的也要执行，在执行中加深理解，他们的反抗往往是徒劳的。二来是地方督抚镇道发现，宦官监军或镇守似乎对他们更加有利。监军宦官代表皇帝，只要伺候好了他们，这些人就会在皇帝面前替他们说话，即使打了败仗，也可是掩败为功，皇帝对于边臣的话往往先打一个问号，对于宦官的话却深信不疑，这真是意外之喜。
这样，很多监军太监很快就和他所监视的对象合流，一起谎报军情，蒙骗皇帝，等到崇祯有所察觉，又派出新的宦官去监视监视太监，于是有了监视之监视这下成了愚公移山，“子子孙孙无穷匮也。”
到了敌军进犯，情势危急之际，很多监军太监不是拼死御敌，而是贪生怕死，带头投降，甚至杀死力主抵抗的文武官员，只有极少数太监奋力抗敌，报答了皇帝对他们的恩宠。
崇祯朝的宦官遍布军事、经济、特务各部门，几乎是无处不在，虽然再没有一个九千岁魏忠贤，但有无数小魏忠贤，直到崇祯十七年明朝灭亡前夕，崇祯还下令招收数千宦官入宫。