比兵粮更紧迫的是马料，当时骑兵是第一兵种，战马吃饱才能跑得动打胜仗，数九寒天，毕自严亲自督率户部侍郎以下的干部、文员、杂役每人顶风冒雪背着几十斤草料往大车上装运，这些财政部的老爷平日个个养尊处优，此刻一个个东倒西歪，丑态百出。

寇逼门庭，崇祯忧心如焚，一日要召见毕自严数次，有时半夜还要召入宫中商议兵饷。每天都有最高指示交待毕自严，有时半夜数道圣旨，毕自严几个月不能回家，每天都吃住在午门外的户部衙门。在最危急的十一月到正月两个月间，毕自严昼夜办公，根本无暇睡觉，以至于头目臃肿，不成人形，手指都冻裂成疮。经过苦心运筹，总算度过危机，将后金军逐出关外，毕自严因功升为太子太保。

己巳之变中的第一个月，明廷每天的军费开支要一万多两银子，后期各省援军入援之后开销更大。崇祯三年，中央财政军费开支的新饷部分达到近九百万两，毕自严呕心沥血勉强告成的财政平衡又被打破。他不敢冒天下之大不韪进行加派，还是在常规局部的项目上增加财源，但所得有限，填不上天大的窟窿。

梁廷栋提出再次加派辽饷后，毕自严也未曾反对，因为他知道，如今财源已竭，要想维持局势，也只能苦老百姓了。

也许是己巳之变中的劳苦颠厥耗尽了毕自严的精力，事平之后他的精力大衰，身体一下子垮了下来。眼睛流泪不止，看物朦胧不清，连上奏疏请辞，崇祯正需要他搜刮银子，自然不肯。

崇祯曾就枚卜之争中温体仁说钱谦益结党征求毕自严的看法，毕自严内心很反感温体仁含沙射影，奏曰“臣只知为皇上筹划国计、恪尽职守而已，不知所谓党者何为然”

崇祯六年，华亭知县郑友玄任职期满，吏部考核为上上，已经升为云南道御史。当时因各地钱粮拖欠严重，规定凡是提升的官员都必须完成户部所下达的赋税任务才可提拔。郑友玄在青浦知县任上曾拖欠金花银2900两，这是皇帝的私人收入。崇祯问毕自严这比银子后来补上没有，毕自严说七成已经上缴国库。

崇祯是精细之人，马上派人去查，结果并无上缴。皇帝大怒，严旨申斥毕自严，毕自严还不识相，辩白了几句，崇祯货期更盛立即命锦衣卫将其锁拿归案。毕自严年近七十，弯腰驼背，被剥去官服，关在囚车之中，从长安街上走过，遭围观群众指指点点，颜面尽失，羞惭无地。

朝中大臣怜悯其功高年老，一齐上疏搭救，一个月后终于获释出狱，罢职回乡。

崇祯八年五月，追溯早年间的功劳，毕自严恢复原官，三年后病故，追赠少保。

毕自严对他的理财本事很自负，自认为他的功劳胜过那些统兵十万，疆场厮杀的大帅元戎，曾言“尝观古今治兵之才，犹十得一二。而善治饷者百不获一。汉之兴，淮阴、九江、豨越綘灌之属不下数百辈，而转漕发粟，使大军无乏絶忧，则萧何一人也。苟非真具经纬天地之才略，料理竹木之精神，则虽穷山罄海能以有限之财供无穷之腹乎？”

他推崇萧何，但自认为胜于萧何。因为当时有韩信、彭越等人攻城略地，因粮于敌，不需要萧何供应粮饷，而如今的明军军饷供应全部依靠户部，各处将领和后金作战不但不能因粮于敌，反而被敌人夺去大量粮饷军械。楚汉之际，粮草运输距离从关中到荥阳不过千里，今日却要跨越万水千山，除了陆运还有海运，风涛汹涌，险象环生。如此宏大的规模、艰险的运作，萧何岂能比得？

毕自严是一位理财能手，在他的苦心经营之下，崇祯元年到崇祯六年，明廷的财政左支右绌，但还能勉力维持，虽然是拆东墙补西墙，但墙墙不倒。后来崇祯又换了几任户部尚书，但都不及毕自严多矣，到了崇祯十六年明朝的财政彻底破产，随之国亡。

郑友玄拖欠金花银2900两，数字并不大，但涉及到皇帝的私人收入，崇祯很重视。毕自严可能是一时糊涂，随口说了错话，工作上是有失误，皇帝训斥，还要解释，不够聪明。换了别人，不管皇帝训斥不管训斥的对不对，先全盘接收下来，再要进一步扩大自己的罪责，沉痛检讨。与毕自严的赫赫功劳相比，这点罪责完全微不足道，但崇祯就要重加惩治，将其革职下狱。如此驾驭之道，能不让智士寒心、英雄却步？

一个成功的男人背后总有一个为之奉献的女人，古来成大事者，背后总有一个勤勤恳恳的财神爷。世上最烧钱的活儿就是打仗，战场上的较量就是钱多钱少的较量，就是不同政治军事集团中财神爷之间的较量。民国时的梁士怡、王永江都是这路财神爷人物，所以张作霖宁可得罪老把兄汤玉麟也要维护王永江，因为他清楚汤玉麟这种打仗不要命的武人多得是，能点铁生金的王永江天下就一个，千万要笼络住。只上过几天私塾的草莽英雄比翰林教出来的崇祯皇帝聪明得多。