三日之后，祖大寿全军东溃，皇太极卷土重来，崇祯既深悔不该鲁莽缚袁，又不愿主动认错，惊慌失措，束手无策，还是成基命献计让取来袁崇焕手书才召回祖大寿，又命孙承宗立即赴山海关坐镇收拾残局，崇祯一一听从，北京才得以转危为安。
收复四城之后，崇祯痛恨法纪废弛，要大力振刷，下重手惩治群臣。成基命忧心忡忡进谏“治理天下之道不能操之过急，譬如理乱丝，要耐心找见头绪，要是一上来乱抓乱扯，只能越理越乱（骤纷更益扰乱）”崇祯立加驳斥“慢则纠之以猛，何谓纷更？”，完全不接受成基命的观点。
此处尽显崇祯刚愎自用的性格。法纪废弛，自然要大力振刷，大方向没错，但必须注意方式方法，如果不实事求是，一味意气用事，急于求成、只能矫枉过正、事与愿违。成基命正是看见皇帝执政以来急躁操切导致政事崩坏，才苦劝其不能心急，饭要一口一口吃。他和崇祯年龄相差五十多岁，完全可以做皇帝的祖父，二人虽有君臣鸿沟之别，但在感情上成基命已经把皇帝当成他的心爱的孙辈来呵护，完全是一种慈爱关切的心态，可惜崇祯并不买账，反而认为成基命迂腐。
“慢则纠之以猛”出自《左传》中的著名的子产论政。春秋末期，郑国著名的政治家子产临终之时，向前来征询政治遗嘱的接班人子大叔叮嘱“我死，子必为政。唯有德者能以宽服民，其次莫如猛。夫火烈，民望而畏之，故鲜死焉。水懦弱，民狎而玩之，则多死焉，故宽难。”
子产认为，为政的最高水平是宽，但宽很难掌握，其次就是猛，即用严刑峻法，使百姓畏惧。
子产死后，子大叔执政，先执行宽政，但他没有子产的水平，同样是宽，子产可以治理得国家太平，子大叔的宽却搞得盗匪横行，社会大乱，子大叔被迫转而行猛，杀了不少强盗，社会才初步稳定。
孔子很敬佩子产，他对此有一番评论：“善哉！政宽则民慢，慢则纠之以猛。猛则民残，残则施之以宽。宽以济猛；猛以济宽，政是以和。”
宽与猛是治理国家的两种不同的政治风格，既对立又统一，孔子讲的很精辟宽以济猛；猛以济宽，政是以和。单纯使用任何一种手段，都要出乱子，崇祯恰恰就是。他看见万历天启以来法纪废弛的弊端，想加以纠正，单纯用刚猛暴烈的手段想短期之内就要完全扭转，结果走向了反面，非但不能求治，反而越来越乱，正如成基命所担心的。
在如何处置袁崇焕的问题上，成基命又和崇祯有了分歧。
后金退出长城之后，崇祯再无顾忌，要诛袁崇焕三族，温体仁、梁廷栋等随声附和，成基命不同意，他认为袁的功罪先且不论，其为边臣七年尚有苦劳，仅从朝廷利益出发，如诛了袁崇焕三族，今后谁人还肯为边臣给国家效力？
最后崇祯做了让步，法外施恩，不再诛三族，改为磔死袁崇焕，家属流放三千里。
当日在平台，君臣争论此事，成基命跪在地上一个多时辰，他已年过七十，膝盖剧痛，两腿麻木，最后爬都爬不起来，要靠两名太监才将其扶起。
如此一来，成基命又有了给袁崇焕求情的光辉事迹，成为一些人攻击的活靶子。
崇祯三年二月，韩爌的得意门生，前不久刚把韩爌弹劾得鼻青脸肿滚回山西的工部主事李逢申又弹劾成基命包庇袁崇焕。成基命只好求罢，崇祯降了李逢申一级，安抚成基命照旧办事。
五月，继韩爌出任首辅的李标看见风色不对也辞官回乡，成基命成了首辅，但日子很不好过。
崇祯二年十二月，得宠的周延儒入了内阁，同时还有何如宠、钱象坤二人。
周延儒风头正劲，一心想为首辅，处处挤兑成基命，成基命苦恼不堪，又无可奈何。
崇祯三年六月，温体仁又入了内阁，马上和周延儒勾结起来，一唱一和排挤老成头儿。这时锦衣卫指挥张道浚和工部主事陆澄源又攻击成基命搭救袁崇焕。成基命再难忍受，连上三道奏疏请求辞职，崇祯在象征性的慰留了几次后，批准了他辞职。
崇祯八年，成基命卒于家，终年七十七岁。
成基命和韩爌都以宽厚著称，但又有不同。韩爌的宽厚以不触怒皇帝为界限，成基命则有一股执拗之劲。御史李长春触犯了崇祯，被处死刑。成基命认为仅仅经过锦衣卫一审就判死刑不合司法程序，量刑过重，崇祯不听。
成基命第二天全身朝服跪在会极门，从辰时一直跪到酉时（早上七点到晚上七点，整整十二个小时），不吃不喝，一动不动，知道崇祯改判为充军才爬起来回家。颇有现在农民工讨欠薪的气势。
从天启七年八月即位到崇祯三年九月成基命辞官，一共三年出头，崇祯的内阁执政班子，以老臣为主。崇祯元年十一月后，天启旧臣基本退出了内阁班子，内阁以所谓的东林党人为主，史称东林内阁。这些辅臣，为政宽厚，中规中矩，虽然没有经天纬地之才，但执政经验丰富、处事尚称公允，朝政在此阶段比较清明，也是崇祯朝最为和谐安定的时期。
老革命家执政，突出的优势是循规蹈矩，处事稳当，不会有大错，但求稳就会显得迟缓，反应不够迅捷，偏偏又遇上刚愎自用、急于求治的皇帝，显得格格不入，君臣之间摩擦渐起。己巳之变，大大激化了这个矛盾，从袁崇焕案到钱龙锡案，使得崇祯对老革命家们丧失了信心和希望，转而重用他所欣赏的新生势力周延儒和貌似朴忠的温体仁，天下由此大坏。
成基命是崇祯前期最出色的辅臣，己巳之变中其两大良策挽救了危局。而在万马齐喑、乾纲独断之际，勇于坚持自己正确的意见，不惜触怒皇帝，是其最可贵的政治品质。朝堂之上成基命是孤独的，但在中国历史幽远深邃的精神世界中他并不孤独。