天启四年，双方的争斗达到白热化。东林党人左副都御史杨涟弹劾魏忠贤二十四条大罪，条条足以致命，痛斥魏忠贤“致掖廷之中，但知有忠贤，不知有陛下；都城之内，亦但知有忠贤，不知有陛下”。请求熹宗“大奋雷霆，集文武勋戚，敕刑部严讯，以正国法”。魏忠贤吓得魂不附体，跪在熹宗面前哀求哭诉，反诬杨涟借诛杀他来架空皇帝。熹宗最后站在了魏忠贤一边，将杨涟革职。
魏忠贤恨杨涟入骨，第二年六月，命名锦衣卫将杨涟、左光斗等六人从原籍逮拿至京，投入北镇抚司严加拷问，六人受尽酷刑，杨涟、左光斗、魏大中等五人死于镇抚司，顾大章在刑部监狱自尽。
同年，魏忠贤的党羽左副都御史王绍徽仿照《水浒传》，编了一本《东林点将录》，将其认为是东林党的一百零八人对号入座，按梁山好汉一百单八将排了座次。里面不乏万历末年、天启崇祯年间的风云人物。该书匠心独运、妙趣天然，四百年之后，犹不失为一本奇书。
因其时顾宪成已死多年，《东林点将录》未将其收入。就把他一力保举，刚死不久的李三才列为首位，封为开山元帅托塔天王，对应于梁山的托塔天王晁盖。
以下诸人如是：
总兵都头领天魁星及时雨大学士叶向高，对应宋江；
掌管机密军师天闲星入云龙左都御史高攀龙，对应公孙胜；
正先锋一员天杀星黑旋风吏科都给事中魏大中，对应李逵
天勇星大刀手左副都御史杨涟对应关胜；
天雄星豹子头左佥都御史左光斗，对应林冲；
地镇星小遮拦工科给事中刘懋，对应穆春；
天微星九纹龙大学士韩爌对应史进；
地短星出林龙大学士孙承宗对应邹渊
天贵星小旋风右都御史曹于汴，对应柴进；
天牢星病关索刑部尚书乔允升，对应杨雄；
天巧星浪子左春坊左谕德钱谦益，对应燕青；
地文星圣手书生翰林院修撰文震孟，对应萧让；
地暴星丧门神右佥都御史王洽，对应鲍旭；
地遂星通臂猿山西道御史侯恂，对应侯健；
地然星混世魔王右佥都御史熊明遇，对应樊瑞。
从点将录中看，当时绝大多数正直有为的朝臣都被打成东林党。杨涟等人死后，魏忠贤凶焰大张，把点将录中大部分东林党人革职削籍。孙承宗以帝师之尊，手握雄师督师辽东，魏忠贤不敢撼动，天启五年秋也因柳河之败落职回籍。
北京城中魏忠贤阉党把东林党人杀得血流成河，三千里之外的东林书院也未能幸免。
早在几年前，就有人向九千岁献计，东林书院是东林党的祖庭，乃天下祸乱之源，必须捣毁。
天启五年八月，魏忠贤害死杨涟等人后，请旨拆毁东林书院。在北京来人的现场监督下，无锡地方当局如狼似虎将寂静清幽、名闻天下的东林书院砸了个稀巴烂。
高攀龙比顾宪成小十二岁，刚好一轮，二人介于师友之间。天启四年（1624年），高攀龙升任正二品的都察院左都御史，已经是很大的官。本年他弹劾崔呈秀在淮扬巡按任上贪赃枉法。吏部尚书赵南星提请将崔呈秀充军发配，吓得崔呈秀魂不附体，半夜找魏忠贤求救。叩头乞哀，涕泗横流的提醒魏忠贤，高赵二人用心险恶，表面是整他崔呈秀，实际是对着九千岁而来“不除掉赵南星、高攀龙、杨涟等人，我二人死无葬身之地”。魏忠贤深为动容。
魏忠贤此时已经深得“诬其为党”在政治斗争中的妙处，在熹宗做木工活儿神游物外之时奏称高攀龙与赵南星结党营私，熹宗正全神贯注于一道前人未有之工艺，只看见魏忠贤嘴巴一张一合，完全没留神他说什么，不厌烦的把手一摆“尔去办”，算是同意。
魏忠贤当即拟旨，严旨申斥高攀龙、赵南星，将其革职。
宁惹十个君子，莫惹一个小人，高攀龙罢官回籍，还是难逃大难。天启六年二月，崔呈秀诬陷高攀龙贪纵纳贿，朝廷派锦衣卫来无锡逮问。锦衣卫兵分两路，另外一路在相邻的苏州逮捕了周顺昌、黄尊素等六人。江南一片黑色恐怖，人们纷纷担忧高攀龙的命运。
作为曾经的左副都御史，高攀龙的政治嗅觉是敏锐的，他从这一年来的血雨腥风已经预感到自己可能的命运，开始安排后事。
这一日清晨，高攀龙拜谒了他一生崇拜的杨龟山祠，并写了一篇饱含深情的祭文。午后，高攀龙和其弟及两个门生在后花园池上饮酒。突然，家人一脸惊慌跑来报告说周顺昌等人在苏州已经被锦衣卫逮拿进京。高攀龙之弟和两个门生知道这意味着什么，惊得脸色煞白，呆呆望着高攀龙。
高攀龙神情泰然，似乎早在他意料之中，笑说：“吾视死如归，今果然矣”说完回到卧室和夫人闲谈，然后写了两张纸交给两个孙子，嘱咐他们明天交给上门的锦衣卫，将他们打发出去，把门一关，不再见任何人。
傍晚时分，他的儿子们闻讯纷纷赶来，发现大门紧关，知道不妙，破门而入，只见一灯如豆，空无一人，赶紧四处寻找，高攀龙已自沉于池塘，时年六十五。
王熙凤有一句名言“不是东风压倒西风，就是西风压倒东风”，天启末年魏忠贤的西风完全压倒了东林党的东风。排山倒海，震耳欲聋的九千岁声中，是东林党人皑皑白骨、斑斑血迹。
到了崇祯朝，局面又是一变。魏忠贤垮台，阉党被清算，原先被魏忠贤罢斥的所谓的东林党人几乎被集体平反，又纷纷从四面八方，田间地头赶赴北京朝服玉带恢复工作、加官进爵。崇祯元、二年的朝堂，基本是东林党人的天下，数位阁臣几乎全是东林党或准东林党。
一旦形成朋党，就必然出现结党营私、党同伐异，事实本身的是非曲直被政治利害所取代。只要是本党人士所言所行，都全力支持，错也是对，对更是对。只要是异党所言所行，都拼死反对，对也是错，错更是错，“凡是敌人拥护的我们就要反对，凡是敌人反对的我们就要拥护”派别利益凌驾于国家利益之上。
崇祯年少即位，茕茕孑立，时刻警惕大臣结党，对“党”深恶痛绝。他铲除阉党，但对东林党也不放心，决不允许其形成朋党势力，为此不惜使用权术，提拔臭名昭著的高捷史范等人以形成对东林党的牵制，他重用王永光也是出于此考虑。温体仁正是窥见了崇祯这一心态，才死死咬定钱谦益结党，大得圣心，崇祯攻其一点，不及其余，至于温体仁是何种动机，钱谦益有无纳贿，都不在皇帝的考虑范围了。