吏部尚书不按规矩办事，曹于汴就向皇帝反映，崇祯淡淡的批示：时事多艰，任用固难执着。认可了王永光的做法。
之后没几天，就发生了己巳之变。高史二人不负众望，犹如两条毒蛇，狂咬辽东督师袁崇焕，极尽含沙射影、罗织构陷之能事，招数狠辣、刀刀致命，袁崇焕拜二人所赐西市被磔死。
高史二人与袁崇焕无冤无仇，其攻袁是醉翁之意不在酒，目的是借攻袁牵引到大学士钱龙锡，而钱龙锡正是和刘鸿训并肩罢斥他们的之人，因此二人咬牙切齿借此以报一箭之仇报。结果钱龙锡先被罢斥回籍，后又被从老家逮问至京论死，崇祯已经在西市给他安排好了升天之处，赖以黄道周的保本才免一死。
曹于汴坚持履行政治规矩被皇帝否决，在朝中前丢了面子，高捷史范又因猛攻袁崇焕、钱龙锡大放异彩，深得崇祯赏识，愈发显得皇帝当初不由院咨直接起用是何等的英明！自觉无颜再做这个左都御史，于崇祯三年辞官。
王永光在崇祯四年全身而退告老还乡。史范则一帆风顺，后来做了淮扬巡盐御史，侵吞库银十万两，臭名远扬、劣迹昭彰，后因勒索霸占二十万两银子被拿问，死于狱中。
崇祯其实很清楚高史二人行为不端，品格低劣，但是他确如王永光所料，痛恨刘鸿训，抚今追昔，觉得高捷史范确有先见之明，至于二人当初出于何种动机攻击刘鸿训已不在崇祯的考虑范围之内了。再次，就是出于政治势力均衡的考虑，崇祯不允许东林势力在朝中一家独大，不顾满朝反对，执着的起用了高捷史范，重用王永光大概也处于同一考虑。
最后就是崇祯特有的倔强了，大臣们越反对，他越要坚持，以彰显他至高无上的权威和超凡入圣的睿智。
搞政治均衡，本是历代统治者常用的权术，但高明的皇帝可以不被任何一方政治势力所利用、蒙蔽，而是利用这些政治势力达到维持、稳固他的统治的目的，牢牢掌握着这些政治势力的命运。崇祯却是被一些别有用心的臣下所利用、蒙蔽而不觉，这些老奸巨猾之辈成功的利用了崇祯性格上的弱点借以达到其不可告人的政治目的。
明朝的皇帝残忍冷酷的不少，朱元璋屠杀功臣数万人，在历代帝王中勇夺冠军，前无古人后无来者。其子朱棣另辟蹊径发明了株连十族和瓜蔓抄，在中国帝王残暴史上的贡献不亚于乃父。武宗朱厚照、世宗朱厚熜动辄在午门对数百大臣进行集体廷杖，打得大臣们鬼哭狼嚎、血肉横飞，可谓宏伟壮观。
崇祯在此方面比起他这些列宗列宗不遑多让，即位之初就展示出过人的天赋。召对群臣之时，锦衣卫环列殿下，崇祯一时气恼，即当场喝令锦衣卫或太监行刑，如狼似虎将倒霉的大臣剥去官服按在地上，棍棒如雨，打得皮开肉绽。有年老体弱的当场就被杖毙，旁观的群臣无不惊恐失色，胆小的吓得当场尿了裤子，因为说不准下一个在地上哀嚎的就是他本人。
君臣召对，商议国政，本应该是一堂和气，畅所欲言，如沐春风，其乐融融，但朝堂上经常被恐怖肃杀之气笼罩，动辄就变成刑场，如此气氛君臣怎能集思广益、和衷共济？
崇祯二年，因萨尔浒战败被逮入狱的前辽东经略杨镐刑已关押了近十年。老经略生命力极其顽强，历经数十次严讯仍然挺了过来，已经八十二岁，在古代算相当长寿了。刑部尚书乔允升援引大明律法中优待老人的条款，请求皇帝网开一面，留杨镐一条老命。崇祯不允，立即将杨镐问斩。
还有因处置不当，激发蓟州兵变的顺天巡抚王应豸，乔允升认为巡抚不直管钱粮，不能套用监守自盗的条款。崇祯也是不准，严旨将王应豸处死。
己巳之变中，崇祯的残酷原形毕露。因北京城墙上挡箭的悬帘布置不好，崇祯一怒将工部四名郎中一齐廷杖，当场击毙三名。因恼怒文武抵御后金不力，崇祯又杀了包括袁崇焕在内的多名督师、总督、巡抚、总兵，杀气凌空，鬼泣神愁。
经过数年的执政，崇祯英明神武、直追尧舜的光环逐渐褪去，大臣们看到的是一个个性鲜明、有血有肉的世俗中的皇帝。他勤政、俭朴，不好声色，一扫一百多年来明朝诸帝耽于享乐、荒于政事的颓靡之风，令人敬佩；但又急躁、冷酷、苛察、吝啬，自以为是，刚愎自用，功归于己，过诿于人，在最高领袖最重要的—识人用人、勇于担当两方面是严重的负数。很多大臣感到失望，对大明的前景忧心忡忡。
崇祯二年九月，刚复出任京兆尹的刘宗周对崇祯己巳之变前的治国理政有一个精辟的总结。
他先赞扬了皇帝“陛下励精求治，宵旰靡宁，时举祖宗盛事，召对文华，或至夜分，虽尧舜之忧勤，弗切于此矣。生符尧舜，声色不御、宴游不迩，躬危微之征，固已得其大端。”接着犀利的指出了皇帝的缺点“求治之心操之过急，不免酝酿而为功利，功利之不已转为刑名，刑名之不已流为猜忌，猜忌之不已积为壅蔽”
刘宗周以中唐时唐德宗为例，指出猜忌壅蔽的大害 “唐德宗强明自用，指姜公辅为卖直，耻见屈于正论，而甘受欺于群小，卒有奉天之祸，则猜忌壅蔽之为患也”最后规劝皇帝要为政宽大“伏愿陛下以尧舜之学术行尧舜之道，舍已以用天下之贤，省刑罚，薄税敛，与天下更始，乃始制礼乐以化天下，直接三千年既坠之圣统，则宗社幸甚，斯文幸甚”
崇祯看了，很不高兴，但为了击破刘宗周说他的刑名猜忌，没有处罚刘宗周，批示道： “刘宗周条奏不无疏阔，然亦忠荩，所司知之”
己巳之变后，崇祯痛感外廷文武诸臣在此危机中辜负了他的信任，无人可用，转而重走皇兄熹宗的老路重用宦官，而他重用宦官的领域覆盖军事、财政、监察、特务方面，远远超出了前朝任何一个皇帝。
他的性格在己巳之变后变得更加偏执，对臣下更加严酷，杀得文武众臣人头滚滚，大臣们更加不敢勇于任事，正直有为之人日少，阿谀奸险之人日多，内忧外患日甚一日，天下崩坏，不可收拾。