傅宗龙远在千里之外，上任还需时日，可四川军情紧急，危若累卵，崇祯急命洪承畴入川剿贼。

洪承畴从曹文诏战死后，两年间没有辉煌的战果。他的主要精神都放在陕西，如今李自成杀到四川，只好提兵入川。

他带了手下最强悍的两大总兵曹变蛟、左光先和副将贺人龙，提兵一万入川，同时安排延绥总兵王洪、宁夏总兵祖大弼把守汉中、秦州一带堵住李自成回陕西的归路。如此部署有攻有守，有追有截，可谓极有章法

十二月二十九，洪承畴进至广元，崇祯十一年正月初九到保宁和王维章会面，此时在四川围攻农民军的官军已有六七万。李自成等盘踞在嘉陵江以西，官军在嘉陵江以东。

李军东、南方向是成都等川中腹心地带，是万万不能放其进来的，西、北面是彝族、藏族等少数民族地区，荒凉高旷，人烟稀少。

洪承畴盘算一番，部署官军从李军东、南两个方向压迫过来，把李军往番地驱赶。

正月十三，官军在梓潼击败农民军，李自成等掉头北返，向西北进入陕西文县、阶州 （今甘肃文县、武都）。

回到陕西，农民军化整为零，李自成和中斗星继续向西，其他各部则向东活动。而官军也一分为二，洪承畴亲率左光先、曹变蛟紧追李自成，孙传庭则把其他的农民军全包下来。

洪承畴和李自成算是老朋友了。从崇祯七年起，他这位三边总督就是围着李自成转，高迎祥死后，李自成成了陕西境内农民军的盟主，连同过混等部不下二十万人，纵横陕西境内，先后击毙曹文诏、俞冲霄两位总兵，斩杀官军上万。洪承畴被李自成缠住，不敢擅离陕西半步。

自出任三边总督以来，崇祯对洪承畴颇为宽容，一直都是加官进爵，从没有重加惩治过。杨嗣昌十面张网给各省督抚限期三个月，到了崇祯十一年三月，三个月期限已过，闯贼李自成非但没有剿灭，反而从陕西透入四川。杨嗣昌经报崇祯批准，下旨削去洪承畴宫保尚书官衔仍以侍郎戴罪剿贼，左光先、曹变蛟各降五级，限五月尽贼。

杨鹤对洪承畴有提携之恩，按说杨洪两家颇有渊源，杨鹤被逮问充军之后，杨嗣昌在辽东任职，也给洪承畴不断写信，请他为父亲说情，语气极为恭敬。

如今杨嗣昌做了兵部尚书，洪承畴虽是威名素著的三边总督也要受其指挥，在十面网计划中，洪承畴唱的是大轴，闯将等非但屡剿不灭，又透入四川，杨嗣昌作为十面网的总设计师自然压力山大，无暇顾及世交情谊，在崇祯面前重重的参劾洪承畴剿贼不力。崇祯此刻对杨几乎言听计从，也不再偏爱洪承畴，按照杨的建议重加惩戒，并严旨申斥。

严旨之下，洪承畴不敢怠慢，亲自带兵一路穷追不舍，决意要灭掉闯将。

崇祯十一年三月，李自成从四川刚出来，就在河州、洮州（今甘肃临夏）大败，人马损失惨重，只得向西进入番区补充马匹。曹变蛟和李自成有杀叔之仇，不共戴天，二十七日身不解甲，昼夜穷追。李自成被追得毫无喘息之机，连战连败，所部只剩下千余人，不敢走大路，从山中险径而行。

最惊险的是在四月初十，李自成身边仅有三百人，逃到甘肃礼县马坞（今属岷县）山中。固原总兵左光先紧追而至，与李自成相距不到五十里。

当时没有先进的侦查通讯手段，左光先和李自成近在咫尺，却互不相闻。官军连日昼夜追击，人困马乏，叫苦连天。左光先就让部队就地歇息一日，恰恰就在这一天，李自成拔营而走。等左光先侦察到李自成就在附近，急忙紧追，却又判断错方向，与李自成背道而驰，南辕北辙，越追越远。李自成得以逃过一劫，进入川陕交界大山之中，与侄儿李过等会合。

洪承畴得知，懊悔不已，上疏朝廷请罪，并痛责左光先“闯将为诸贼中之元凶，仅领三百丧败之众抱头鼠窜，诚数年未有之机会，即穷日夜之力，身先士卒，不顾性命，以擒斩此贼，亦是应得责任。无奈计算不到，追赶不紧，使元凶脱然远逝。目前既不成一股完功，将来尤必费兵力殄灭。光先何所辞责？”

之后，李自成进入了革命生涯中最艰苦的阶段。

陕西兵败之后，李自成又想再入四川。五月，和六队祁总管合兵三千余人二次入川。洪承畴派贺人龙、马科入川追剿，他本人坐镇汉南堵截李自成的归路。

这时傅宗龙已经到任，他可不是漫不知兵的王维章可比，早早调兵在川北险要之处严阵以待。

七月十三，李自成败于广元，八月初五，又被傅宗龙击败于川东北的南江县，只好又掉头回陕西。在渡汉水之时，遭到左光先的伏击，人马损折大半，仅余千人逃入山中。

农民军连吃败仗，被官军四处追剿，毫无还手之力，看似已经山穷水尽，不少人发生了动摇，和李自成当年齐名的六队祁总管也彻底绝望，偷偷拉着他所部六百人向左光先投降。李自成从四五万兵马只剩下一千余人，成了孤家寡人，躲进深山老林，不敢露面。

为了防止重蹈高迎祥覆辙，被身边人出卖，李自成行踪诡秘，“夜则山林藏身，不敢入窝铺宿歇”，一晚睡觉要换两三个地方，虽然艰辛，但不得不然。

一向谨慎的洪承畴这时也乐观起来，认为李自成智术已穷，向崇祯汇报“闯将同零伙散贼，暂尔逃命，计必擒斩于官兵之手，不则，亦困毙于山林之间”，好像李自成已经被他钉入棺材之内。