崇祯九年初，陕西巡抚是甘学阔，他的前任是李乔。三月，甘学阔因怯懦被免职，顺天府丞孙传庭继任。
孙传庭（1593年—1643年），字伯雅，又字白谷，代州镇武卫（今山西代县）人，万历四十七年（1619年）进士。
孙传庭幼年丧父，是家中独子，母亲守节未嫁，含辛茹苦把他养育成人。孙传庭也很争气，二十一岁就中了进士，不久被任命为河南永城知县。
孙传庭身材高大，膀阔腰圆，不像文人倒似武将。脸上常是笑眯眯的，但性情刚毅，嫉恶如仇，个性很强，凡事都有自己的一套看法做法，决不随波逐流。对待上司大官只是从工作关系出发，从不阿谀奉承，尤其是足智多谋，别人感到很棘手的事情到了他手中总有办法稳妥解决，一步入官场，就显得矫矫不群。
在永城任上，孙传庭遇见了一件奇案。
当地有一名孝子，刚刚订婚娶了妻子，但因父亲死去不久，在守孝期间，不能举行正式婚礼。
孝子为了寄托哀思，在父亲墓地盖了几间草庐，日夜住在那里守孝。他母亲和未过门的妻子则在家里居住，婆媳各住一间房。
一天夜里，有一名强盗穿着一身孝服假扮这位孝子，闯入新娘子房中大肆调戏了一番离去。孝子母亲听得儿媳房内似有异动，第二天问他未过门的儿媳怎么回事，儿媳说是他儿子来过。老太太不信，当即去墓地找儿子对质。孝子矢口否认，悄悄跑回家里躲起来侦查。
当夜，强盗果然又来，还是假扮孝子。这次更进一步，宽衣解带要和新娘子行周公之礼。
孝子听得真切，气坏肝胆，猛地冲进房间，强盗吓得扔掉孝服夺路而逃。孝子气得浑身发抖，掉头就跑回墓庐。
新娘子这才明白被强人所骗，惭愤难当，哭了一夜后悬梁自尽。孝子听说妻子自缢，也悔痛交加，在墓地自缢，一对新人双双自尽，好不悲惨。
老妇丧子又丧媳，气得昏死过去，醒来后抱着强盗丢下的孝服来县衙告状。
知县孙传庭问明情由，受理了案件，好言安抚住老妇，让其情绪稳定下来，当时却没有任何缉捕凶犯的行动。
数日后，孙传庭突然命人把永城县内所有的裁缝带到县衙，封闭起来和外界断绝一切联系，然后拿出那件孝服让裁缝们辨认是何人所做。
有一个裁缝拿起孝服翻来覆去辨认了良久，说曾经有一位官宦人家公子，命仆人把他带到其家里的一间密室，让他做了这么一件孝服。
孙传庭二话不说，立即亲自带着捕快来到这家官宦府上，将其公子锁拿回衙，一经审问，当堂供认不讳。孙传庭喝令将其杖毙，远近皆服其胆智。
永城任满，孙传庭转任商丘。天启五年升为吏部主事，又升为正五品的稽勋司郎中。时值魏忠贤专权，朝政混乱，孙传庭辞官回乡奉养老母。身在林泉，孙传庭除了侍奉老母，就是闭门读书。心忧国事，慷慨谈兵，慨然有澄清天下之志。
崇祯继位，很多天启末年罢官辞官的官员复出任职，孙传庭依然故我，不为所动。直到崇祯八年，才回到吏部任验封司郎中，不久转任正四品的顺天府丞（北京市唯一的副市长）。
当时陕西农民军发展迅猛，陕西巡抚甘学阔怯懦无能，朝廷打算将其免职，吏部正在物色接任人选。也是和天启二年广宁兵溃之后没人愿意出任辽东经略一样，朝中大臣人人视陕西为火坑地狱，避之唯恐不及，吏部找来找去无人问津。
这时的吏部尚书是万历三十五年（1607年）进士德州人谢陞，位高权重，架子很大，处处抖官威，摆谱拿范儿，部内其他官员都陪着笑脸小心伺候，只有孙传庭不怎么讲究，保持他那份自认为应有的自尊。谢陞见羊圈里跑出头驴来，很是不满。这时见没人愿意出任陕西巡抚，干脆就写上了孙传庭。
于是，吏部找孙传庭谈话，满以为孙会推辞，出人意料的是，孙传庭满不在乎欣然应允。
很快，皇帝召见孙传庭。
崇祯也知道陕西巡抚不好做，很欣赏孙传庭勇于任事的气概，对他态度很温和，鼓励他此去办好陕西的事情，剿贼安民。孙传庭很受感动，表示此去一定不辜负皇上的期望，只是陕西的兵马都在边镇，而今流贼却在陕西内地，他赤手空拳难以灭贼。
崇祯也是可怜，被大臣们要钱要怕了。一听此话，就知道孙传庭也要开口问他要银子，眉头一皱说“措兵难，措饷更难，朕予尔今年饷银六万，不足之处，由尔自行设处，朝廷不中制”
孙传庭倒也痛快，谢过龙恩，拿着皇帝给他的启动资金六万银子赴陕西上任。
五月，孙传庭到了西安上任，除了多六万银子之外，和到郧阳上任的卢象升倒是难兄难弟。
陕西五镇兵马，本来有固原、临洮两镇归陕西巡抚节制，但此时都在总督洪承畴账下听用。孙传庭也不去索要，而是在巡抚标兵中挑选千余精壮士卒，余者遣散，再行招募一千余人，作为他的直属部队。
募集之时，孙传庭亲自逐个挑选，从体质到智力都有一套严格的标准。
成军之后，孙传庭又亲自操练，每名士兵的骑马射箭、火器刀枪的操作技能都要一一检验。部队作战时，如何进攻、如何防守、如何接应、如何收营，孙传庭都给将士耳提面命、三令五申，孜孜不倦、昼夜不息 。
两个月后，孙军粗具规模，虽然不多，却是精兵。
经过数月休整，崇祯九年七月秋高气爽之时，高迎祥探得洪承畴正和李自成作战，西安空虚，率部出汉中，取道陈仓、子午谷北上，进窥西安。
十五日，高迎祥进至盩厔（今改周至）黑水峪。黑水峪因有河名黑河故名，山高谷深，崎岖难行。
孙传庭三日前已亲统标兵来此埋伏，见此地如此险恶，不利于骑兵冲突，而他的部队多是步兵，正好得了地利，心中大喜。
洪承畴听说高迎祥进窥西安，也命祖宽率部同孙传庭一道邀击闯王。
十六日，高迎祥部和明军发生战斗，开始互有胜负，恰逢天降大雨，三日不止，闯军数万之众挤在狭窄的黑水峪中，施展不开，劣势尽显，在以逸待劳的官军阻击下，连吃败仗，军心开始涣散。
十九日，战斗到了第四天，孙传庭占了天时地利，连战连胜，越战越勇，大雨之下，闯军无处躲避，所带给养吃完却打不到粮草，部队开始分化。大头领干公鸡张二、一斗谷黄龙等率部向官军投降，各营将领自由行动，各谋生路，强盛一时的闯军土崩瓦解。
众叛亲离之际，高迎祥还在苦苦战斗。大雨终于停了，湿气严重，山谷间大雾弥漫，人影难辨。高迎祥跳下马来，张弓搭箭射死几名追赶他的明军，回头一看，坐骑已不知去向，周围空无一人，登时惊出一身冷汗。纵横天下，笑傲江湖的闯王危难之时竟剩下独自一人。
高迎祥正彷徨无计，只听得人声鼎沸一伙官军追了上来，无奈之际只好躲进近处一座浅浅的石洞之中。
官军捉不到闯王岂肯罢休？拿刀枪逼着闯军中认得闯王之人四处搜索，终于发现了石洞中的高迎祥，一名女子向官军指认这就是名震天下的闯王。高迎祥只得束手就擒，被五花大绑献给孙传庭。他手下的大头领领哨黄龙、刘哲等全部投降官军，余部高迎祥之弟中斗星高迎恩等突围而走，闯王一股从此化为烟云。
生擒高迎祥，是明廷九年剿寇空前的也是绝后的胜利，高迎祥没折在大名鼎鼎的洪承畴、卢象升手中，却被初出茅庐籍籍无名的孙传庭拿获。高迎祥被擒，在农民军中产生了巨大的震撼，不少首领畏惧官军的强大，思想发生严重动摇。
九月十九，孙传庭遵旨把高迎祥解往北京，一代英雄惨遭磔死。
九月十九，孙传庭遵旨把高迎祥解往北京，一代英雄惨遭磔死。
不久，张妙手张文耀由徽州赶到凤翔向孙传庭乞降，第二年三月，蝎子块拓养坤率头目二十六人来西安乞降，孙传庭顶盔掼甲威风凛凛，亲自受降，二人跪地叩首痛哭悔罪。
蝎子块拥众四五万人，是当时一等一的大寇，受抚后在孙传庭标下效力，表现很好。可是到了崇祯十年，杨嗣昌当了兵部尚书，要惩办本已免罪的张全昌贪生怕死投降蝎子块之罪。蝎子块听闻之后，惊惧交加，怕朝廷收拾他，部下头领黄巢乘机煽动他重举义旗。蝎子块就在华阴哗变西奔。
孙传庭闻变，一阵冷笑：这是你蝎子块自绝于朝廷，莫怪我老孙手黑。秘密引诱蝎子块账下亲丁武大定乘其不备擒斩，并生擒黄巢。
来陕西不到半年，孙传庭就生擒高迎祥，招降蝎子块、张妙手，如此骄人战绩，天下所无，孙一鸣惊人，天下瞩目，声势甚至在他的上司洪承畴之上。