第二年，孔有德在登莱作乱，明廷久剿不定，最后抽调关宁部队进关平叛，祖宽是主要将领。战斗中勇猛彪悍，连立大功，事后进为副总兵。
崇祯八年，农民军势力大炽，关内部队难以平定，兵部又从辽东调兵，祖宽进为援剿总兵，带三千兵马进关参战。
祖宽临行之际，听说中原流寇猖獗，不屑一顾，认为流寇并不可怕，而是关内兵马无用，就如区区一孔有德率数千叛卒就把数万官军杀得屁滚尿流。有他的三千铁骑，杀流寇犹如砍瓜切菜。
祖宽临行之际，听说中原流寇猖獗，不屑一顾，认为流寇并不可怕，而是关内兵马无用，就如区区一孔有德率数千叛卒就把数万官军杀得屁滚尿流。有他的三千铁骑，杀流寇犹如砍瓜切菜。
带着满满的自信，祖宽开到河南。河南巡抚陈必谦和推官汤开远盼星星盼月亮终于盼到了关宁铁骑，隆重热情的接待了祖宽所部，将其带到秦晋豫三省交界的咽喉要道灵宝与左良玉会合。
祖宽和左良玉都出自辽军，左良玉还属于前辈，不过他在崇祯元年宁远兵变后就离开辽军自立门户。左良玉从崇祯六年来到河南剿寇，如今已近三年，所部战斗力在各路兵马当中首屈一指。左本人沉鸷骁勇，足智多谋，和农民军作战胜多败少，河南当局将其当作一宝，竭力伺候好这位左镇。
左良玉本来就桀骜不驯，在河南这几年耳闻目睹朝廷腐败，官员倾轧，更助长了其遇事观望、保存实力之心，和农民军作战经常要看他的心情，心情好时，奋勇剿杀，心情不佳，敷衍了事，持重二字常在心头。
陈必谦谈起流贼猖獗忧心忡忡，祖宽颇不耐烦，“一伙乌合饥民起而作乱，剿灭有何难哉？难道比关外的后金鞑子还要厉害？”左良玉见祖宽新来乍到，不知深浅大放厥词，很是不以为然，却不点破，笑道“老弟横扫千军，英雄无敌，我等衰朽无能之辈岂能比得，区区数万流贼全仗贵镇指日荡平，老哥好回山东养老”
十一月初一，祖宽入潼关以东、灵宝西南的阌乡城。农民军闯王高迎祥、八大王张献忠、老马守应等部数十万人大举越过阌乡东趋灵宝。左良玉带兵西进准备和祖宽合营，只见农民军队伍，宽约四十里，长不下百里，老弱家属居中，精骑悍卒在外，尘埃涨天、如一条黄龙滚滚向东而来。
左良玉和祖宽两军立时被分隔在七十里之外。
祖宽登上阌乡城头，看见农民军如此骇人声势，惊得目瞪口呆，“我今日才知流贼如此势大，剿灭实实非易，看来还是老左阅历老到”
初四，农民军破陕城，继续向东而去，祖宽率部在后追击。
十三，祖宽身先士卒，跃马横矛在嵩县九皋山大破整齐王。
十四，祖宽会合辽将刘肇基、罗岱两部在汝州圪料镇大败张献忠，杀得八大王落荒而逃二十里，斩首一千余级 。
张献忠败在祖大寿家奴之手，气愤不过，联合高迎祥要报此一箭之仇。二十日和祖宽再战于洛阳以东，汝州以西的龙门、白沙。
农民军先用小部队引诱辽军深入，然后设下数道伏兵将官军分割成两段进行围歼。
农民军不下数万，辽军只有数千，众寡悬殊，考验关宁军成色的时候到了。
祖宽在后阵大呼酣战，辽军一齐拼死冲杀，无不以一当百，从清晨战至夜半，农民军抵挡不住败退而走。
至此，祖宽三战三捷，军声大振，用赫赫战绩证明了他可以骄傲的资本。骄横狂傲的八大王连败在祖家奴才手下，虽还不甘心却也不得不服。
卢象升听说河南战事紧急，从襄阳倍道疾行一千四百里，二十五日进入汝州和祖宽会师。
卢象升就任总理后，立即整肃军纪，把观望怯战的湖广总兵秦翼明等奏请降级戴罪，三军无不肃然。
崇祯九年正月初一，正是新春佳节，五省总理卢象升在凤阳大会诸将，祖宽、牟文绶等各路将领领兵来会。
从上年凤阳皇陵被焚后，崇祯就开始身着青袍，避居武英殿，晚上也不回寝宫，并且减膳撤乐，从办公条件到日常饮食、文化娱乐都自我降级以示惩戒，大臣们屡劝不听。
卢象升在大年初一联合朱燮元、洪承畴、朱大典等十一位总督巡抚抚治联名敦请崇祯大驾还宫，御常服，尝法膳，从衣食住行各方面恢复皇帝的正常生活，他们誓死捐躯报效。崇祯优诏答焉。
这封奏疏由三十八岁的五省总理卢象升领衔，万历二十年进士，平定西南叛乱的贵州川湖总督朱燮元和三边总督洪承畴都居于其后，可见卢象升当时位望之隆。
卢象升接着又自己上了一道奏疏，总结了历年来剿寇的经验教训。指出：贼横而后调兵，贼多而后增兵，无人不落后局；兵至而后议饷，兵集而后请饷，时时寓有危形（这是两种很危险的情况）。况请未必敷，致士卒从贼而降为寇，是八年来络绎而请之兵反树贼党；积累而用之饷，适赍盗粮也。（由于缺饷，官军纷纷叛逃为流贼，军饷也成了为流贼而发）
最后，卢象升请求把蓟辽关宁剿寇部队由他指挥，咸（陕西）宁（夏）甘（肃）固（原）部队由洪承畴指挥，每人每月保证供应军饷十三万两，如此则督臣理臣有专兵专饷，台谏言官不要求全责备从中苛责，大家齐心协力，痛剿流贼，然后再遣散安插，轻徭薄赋，恤死吊生，恢复元气，则天下可以太平。
以上可以看成卢象升平灭农民军的总体思路。
正月初六，民间还沉浸在过年的欢乐当中。闯王、闯塌天、八大王、摇天动等七股农民军攻打滁州。在滁州城外，连营百里。
滁州城中，太仆寺卿李觉斯和知州刘大巩督率军民守城。
农民军竖起云梯，开挖地道、运土石填护城河，百道攻城，城上放炮射箭，扔火把，砸巨石激烈抵抗，形势十分危急。
初七夜间，卢象升在滁州西沙河接到探报，急命祖宽、罗岱、祖克勇疾驰援滁。祖宽率关宁劲旅为先锋，卢象升督帐下三百精骑居中督战。初八平明，官军进至滁州，此刻农民军已经攻破西北城墙羊马墙，滁州城马上就要被攻破，得知官军来到转头迎击。
祖宽一马当先，在一团黄埃中杀入农民军阵中，如同一只黄虎，上下跳跃，左冲右突，其身后是三千关宁铁骑，烟尘滚滚，奔腾如虎。
闯王、八大王两部已经和关宁军交过手，领教过其厉害，气势已沮。闯塌天、摇天动等部则是头次接触，与祖军杀作一团。
摇天动骑一匹骏马，通身雪白，身高八尺，在万马营中纵横驰骋，神骏非凡，万众夺目。参将罗岱跃马横矛直取摇天动，两三个回合一矛将摇天动搠死从马上栽落。罗岱一把拉过摇天动白马缰绳纵身跨了上去，官军欢声雷动，士气更振。
激战至黄昏时分，农民军全线奔溃，四散而逃，卢象升督军追杀从城东五里直至五十里处的朱龙桥。农民� 尸横枕籍，滁水为之不流。滁州围解。
大捷之后，统计战果，祖宽上报斩杀农民军近万人。卢象升听了一怔，直觉告诉他祖宽所杀的流贼断无如此之多，其中必有无辜百姓。不由得面露不满之色，摇头叹息“可怜吾民”
祖宽一见卢象升怀疑他杀良冒功，勃然大怒，认为是侮辱了他的人格，竟顾不得尊卑，一把抓住卢象升的衣袖，要拉去点验首级到底是流贼还是良民。
众将见祖宽竟敢对总理无礼，一起上前拉开祖宽。卢象升看祖宽如此恼怒，却未加斥责，而是赔了几句不是。祖宽怒气未息，只是冷笑。