三边总督创立之初，主要是防御北方的蒙古。到了隆庆（1567-1572）以后，蒙古势力渐衰，对明朝不再发动大规模的战争。天启七年，林丹汗从辽东西迁到河套地区，和明朝的摩擦开始增加，但规模有限。杨鹤到了陕西，刚开始 的主要精力也是对付林丹汗，一到秋天，就要回到固原指挥，两年之内，多次击退林丹汗所部，斩首三千五百多级，没费多大力气。
让杨鹤没想到的是，饥民起事，要了他的老命。
杨鹤崇祯二年四月任命，星夜兼程到了陕西已经是五月。此时的陕西，已经是遍地烽火。延北地区由于物资匮乏，地瘠民贫，难以生存，农民军纷纷向南运动，活动于延安南部的洛川、宜君、中部等县，并逐渐逼近西安。
正当杨鹤手忙脚乱之际，当年年底后金又入犯京师，明军丧师失地，举国大震。
陕西部队是明朝除了辽军之外，第二支精锐部队。因此，兵部紧急调西兵入援。陕西五大总兵吴自勉、杨麒、尤世禄、王承恩、杨嘉谟由延绥巡抚张梦鲸、陕西巡抚刘广生、甘肃巡抚梅之焕这三大巡抚率领先后东进，西兵精锐一时尽出，杨鹤成了光杆司令。
陕西巡抚刘广生刚好他的三岁儿子出了疹子，非常严重，此时又接到火速勤王的命令，心中烦躁，对着下属督粮道参政洪承畴和另一位参政刘应遇哭出声来“国事如此，家事又如此，如之奈何？”八天之后，小衙内的病稍有起色，刘广生才起兵上路。
看得局势严重，崇祯三年正月，杨鹤也从固原到了西安，写了奏疏请求亲自入卫。
奏疏刚发出去，突然接到延庆数千农民军分作五路从宜君、洛川杀向河西要地韩城的警报，情势危迫。杨鹤急忙调回已经出了潼关的勤王部队的尾巴，掉头北上，杀败农民军，保住韩城。之后，官军继续踏上勤王之路。
五大总兵入卫后，陕西境内一下子没了总兵。于是请出来退休在家的前任总兵杜文焕，署镇西将军印带兵剿寇，成为崇祯三四年间陕西的最高带兵将领。
七月，王嘉胤破了府谷，杨鹤急命新任延绥巡抚洪承畴率原任总兵杜文焕督兵剿杀，一番激战，收复府谷，王嘉胤东渡黄河到了山西。
十二月，神一元、神一魁、高应登又在延绥西北部起事，所部三千人都是训练有素的边军，杀伤力巨大，连败官军，所在摧破，攻下保安县城。
杨鹤紧急派副将张应昌等前去剿灭，结果神一元、高应登被官军杀死，神一魁继领其众，声势不减。
崇祯四年二月，神一魁攻破合水（今甘肃庆阳合水县），活捉了知县蒋应昌，并带六七万人围困庆阳府，摇旗呐喊，声震百里。
因勤王部队至今未还，杨鹤体恤将士离家千里久戍辛苦。本月正在三边总督驻地固原，挑选兵将、筹措钱粮，准备去蓟州与勤王部队换班。忽然接到圣旨，让他去延绥剿寇。
杨鹤接旨后带亲兵三百东行。二十五日，行至咸阳西北的永寿，得到庆阳被围的情报，杨鹤大吃一惊。庆阳是府城，一旦失陷，其罪不小。
杨鹤马上命令兵丁掉头北上，军士们一听要去庆阳和六七万流贼厮杀，吓得都不敢去。杨鹤急了，停车大骂“万一庆阳有失，本部院纵然身犯死罪，尔等又岂能存活？如今死于朝廷之法是死，死于流贼亦是死，却落得忠义之名”。强令部队前进，到了庆阳以南百里的宁州（今甘肃庆阳宁县）。
听说总督大人到来，宁州知州周日强赶来迎接。
周日强四十多岁年纪，相貌文雅，谈吐不俗，见了总督不卑不亢，杨鹤先有几分喜欢。又问起当地风土民情，又是对答如流，不禁暗暗称奇。进了府衙，墙上贴着一幅字，上面题诗一首《守宁有感》，落款写着知宁州事周日强，诗曰：
“瘠土山城地半荒,民逃庐废尽堪伤;
官同五日贤良少,赋重十邮供应忙。
书吏不知三尺法,闾阎拖欠几年粮;
凭谁唤起梁公问,教我当时救苦方。
杨鹤看罢连连点头，“贵州才情不俗，忧国爱民之心更是可贵，当今之世实属难能呐”
周日强见总督夸赞，忙道“军门过奖，学生愧不敢当”
杨鹤问起宁州流贼，周日强回禀说都是天灾严重，饥民不甘饿死铤而走险，其情可悯。
杨鹤又问“今日流贼猖獗，贵州以为如何平息？”
周日强答“依学生看来，今日欲平灭流贼宜用抚，又不可纯抚，须以剿济抚，抚之后重在解散安插，要使得真正解散归农，方能结局”
杨鹤一听，周日强所言正是他心中所想，不由大喜，如获知音。
二人又谈起庆阳被围，都认为流贼势大，官军不可力敌，可是庆阳被围日久，危在旦夕，岂能坐视不救？
于是自然就说起神一魁能不能抚的问题，二人认为神一魁所部骨干都是惯战边军，攻一城即破一城，不比其他饥民为主的农民军，官军一剿就胜。此次要解庆阳之围不妨试一下抚局。
杨鹤本次从固原出来时，就写了一封书信给陕西巡抚练国事，说他此行愿效中唐郭子仪郭令公释甲投枪，单骑退回纥十万大军之意，亲自现身说法招抚流贼。推赤心置人腹中，虽以七尺之躯委身虎口亦在所不辞。决意用诚信感动流贼，将其招抚。
周日强的看法更加坚定了杨鹤抚一抚神一魁的决心，于是提笔写了一封书信，派手下舍人刘可观和庆阳卫指挥缪光先带去神一魁处招降。周日强也修书一封，用危苦痛切之词再三晓谕，以打动神一魁受抚，并愿意充当人质以取信于神一魁。
写过之后，呈给杨鹤过目。杨鹤连声赞叹“贵州一片血诚，几欲沁入贼之心骨，精诚所至，顽石亦当点头”
神一魁见了书信，动了受抚之念，不再猛攻庆阳。
刚好总兵杜文焕派副将张应昌带兵解围，神一魁没有恋战，拔营而去，退到合水。杨鹤也赶忙派人拿着他的令牌，不让张应昌进攻。