旅顺失陷，明军失去了辽河以东的最后一个据点，孙承宗、袁崇焕等设想的由辽南四卫金复海盖会同关宁锦东西夹击的战略也就失去了实现基础。
尚可喜接到黄龙的告急文书，火速从鹿岛回师旅顺，可是两地来回千里，岂能一日飞度？等他开到今大连以东洋面的三山岛，得知旅顺城已破，尚可喜悲痛欲绝，向南痛哭，在船上设置灵堂祭奠黄龙及自家家属，扬帆南下，驶往登州。
旅顺失陷、黄龙丧命，尚可喜成了无根之草，他想回东江，但执掌皮岛大权的是沈世魁，容他不得。只得向南到登州上岸，请求安插。
这时高起潜、朱大典都在登州，他们知道尚可喜皮岛救主，颇具勇略，是个人才，一齐向朝廷举荐，崇祯同意破格擢用。登莱当局随即委任尚可喜为三岛副将，属登莱管辖，仍让其上海岛安插。
尚可喜开到登州，就是觉得海岛难以容身，现在又让他上海岛，很不乐意，又提出要回宁远，等了月余，关宁方面也无回音。无奈之下，带领人马掉头又回到他的老巢鹿岛。
黄龙死后，明廷命沈世魁接任皮岛总兵。沈世魁夙愿得偿，成为东江大帅。他听说尚可喜又回到鹿岛，不由得动了杀心。
当日沈世魁伙同耿仲裕假借兵变将黄龙拿住，逼得他让出总兵之位，眼看就要成功，半路杀出个尚可喜，将黄龙救出，破了他总兵之梦。后来黄龙听到沈世魁也和耿仲裕一伙的传闻，气炸肺腑，当即要将沈世魁拿下，还是尚可喜多方劝解，黄龙才按住火气，吓得沈世魁三魂出窍。
照说沈世魁应该对尚可喜感恩戴德，可是世上有知恩图报之人，更有恩将仇报之人，沈世魁恰恰属于后者。
沈世魁派人传令，调尚可喜来皮岛。尚可喜不敢怠慢，从鹿岛出发，向东而行，中途遭遇飓风不能前进，在海上漂泊。数日之内连续接到沈世魁几道调令，命他急赴皮岛，而且各营将领十余人都有书信敦促尚可喜速来皮岛，语气殷勤，令人感动，其中却无平日与他交厚之将领。
尚可喜看罢书信，独坐舟中，听得海上波涛阵阵，心绪如潮。仰天长叹“沈世魁币厚言甘，定无好意。可叹我为国征战，海上立功，出生入死，于今十载，父母妻儿尽死于敌手，仅余一身。本想效忠皇上，怎奈奸佞当道，非但不能容我，竟欲杀我而后快，天下事可知矣”言罢振衣而起，下令掉转船头驶回鹿岛。
尚可喜回到鹿岛，已经打定主意，也走孔耿道路，投奔皇太极。
崇祯六年十二月，尚可喜写书信一封派人送往沈阳请降。皇太极大喜，命人同尚可喜的使者一同回鹿岛，让尚可喜“幸勿犹豫，速赐回音”
，并安排后金兵接应尚可喜。
崇祯七年（1634年），尚可喜在鹿岛起事，将不愿意降金的明朝副将俞太亮等拿下，并一路向西攻下广鹿岛、大小长山岛、石城岛、海洋岛五座明方海岛，将岛上明军将士尽行俘获，作为献给皇太极的见面礼。
二月，尚可喜率万余人浩浩荡荡，航海降金。
皇太极命贝勒多尔衮、萨哈廉前去迎接，并给与粮草接济，将尚部先安置在海州一带，并把攻破旅顺时俘获的尚可喜残余家属送还。
四月初十，尚可喜来到沈阳，皇太极还是率诸贝勒大臣出城十里迎接，与接待孔耿的标准一般无二。
尚可喜给皇太极行了大礼，又上前抱住皇太极的双腿行了膝见礼，再和代善等人行抱见礼。
孔有德、耿仲明此时均已剃发，脑后留着三绺金钱鼠小辫，带着缨帽，挂着朝珠，穿着马褂，一副女真打扮。见了尚可喜，想起去年海上之仇，自然不能完全释怀，但见皇太极如此厚待尚可喜，也跟着满脸堆欢，连声慰问尚可喜远来辛苦，说前日为仇乃是各为其主，从今往后，大家是一殿之臣，都为大金皇上效力，定当尽弃前嫌。尚可喜也是聪明之人，自然知道其中奥妙，三人哈哈一笑，也算是相逢一笑泯恩仇。
皇太极封尚可喜为总兵官，赐银印、敕书、蟒袍、貂裘、马匹等物，在海城赏良田一万多亩，出手豪阔。
与孔耿一样，皇太极也丝毫不干涉尚可喜对其所部的控制权。当年五月，皇太极将孔有德、耿仲明所部改称天佑兵，尚可喜所部改称天助兵，一律用皂色旗帜。
崇祯九年（1636年），皇太极改国号为大清，又加封孔有德为恭顺王、耿仲明为怀顺王、尚可喜为智顺王，合称三顺王，加封册文中承诺“功名富贵，带砺山河，子孙世世承袭”，在吴三桂降清之前，孔耿尚是降清汉人中爵位最高者。
孔耿之乱，把明廷搞得手忙脚乱，半个山东惨遭蹂躏，前后一年，几次调兵、三易主帅才镇压下去。
孙元化的登莱巡抚只做了一年多，就身死西市，可谓昙花一现。
朝鲜使臣在进见孙元化之后，对其曾有八个字的评语“清俭疎雅（清正廉洁、通情达理、文质彬彬），威武不足”，很是到位。
历史证明，在纷纭乱世，孙元化适宜做高级助手，而不适宜独当一面。
孙承宗时期，孙元化是一名优秀的技术官僚火炮专家，在他的努力下，明军的火炮技术突飞猛进，成为对付后金的一大法宝。
袁崇焕时期，孙元化是称职的宁前道，辅佐袁崇焕处理军政事务，井井有条。袁崇焕被拿后，能维持关外局势稳定，展示了过人之才。
出任登莱巡抚，孙元化走上了人生巅峰，也是他悲剧的开始。他可以用计除掉桀骜跋扈的刘兴治，赢得朝野喝彩。但面对区区一孔有德作乱，却方寸大乱，优柔寡断，几次丧失扑灭叛军的良机。
即使在登州城下，官军实力仍占压倒优势，只要他态度坚决，仍可以剿灭叛军。在最后关头，孙元化全副心思不在守城平叛，还是一味幻想孔有德能念旧情，负荆来归，一再拒绝张可大的正确意见，导致固若金汤的登州城被轻易攻破，城头数百门火炮尽成虚设落入敌手，成为攻城略地，屠戮明军的利器。
孙元化羞愤自刎未殊，孔耿实在难以下手杀害这位活菩萨老长官，放他从海路出城。
明知崇祯手段严厉，或许还抱着一线幻想，孙元化到天津自首投案。崇祯果然没有一丝怜悯，他空在镇抚司受了四个月严刑拷打，最后一刀了事，身败名裂。
孙元化生前一次在路上偶遇两头蛇，看见它欲行又止，方前又后，联想到人世，深有感触，赋诗一首。其中写道“当南更之北，欲进掣而止。首鼠两端乎，犹豫一身尔”
看后来孙在登莱之乱中剿抚不定，进退犹豫之形，与彷徨道路、进退两难的两头蛇何其相似！
孙元化死后，徐光启也心灰意冷，彻底丧失了训练火军的信心和可能，从此埋头于用西洋数学计算历法，搞出一部历朝最先进的大明历法献给崇祯，作为他的政治交代。他老人家雄心勃勃用六万火军荡平后金的宏图遗憾的没有上演，给历史留下了无穷的悬念。
明方阵营中，以个人而论，在登莱叛中得利最大的当属吴襄父子。吴襄通过平叛官复原职，而且进为都督同知，世袭锦衣卫百户，成为辽东武将中仅次于祖大寿的第二号人物，其子吴三桂被封为都督佥事。吴襄一路之上看见高起潜位高权重，声势烜赫，在入关平叛中，把从关外带来的大批珍宝特产双手奉上，更使出浑身手段，伺候的高监护如同吃了人参果的猪八戒，浑身毛孔说不出的舒坦。吴襄的眼力不差，高起潜在崇祯面前说话极为好使，胜过蓟辽总督。
吴三桂是第三次入关参战，年方弱冠，英武勇健，面白身长，一副标准少年英雄的样子，是辽军年青一代的佼佼者。吴襄和高起潜拉近关系后，不失时机的把儿子引见给高起潜。高监护什么都不缺，就缺儿女。高起潜一见吴三桂英姿飒爽，很是喜爱，当即收为义子，视若己出（当然以他老人家目前的生理条件是怎么生也生出不来）。自从搭上了高起潜，吴三桂就平步青云，数年之内升为总兵，最后竟成为辽军统帅。
登莱光复，虽然比不得己巳之变光复四城那么辉煌，崇祯也总算缓了一口气。可还没等他再缓第二口，山陕河洛间的农民起义已成燎原大火，最后竟然烧得大明朝片瓦无存。