黄龙因耿仲裕一事，同耿仲明结下深仇，孔有德陷了登州，耿仲明将黄龙在登州的家属全部杀死，更是仇上加仇。在陈有时叛变后，黄龙立即率军坐镇旅顺，日夜操练兵马，准备报仇雪恨。此刻闻知孔耿杀来，急命尚可喜率军堵截，一番交战，将叛军杀败，孔耿向东往双岛而去。明军紧追不舍，一路在广鹿岛、长山岛、石城岛、鹿岛、獐子岛海面激战。黄龙亲自督战，统率尚可喜等东江、旅顺部队追剿孔耿，同时在明廷知会下，朝鲜也派出水师同明军协同作战剿灭孔有德。
海上战斗的激烈程度比登莱陆战有过之而无不及。四十天内，双方几乎无日不战，黄龙部队的火炮一部分也得自孙元化传授，技艺娴熟，火器凶猛，更有朝鲜炮手素以精于施放名闻天下，两家合力，海面上硝烟弥漫、烈焰横飞，隆隆炮声，声闻百里。一番鏖战，叛军大败，毛承禄、陈有时被生擒，李应元被斩于阵上，中下级军官被擒斩四十余人，士卒死伤惨重，孔耿狼狈逃脱。
毛承禄、陈有时等被擒后，黄龙命人押往北京献俘，经一番审讯后，都被凌迟处死。黄龙因海上擒叛有功，官复原职。
孔有德困处双岛之时，为早日得到后金接应，派副将刘承祖、曹绍中带着他的亲笔信航海到盖州上岸，求见后金守将老牌降将石国柱，在其引荐下见到皇太极。
皇太极展开书信一看，字里行间似曾相识，如逢故人，不禁会意微笑。心道“毛文龙虽死，可谓后继有人，其九泉之下定当瞑目”
信中孔有德自称本帅，称皇太极为汗。只字未提在海中被明朝联军追杀的狼狈不堪，而是大言不惭“因飓风大作，飘至广鹿岛、此时要收复东江诸岛易如反掌，只是终非结局，即非不能也是不为也”
皇太极再往下看，见写道“目下（孔有德）有甲兵数万、轻舟百余，大炮火器俱全。有此武备，如与明汗同心合力，水陆并进，势如破竹，天下又谁敢与汗为敌乎？汗若听从，大事立就，朱朝之天下，转瞬为汗之天下。是时明汗授我何职、封我何地？”
看到此处，皇太极马上浮现出当年毛文龙写给他的书信“尔取山海关，我取山东，若从两旁夹攻，则大事成矣！事如依意不缪，再有结局之期，你如何待我？”
一样的口吻、酷肖的语气，夸张狂妄、跃然纸上，犹如毛文龙复生。
当年未能招降毛文龙，一直是皇太极的一大遗憾，如今毛文龙的旧部跨海来投，皇太极很是高兴，觉得是圆了当日之梦。马上命人好生安置刘承祖等，并布置军队到孔有德预定的上岸地点镇江城接应，明朝和朝鲜的追击部队见后金军出动，不再向前穷追，孔耿残军得以上岸。
孔有德弃舟登岸，进了镇江城，别有一番滋味在心头。十二年前的月黑风高之夜，他和另外一百九十六名勇士在毛文龙率领下奇袭镇江城，一举破城，名动天下，成为明朝抗击后金的一面旗帜，十二年一个轮回之后，他孔有德却在成名之地向当日的敌人屈膝投降，寻求庇护，真是造化弄人呵。
上岸之后，孔有德、耿仲明联名拜表感谢皇太极给予接应，恩同于天，并准备到沈阳觐见圣驾。
六月初三，孔有德、耿仲明一行来到沈阳，皇太极亲自出城十里迎接。皇太极事先准备与孔耿行抱见礼，遭到一些大臣的反对，认为孔耿走投无路来投，大金能与接纳已是天高地厚，皇上岂能与之行平等的抱见礼。皇太极又拿他熟读的《三国演义》作比喻 “昔着张飞尊上而凌下，关羽傲上而爱下，以恩遇之，不亦善乎？元帅总兵（孔有德、耿仲明）夺取登州，攻城略地，率其兵民航海来归于我，功孰大焉？”坚决要行抱见礼，把孔耿二人感动的神乎其神，坚决要行叩头大礼。最后双方各让一步，皇太极端坐龙椅，孔有德等人在龙椅前抱膝叩头，接下来与代善等贝勒行抱见礼。如此一来，宾主双方，皆大欢喜。
经过两个多月的海上颠沛，孔耿部队严重减员，十停中损了七停，出发时有三万余人，一百八十只大小船只，此刻仅存精壮士卒三千四百余名，水手四百四十八名，家属八千零六十名，合计一万二千余人。其中将官有孔有德封的副将孙龙（后来孔有德的亲家，三藩之乱时广西将军孙延龄之父）、线国安、耿继茂（耿仲明之子）等39人，其余游击以上将官100多人。孔有德全面继承了毛文龙的衣钵，不光是语言口才，而且在大面积的委任将官方面也做到了强爷胜祖。
孔耿来投，人数不算很多，但给皇太极带来了一支精锐的火器部队。这四千多人都经过孙元化严格的火器操作训练，具有丰富的实战经验，而且带来大批火炮，其中红衣大炮二十余位，西洋炮三百余位。都是孙元化耗费重金、数年苦心搜罗置办而得，也正是皇太极梦寐以求最需要的天下至宝。
汉臣宁完我向皇太极进言，将孔耿部队予以分割，编入后金汉军营中，并说孔有德原是辽东矿徒，凶险狡诈，耿仲明先效力大金，后又叛逃，如今二人在登州作乱，被明朝追杀犹如同丧家之犬，逃奔我国，皇上竟然予其如此礼遇，实在令人费解，言语之中满含嫉妒之情。
皇太极却不以为然，力排众议，对孔耿厚加封赏。六月十三，册封孔有德为都元帅，保持他在登州城中自封的元帅待遇，封耿仲明为总兵官，并专门铸印。拨给田宅，安置士卒及家属，他二人部下士卒一律照旧由孔耿二人指挥节制，自立一军，皇太极并不干涉，给了二人极大的自主权。
历来的军阀都视其部下军队为命根子，最怕被人分割调配，皇太极如此大度，孔耿二人自是大是感激，从此死心塌地为后金卖命。
第七节 三顺聚首
孔有德在海上被黄龙杀得抱头鼠窜，损兵折将，认为是平生奇耻大辱，发誓必报此仇。待得安顿好部属，就撺掇皇太极攻打旅顺。
皇太极一直也以明军占据旅顺威胁沈阳南路耿耿于怀，孔有德此议正中其下怀。
崇祯六年六月，皇太极命贝勒岳托、德格类、多铎，汉军石廷柱等率马步兵一万出击旅顺，孔有德、耿仲明率所部随征。
自从尚可喜皮岛救驾后，黄龙甚为感激，委以重任，信用甚专。海上堵截孔耿，尚可喜勇打头阵，斩获甚重。孔耿逃脱后，黄龙命尚可喜驻防鹿岛，离旅顺约有六七百里，三五天内两下里接应不上。
七月初四，后金军从陆路由北而南围攻旅顺。黄龙得报，知道来者不善，急忙派人出海调尚可喜回援，同时奋力抵抗。
坚守三日之后，七月初六，后金军攻上旅顺城，黄龙仍然指挥部队殊死战斗，被围数重，苦战不得出。眼看突围无望，黄龙将朝廷赐给他的征虏前将军印信交给部将谭应华，用他耳鼻尽失后特有的音质含混不清地叮嘱，让谭应华奋力突围，把印信带到登州上交朝廷，如冲不出去，就将印信丢入大海，说完之后，向南跪拜，自刎而亡。
守城明军数千人大部分阵亡，后金军也死伤数千。尚可喜的家眷都在旅顺，城破之后他的几位夫人不甘受辱都投海而死。
黄龙生性贪鄙，当了东江总兵之后，私欲恶意膨胀，大肆吞剥军饷，比毛文龙犹有过之，其贪欲之强之奇足可载入史册，由此给了暗中窥视总兵之位的沈世魁利用兵变发难之机。演武场上，一顿折辱，黄龙耳鼻尽失，威严扫地。后虽经尚可喜将其救出，但黄龙羞惭无地，五官不全，已无颜号令三军。最后离开皮岛这个伤心之地，率偏师来到旅顺驻扎。
孔耿忿于海上之仇，勾引后金围攻旅顺，必欲杀黄龙而后快。后金有了孔耿做向导和帮凶，如虎添翼，从兵力、火力等诸方面都占了压倒优势，黄龙孤军作战，已无幸理。
黄龙很清楚，此刻如果弃甲而降，性命必然无忧，所受礼遇应该不在孔耿之下，是所谓识时务之举。
也许是耳鼻尽失后已经了无生趣，也许是想起朝廷对他的厚恩，也许是为了洗刷他曾经的贪腐恶名，在生死关头，黄龙放弃了生，选择了死。在与后金作战到最后一刻，给进犯之敌以重大杀伤后，以武将充满尊严自刎而亡的方式，实现了取义成仁，大节无亏，可谓忠烈矣！