耿仲明不敢直视孙元化，答道“只因皮岛黄龙公报私仇，杀了舍弟仲裕，又必置卑职于死地而后快，卑职被逼无奈，因此….”
孙元化道“黄龙与尔有仇，尔却暗害本抚，天岂能容尔！”
耿仲明不敢搭话。
孔有德道“事已至此，无可挽回。恩抚已回不得朝廷，不如末将等奉恩抚为主，就在此登莱自立为王”
耿仲明马上附和“孔将之言甚善，卑职愿粉身碎骨报答恩抚大恩”
孙元化呆立半晌，摇了摇头，“尔等如念本抚往日之情，就勿杀城中军民，将本抚及张焘等放出登州，本抚要上京向皇上请罪”
孔耿二人忙道“末将敢不从命？只是当今皇上昏庸，信用奸佞，残害忠良，恩抚此去恐凶多吉少”
孙元化“此节不用尔等操心”
孔耿二人，不敢再言，安排了一艘船只，将孙元化、张焘、辽海道王徵、参议宋光兰等送往天津。
张可大把守水城，听得登州城陷，顿足捶胸，放声大哭。把总兵印信交给中军，命他逃出城去将印信送到济南交给山东巡抚。然后回到家中，让弟弟可度、儿子鹿徵护送他母亲驾船渡海去天津避难。安顿完毕，张可大挥剑把几名姬妾全部杀死，本人走入后堂投缳自尽。
登州施放火炮的葡萄牙人公沙的西劳等，在叛军攻城时予以重大杀伤，被孔有德等恨之入骨，城破之后四处搜寻，包括公沙的西劳在内有十二人被杀。公沙的西劳后被明廷追赠为参将。
第四节 困莱州
孔有德破了登州，犹如身无分文的乞丐一夜暴发。登州城存有内库银十万两、旧兵六千人、援兵千人、马三千匹、红夷大炮二十余具、西洋炮三百具，其他火器甲仗不可胜数，城中金帛子女皆为其有。凡是城内的辽人都征召为兵，一时间耀武扬威，不可一世。
毛文龙旧部听得孔有德、耿仲明占了登州，群情振奋，多年的压抑一朝爆发。旅顺营守备陈有时杀了上司，率八千人渡海来会，毛文龙的首席义子广鹿岛副将毛承禄也率众来到登州，好比梁山泊好汉聚义，又好比封神榜中的群魔会师。
队伍拉了起来，就要进行组织人事安排。众人一致推举孔有德称王，孔有德虽然粗鲁，也颇有自知之明，坚辞不受“我等初起事，岂敢称王？”耿仲明道“既然不愿称王，可称元帅”孔有德喜道“我等武人，正以元帅为尊”
于是，众人推孔有德为“替天行道都元帅”，李九成为副元帅，耿仲明、毛承禄、陈有时都封为总兵，李应元为副将，并给孔有德铸了金灿灿的黄金帅印。
登州城内，冒出了明朝二百年没有过的元帅军衔。
放走孙元化，孔有德老实不客气的进驻巡抚衙门，作为办公地点，并用巡抚关防，发属下各县收取饷银，俨然是合法政权的架势。
王象乾的弟弟原任云南道御史王象云因老家新城被叛兵攻陷，其家属三十余人都被叛军杀死，向朝廷哭诉，并弹劾山东官兵观望不前，任其从容流劫，并举荐梁廷栋、谢琏剿灭叛军。
几天后，朝廷将余大成革职、孙元化削籍，任命徐从治为山东巡抚，谢琏降三级戴罪管登莱巡抚事。山东有了新的最高长官。
十三日，叛军攻破黄县，目标直指莱州。
孔有德占据登州后，向明廷提出，由其领有登州府八县之地，境内文武官吏由其任命，钱粮赋税由其征收，他仍奉明朝正朔，依旧是大明臣子，每年向朝廷缴纳一定的赋税。
明廷不允许孔有德通过犯上作乱来搞独立王国，一口回绝，马上着手派兵围剿，以原总兵杨肇基之子杨御蕃为通州副总兵，会同天津总兵王洪，保定总兵刘国柱各率本部人马向登州集结，进行会剿。
二十五日，杨御蕃率所部及一部分山东地方部队进至朱桥，傍晚 王洪领兵来会。二十八日，两部进至新城镇，与登州开来的叛军相遇展开战斗，天津兵先溃，王洪遁还，只剩下通州兵孤军作战，杨御蕃被围。半夜，率军破围而出，向西而行，来到莱州城下，所部官兵纷纷逃亡，杨御蕃不能制止，仅率三百亲军在莱州城外扎营。
登州已失，登莱巡抚没了驻节之地，只得暂驻莱州。山东巡抚徐从治朝廷本来命他进驻莱州以西二百里外的青州，徐从治主动要求和登莱巡抚一齐进驻莱州，以壮声势。
二月初一，新上任的两位巡抚徐从治、谢琏来到莱州，邀请城外的杨御蕃进城防守。杨御蕃进城不久，叛军已尾随而至，开始攻城，领头的是原登莱巡抚孙元化部下都司，现孔元帅账下总兵陈有时。临行之际，替天行道都元帅孔有德郑重承诺“只要攻下莱州，你老陈就是莱州之主”，因此陈有时倍加悍勇，亲临城下，督率叛军攻城，并手刃了数名退却的军士。
此时孙元化和副总兵张焘、海防道宋光兰、辽海监军道王徵、登州知府吴维城、同知贾名杰、蓬莱知县秦世英等坐着孔有德拨给的大船，携带家口，航海来到天津。天津巡抚郑宗周将孙元化一行扣留，上报朝廷请示如何发落。
登州城破，一时传闻孙元化因对孔有德有恩，已被孔拥立为王，年号顺天。一时间，孙元化成了祸国殃民的大奸大恶。朝臣纷纷弹劾，孙元化成了落水之狗，只有他的老师礼部尚书徐光启为其辩白，以全家百口保孙元化不反。此时，孙元化自行归案，真相大白。崇祯命锦衣卫将孙元化、张焘、王徵宋光兰四人提解到京。余人由郑宗周关押。余大成也被锦衣卫逮捕进京。
三月，孙元化被拿进京，立即被打入锦衣卫北镇抚司。这是袁崇焕待过的地方，孙元化没想到他也会落入此地狱。入狱之后，孙元化遭受酷刑，手受刑五次，拷打两百余次。首辅周延儒曾多方营救，还把徐光启拉入内阁，一同营救孙元化，都无济于事。