崇祯四年十二月末，一路畅通无阻的孔有德来到了登州城下，城内的孙元化正巴巴儿的等着孔有德解甲归降，可是迟迟不见动静。正在府衙端坐的孙元化，突然听到数声炮响，亲兵跑进来报告孔有德开始攻城。孙元化简直不相信自己的耳朵，呆在太师椅上半晌无言。

片刻，张可大急冲冲闯了进来，说贼军已经开始攻城，请抚台下令他率部出城杀敌。孙元化默然，“此必孔有德受乱军挟制，将军先和张焘整顿兵马，出城扎营，待我探得实信再做道理”

又有僚佐献计，说孔有德及叛军大小头目家属都在城内，可把这些叛军家属押上城头，逼令孔贼缴械投降，如不从命，立时格杀其家属数人，叛军必然斗志全失。

孙元化听罢摇头，“万万不可，孔有德正欲归顺，如此一来必触其怒，反而坏事，本院还需用一片精诚感化于他”

当晚，孙元化派夜丁出城送他的亲笔书信给孔有德，又是大义又是私情，苦劝其悬崖勒马，回头是岸。孔有德回信说他吴桥激变，实有苦衷，誓死不敢忘孙元化对他的天高地厚之恩，一路而来，严令兵将封刀不杀，拼将一死也要勒令叛军归正。

孙元化见了书信，对张可大和副将张焘说“孔有德毕竟还有一丝天良未泯，你等出城只杀乱军，莫要杀孔有德”

在围城中孙元化度过了崇祯五年新春， 城外虽被叛军围困，但城中百姓并不惊慌，依旧张灯结彩，欢度新春，听着城内此起彼伏的炮竹声，孙元化绝对想不到这是他度过的最后一个春节。

正月初二，登州城东门大开，登莱总兵张可大率五千精兵，抚标副总兵张焘率三千辽兵出城迎敌。

孔有德叛军从吴桥一路南下，收降了不少土寇逃卒，来到登州城下，也接近万人。两军交锋，张可大平日练兵有方，所部英勇敢战，立时将孔有德前锋的乌合之众杀退，孔有德见势不妙亲督精锐辽军向前冲杀，两军战成一团。张焘所部辽军和孔有德辽军很多都是毛文龙旧部，彼此相熟，有的还是兄弟父子，战场之上，亲友相见，下不了杀手，一些张焘部队干脆丢下刀枪跑到孔有德阵上，火线认亲。张焘军大乱，不但不能杀敌，反而冲乱了张可大部队的阵脚，叛军乘势掩杀，反败为胜，张可大镇压不住，也败回城中。张焘部队有数百人降了叛军。

第二天，叛军从东西两面大规模攻城，被城头大炮击退。孙元化既是守城专家又是火炮专家，登州城中更有西洋统领公沙的西劳数十人统领火炮，叛军攻城自是自寻死路，大炮轰击，一死一片。这一点，登州全城军民都有自信，不用说孔有德这点乌合之众，就算再多十倍也是阎王爷的点心。这也是孙元化主抚的首要资本，他觉得以登州城火炮之威，区区孔有德翻不了天。

午时，被俘的张焘部队数百人来到城下，说是从孔有德营中逃回，要求进城。孙元化、张可大、张焘等正在城头巡视，张可大说万万不可放其进城，张焘不置可否，孙元化的中军耿仲明说“既是从贼营逃回，如果不纳，必被贼军所杀，甚是不忍。再说城中防守如此严密，放其进来亦无妨。”孙元化点头称是，命开了城门，全部放了进来，仍旧归张焘统带。张可大苦谏不从，气的脸色发紫。

午后，叛军慑于城头大炮威猛，不敢攻城，城外出奇的安静。

夜间三更时分，叛军蜂拥而出，举火呐喊，猛攻东门。

孙元化听得城外攻势凶猛，急忙骑马率百余名亲丁出抚衙指挥守城，正行至东门，忽见城内冒起数处火光，熊熊烈焰，映红了夜空。孙元化吃了一惊，登时有一种不祥的预感，莫非是城中有奸细？正思索间，只见数百头扎红巾的军士，冲向城门，刀斧齐下，砍杀守门军士，守门军士猝不及防，长声惨叫，纷纷倒在血泊之中。红巾军夺了城门，七手八脚搬走顶门巨木，咯吱吱一声响，城门洞开，叛军一拥而入，冲入城内，为首的赫然是口口声声要归降的孔有德。

孙元化坐在马上，顿时觉得天旋地转，双眼一黑，倒了下来。

原来正是午间放入城中的张焘降卒和城外叛军里应外合，乘机放火作乱，打开城门，迎接孔有德进城。固若金汤的登州城就这样轻而易举的失陷了。

等孙元化再睁开眼，登州城中已是一片火海。城头城下，死尸遍地，血流成河。叛军一个个如同夜叉厉鬼，疯狂杀戮城中军民。孙元化突然在叛军中又看到了一个熟悉的身影，定睛一看，正是日间力劝放降军入城的耿仲明，此刻他顿时明白：原来他也早是叛贼。

孙元化心中冰凉，双手颤抖，喃喃道“冤孽、冤孽”，拔出佩剑，就向脖子抹去。

只听得铮的一声，孙元化手中佩剑被一支羽箭射偏，叛军一拥而上，有一人将孙元化手中宝剑夹手夺过，扔在地上。孔有德、耿仲明腾腾跑上前来，一齐跪倒“恩抚万万不可如此”

孙元化神情木然，煞白的面孔在火光照映之下，忽红忽白甚是诡异，无神的二目直视孔有德、耿仲明。“本抚素日待尔等不薄，尔等如何行如此大逆之事？”

孔有德不敢抬头“末将蒙恩抚提携抬爱，岂敢忘怀？只是朝廷无道，末将为乱兵所逼,不得已而为之”

孙元化依旧盯着孔有德“吴桥之事，尔为乱兵所逼，今日之事，也为乱兵所逼么？”

孔有德嗫嗫说不出话来

孙元化又望着耿仲明“尔作乱所为何故？”

耿仲明也是辽东人，毛文龙收为义孙赐名毛有杰，和孔有德一道投奔孙元化。因能言善辩为孙元化所喜，授为中军，权势甚大。