黄龙身为武将，并不惜死，但却有岳飞眼中文官的嗜好—爱钱，而且爱的超凡入圣。
东江诸岛，在茫茫大海之中，物质匮乏，全靠内地接应。孙元化为了训练水师，不时通过东江向从朝鲜购买战船，黄龙雁过拔毛，经常从中吃高额回扣。更有甚者，把孙元化用以笼络朝鲜的鸟铳，铜锅等物也一律据为己有。
沈世魁见黄龙如此贪财好货，心中暗喜。于是又用起对付刘兴治的老法子，当面极力阿谀谄媚黄龙，并撺掇其更大力度的搜刮财货，暗地里煽动东江旧兵将，说他们如此困苦，都是黄都督一人盘剥所致，激起军兵对黄龙的仇恨。
崇祯四年四月，黄龙刚到皮岛，在海上查获走私船两艘，搜出黄蟒、胡丝等违禁物品。经审讯，供出这些物资的货主是登州官员王舜臣、李梅。而王舜臣的哥哥是登莱巡抚抚标中军王廷臣、李梅则是抚标游击耿仲明的心腹，恰恰王廷臣、耿仲明又是登莱巡抚孙元化面前的红人，和黄龙是激烈的竞争关系。黄龙见抓住大鱼很是高兴，命将王舜臣、李梅收监，准备审明正法，并立即上报孙元化。
王廷臣、耿仲明知道之后，惶惶不安，秘密和在皮岛的耿仲明的弟弟都司耿仲裕商议对策。耿仲裕早对黄龙不满，又去找沈世魁。二人一番计议，决定借机除掉黄龙。
崇祯四年十月二十七日卯时（凌晨五到七点），天色未明，耿仲裕率本部人马包围了总兵衙门，以索饷为名，把守护衙门的黄龙牙兵杀死，各执刀剑鸟铳，闯入大堂。
黄龙正抱着美人酣睡，被鸟铳声惊醒，急忙穿衣，欲起来查看，早被如狼似虎的变兵一拥而上绑了起来。
黄龙被绑，气急败坏，大叫“尔等因何作乱？独不惧朝廷王法么？”
耿仲裕见黄龙如此狼狈还斥责众兵，一声冷笑，拿刀在黄龙脸上划来划去，道“尔死到临头，还要摆大帅的架子，真是可笑之至”
耿仲裕把手一挥，他手下的把总杨世勋带着数名军校在黄龙卧室开箱倒柜，片刻之后，捧着金灿灿的东江总兵大印出来交给耿仲裕。耿仲裕命两名军校夹起地上的黄龙，一行人出了总兵衙门，来到空旷的演武场上。
此刻天色已明，一轮红日东升，照在众人脸上一片殷红。耿仲裕上了高高的演武台，命人把黄龙架上台来。
东江兵将越聚越多，都聚在演武台下，黄龙上任带来数千本部人马，后大部分拨到旅顺，皮岛只留不到千人，此时早被东江旧兵控制，不能搭救黄龙。
耿仲裕站在高高的演武台上，向台下众兵历数黄龙克扣军饷、卖官鬻爵，歧视迫害东江原有兵将的罪行，讲到酣处，情绪激动，声泪俱下。台下兵将受到感染，齐声大骂黄龙，黄龙刚要申辩，就被身旁军士用刀环猛戳嘴巴，立时满嘴流血，牙齿掉了几颗，说不出话来。
耿仲裕又命人把沈世魁等数名黄龙平日宠信的将领也绑了上来，和黄龙一排跪在演武台上。
耿仲裕似笑非笑，看着满面血污的黄龙。道“总兵大人，你不是要杀我弟兄么，今日你的威风哪里去了？”猛地抄起一根铁棍朝黄龙的腿上砸去，黄龙一声惨叫，双腿齐齐折断，倒地不起。耿仲裕抢步上前，左手抓起黄龙，右手握一把明晃晃的短刀，在朝阳之下闪着金光，满面狞笑，一刀先将黄龙的鼻子割去，接着又是两刀，黄龙的两只耳朵不翼而飞。黄龙呜呜惨叫，委顿在地，痛得满地翻滚。
耿仲裕又待动手，突然被绑的沈世魁挣脱绳索，扑了上来，把耿仲裕牢牢抱住，大叫“不可！黄总兵虽然贪赃，毕竟曾为都督，岂能如此折辱于他”此言一出，突然从台下跃上数十名兵将，一齐附和沈世魁，把耿仲裕拉了开来。
沈世魁抢步扶起地上的黄龙，命人找来一辆马车，把黄龙抬了上去，亲自护送到游击王良臣家，找来军医包扎医治。黄龙虽然伤重，但无性命之忧。他口不能言，只是看着沈世魁，呜呜做声，眼中充满感激之情。
沈世魁衣不解带，悉心照料黄龙，第二天，黄龙腿上断骨接住，虽然尚不能下床，将养数月即可行走。耳鼻割去不能再生，开口说话，带着浓重的呜呜鼻音。堂堂总兵，成了五官不全的残废。
黄龙羞惭难当，痛不欲生，再没了往日的威风。跟沈世魁交代说，他无颜统领三军，决意向朝廷请罪辞官，并举荐沈世魁继任总兵之位。
沈世魁大喜，谢过黄龙保荐之恩，马上派人传谕全岛，说黄都督有令:自即日起，由本协署总兵事，管岛中之事。并取出库银五万两，散发各军。
一个月后，皮岛之上已渐渐的不知有黄都督，只知道沈总爷。十一月二十六日清晨，岛中忽然一阵嘈杂，一彪人马杀上岛来。为首的是广鹿岛参将尚可喜。尚可喜先带人冲进总兵衙门，把病榻上的黄龙救起安顿好，紧接着带兵追杀耿仲裕等作乱之人。耿仲裕逃跑不及，被众兵乱刃分尸，余党无一漏网。
黄龙大仇得报，万分感激海上救主的尚可喜。
尚可喜是河北人，祖父时迁到辽东，其父尚学礼追随毛文龙抗金，战死疆场。尚可喜也投入毛军，毛文龙收为义孙赐名毛永喜。黄龙任总兵后，曾因事责罚过尚可喜。此刻见尚可喜不计前嫌，救主平乱，心中羞愧，道“某不识人，愧对公，公大度，非人所能，驭变定乱，济世之才也”立即升尚可喜为游击。
沈世魁见眼到手的总兵被半路杀出的尚可喜搅黄，心中恨极，但丝毫不敢显露，听说耿仲裕已死，又暗自庆幸，无人再知他和耿仲裕劫害黄龙的密谋。
于是很识相的请黄龙撤回成命，续任总兵，尚可喜及众将也纷纷敦请。黄龙推辞不过，说先向朝廷请辞，唯皇上之命是从。
数日后，崇祯分别接到孙元化和黄龙的奏疏。
孙元化说黄龙因克扣军饷，引发兵变，大受折辱，已派毛文龙养子毛承禄去皮岛安抚军兵。
黄龙则不提他贪污之事，详述了耿仲裕作乱，并揭发王廷臣、耿仲明幕后唆使之罪。
崇祯因二人各执一词，命大臣调查真相。
这场官司还未了结，孙元化更大的灾难降临了。
第二节 吴桥兵变
崇祯四年八月，祖大寿被困大凌河，明廷调发各路部队前去解围。登莱与辽东隔海相望，同气连枝，孙元化原来又是辽东干部，和祖大寿交情不错，于公于私，自不能坐视。
九月初三，孙元化命游击孔有德、吴进胜驾大小沙唬等船二十二只，带三千兵马从登州起行准备由海路在耀州盐场（今辽宁营口）登陆，赴援大凌河。
相比从登莱走陆路赴辽东，驾船走海上，要快得多，但冬天多刮北风，速度大受影响。