回到辽东不久，祖大寿和丘禾嘉就起了冲突，而且愈演愈烈。

自有辽事以来，经抚不和是明朝在辽东经久不衰的政治传统。熊廷弼与王化贞，孙承宗和张凤翼，王之臣与袁崇焕，都是闹得不可开交。丘禾嘉来了辽东之后，又添了一项—抚镇不和，总兵和巡抚闹起了矛盾。

按照旧有的制度，如果辽军中级以上的军官出缺，由总兵会同兵备道提名，上报巡抚，巡抚核准后，再上报督师最后裁定。中军千总等低级军官出缺，则由总兵会同兵备道提名，以兵备道的公文上报督师。

丘禾嘉上任之后，认为这种流程没有突出巡抚的权威，过于强调总兵的作用，马上做了改革。改为兵备道提名，巡抚裁定，取消了总兵的提名权，而且最终决定权在巡抚手中，不再是督师。

祖大寿见丘禾嘉剥夺他的军队人事大权，极为恼火，开始和丘禾嘉对抗起来。

一名王姓军官带兵出塞，小有斩获，回来找总兵衙门要报功。中军一查发现没有他的出兵记录，手续不完整无法报功，报给祖大寿。祖大寿把王军官大骂了一通，非但不给记功，反而加以责罚。

过了几天，中右所一个将官职位空缺，军官刘毓英拿着丘禾嘉的手令，要祖大寿批准，祖大寿没有照办。丘禾嘉很是生气，认为祖大寿蔑视他的权威。跑到孙承宗那里告状，说辽军将士只听祖大寿的，他根本指挥不动。不久前，祖大寿的弟弟祖大乐向他汇报说已经领兵西行，可是祖大寿却说并无此事，简直是以国家的封疆大事为儿戏。丘禾嘉而且要拿问祖大寿的参谋邱磊和旗鼓李云，说此二人摇唇鼓舌，作乱军中，是祖大寿军中的二凶。

山海关总兵宋伟也对巡抚大人颇有怨言。

宋伟，字镇川，山西大同人。出身行伍，二十多年间，从千户一直做到延绥总兵，沉雄而多勇略。崇祯三年，以军事主帅的身份收复了遵化，加太子太保。

宋伟虽然战功赫赫，但以前不是辽东系统的，相比祖大寿的树大根深，他是货真价实的外来户。他知道辽东不好混，这天下第一关的总兵虽然风光，也着实风险，因此上任之日起就小心翼翼谨，哪座菩萨也不敢得罪。对于丘禾嘉则就当他一生下来就是巡抚，人前人后都是毕恭毕敬。

世间有这么一种人，有人不把他当回事，他认为这人狂傲无礼，有人太把他当回事，他又觉得这人谄媚阿谀。

宋伟对丘禾嘉十二分的恭敬，可是丘抚台对他并不满意。可能是他对丘禾嘉的礼数太过恭敬，反而适得其反，让丘禾嘉产生了错觉。几次接触之后，丘禾嘉放出风来，说宋伟拘谨怯懦，非大将之材，要上书朝廷将其撤换。宋伟听到风声，既害怕又生气，关起大门，称病不理公务。

到了后来，祖大寿和丘禾嘉的矛盾越来越尖锐，二人开始公开骂战。

丘禾嘉弹劾祖大寿居功自傲，不受节制，藐视明旨，侦哨不严；祖大寿不甘示弱，命人搜集材料，准备上书朝廷揭发丘禾嘉贪污腐化，经济不清。孙承宗闻知后，怕事情闹大，赶紧压住祖大寿不让他上疏朝廷，自己给崇祯写了奏疏，汇报了丘禾嘉和两位总兵矛盾重重，难以共事，他在中间多方调和无效，言外之意希望朝廷撤换丘禾嘉。

崇祯经过权衡，四年五月，免去丘禾嘉辽东巡抚，调任南京太仆卿。任命已下，但继任者孙谷迟迟未到，丘禾嘉依旧履行巡抚职权。

崇祯四年五六月间，祖大寿、何可纲领兵四千，连同秦良玉的儿子四川总兵秦翼明石柱兵一万，还有专门修城的班兵一万四千，浩浩荡荡开到大凌河，热火朝天的开始筑城。

祖大寿对于筑城有一种特殊的感情。天启三年，他奉命修筑宁远，当时他还是小小的游击，明军经过广宁兵溃，军心涣散，普遍弥漫着悲观失望情绪。祖大寿觉得朝廷没有坚守辽东的决心和实力，就随随便便修了几下，应付了事，城墙单薄，城池狭小，搞了一座豆腐渣宁远城。

也是命运的安排，他在宁远遇见了袁崇焕。袁崇焕受孙承宗之命监修宁远，他看见祖大寿修的城池拙劣不堪，下令推倒重来，但并没有责罚祖大寿，而是勉励他精功报国，成就功名。祖大寿感恩图报，和袁崇焕一道修筑了雄伟壮阔的宁远城，他们凭借宁远城挡住后金铁骑的狂风骤雨，风生水起，平步青云。

相比宁远城，大凌河城小得多，工程量并不大，筑城专家祖大寿早已是轻车熟路，一声令下，他的部队和班军一起搬砖运石，斩木和泥，大凌河畔成了热火朝天的建筑工地。

一年尚书

正当大凌河城紧锣密鼓修筑之时，明朝中枢易人，兵部尚书梁廷栋被免。

梁廷栋也算是受任于危难之时。己巳之变时，军务紧急，每天要处理天量的文书报告，梁廷栋随到随批，从不积压，奏对之时反应敏捷，思维活跃，符合崇祯的用人标准，很受信用。

但是梁廷栋一夜之间从一名道臣升为兵部尚书，超过了很多人的心理承受能力，梁自恃皇帝宠信，肆口放言，行无忌惮，很不检点。自他出任尚书开始，各种争议就不绝于耳。