当时新兴的后金也开始信奉喇嘛教。因此，在努尔哈赤死后，袁崇焕派李喇嘛一行前往沈阳吊唁，之后李喇嘛又充当皇太极和袁崇焕之间的中间人，一力促成议和之事。
李喇嘛奉劝皇太极说袁崇焕是活佛转世，处事公平，所言诸事，请皇太极仔细斟酌，良辰易遇，善者难逢，苦海无边，回头是岸，希望皇太极停息干戈，便是极乐矣。
李喇嘛深受袁崇焕信任，常在军中。袁崇焕入关勤王，李喇嘛也可能随之西行。后来，崇祯给袁崇焕定的罪名中就有一条潜携喇嘛僧军中，纯粹就是欲加其罪何患无辞。其无理蛮横，东拉西扯，足以令三百年前给岳飞罗织罪名的秦桧自愧不如。
哀而且伤、怨而不恨
中国有着数千年的皇权社会，忠君观念深入人心。历史进入明朝，君主专制发展到了空前高度。皇帝被天然塑造成为代表上天统御万民的永不犯错、一贯正确的高大光辉形象。对于皇帝的一切言行，天下臣民必须无条件接受和服从，已经成为社会公认的道德法则和政治伦理。袁崇焕亦不例外。
他三次进京赶考，从广东一路向北，穿过大半个中国。沿途经过不少历史遗迹，皆有诗作，从中可以看到袁崇焕的人生理念。
河南汤阴浣衣里有西晋大臣嵇绍之墓。嵇绍是曹魏大名士嵇康的儿子。嵇康因反对司马氏篡权而被杀，嵇绍却好像对杀父之仇并不太介意，老老实实做了司马家的官儿。
八王之乱时，为了保护肉糜皇帝司马衷被乱箭射死，鲜血染红了司马衷的龙袍。左右要洗净这件血衣，肉糜皇帝难得的清醒了一次，说洗不得，这上面有嵇侍中之血。文天祥的《正气歌》里面，也把嵇绍列为他要效法的忠臣之一。
袁崇焕途经浣衣里，写诗纪念嵇绍，在赞扬了嵇绍之忠后，写道嵇绍的精诚感动天帝，化为一寸精铁，由良工铸成利剑，斩尽奸人之头。想象奇特，把袁崇焕本人刚直如剑、锋利无俦、嫉恶如仇的个性化入诗中。
精诚叩帝阍，愿化一寸铁。
良工铸作剑，剑锷百不折
斩尽奸人头，依旧化为血。
袁崇焕从少年时代起，接受就是忠君爱国的教育，几十年下来，他已经自觉的把“君叫臣死臣不得不死”当作天经地义的的政治理念，并身体力行。
在最后的岁月里，袁崇焕不断用“君叫臣死臣不得不死，”和“求仁得仁又何怨？”来安慰自己，渐渐地当初的冲天怨气一点点的平息，他想到了当年路经淮阴庙 时写下的诗句
如何解报恩？祸为受恩始
丈夫亦何为？功成身可死
若听蒯通言，声名已为累。
一死成君名，不必怨吕雉。
诗中认为韩信为刘邦打下天下，逼死霸王，受封齐王，风光无限之时，已经隐藏着异日遭祸的危机。作为风云人物的韩信，在功业成就之日就可以死而无憾。如果听了策士蒯通之言，在楚汉相争的最后阶段，拥兵观望，背叛刘邦而自立。在政治大节上已经有亏。而后来韩信虽然被萧何和吕后合谋诱斩于未央宫钟室，却成就了忠臣之名，也不必有所怨尤。
韩信被刘邦伪游云梦用计擒获后，削去齐王爵位，降为淮阴侯。地位一落千丈，心生怨望，动了伺机而起的念头。刘邦讨伐陈豨，韩信准备在长安作乱，不想事机不密被杀。
以古代的政治标准看，韩信算不得纯臣。
袁崇焕则不然，对朱明政权赤胆忠心，却含冤入狱，比韩信冤枉得多。
袁崇焕被崇祯冤杀，他对崇祯不无幽怨，但并没有多大的憎恨。他恨的是朝中奸佞，在皇帝面前污蔑中伤自己，年轻的皇帝年幼无知，受了蒙蔽，误杀了忠臣。正如他对韩信的看法，觉得自己纵然冤死，但成就了忠臣之名，死亦无憾。
后人把袁崇焕归入古代名将之列。与历史上的名将白起、韩信、郭子仪、李光弼、岳飞、韩世忠、徐达、常遇春等相比，袁崇焕军事上的事功甚微、命运甚惨。白韩李郭都是指挥数十万大军，战胜攻取，鲜有败绩，成大功、得大名，各有流传千古的经典战例。
袁崇焕能指挥的辽军不过十万，投入战场的不过三四万，战争规模并不大，战争的惨烈程度由于火器大炮的使用，则比前代的纯冷兵器战争有所过之。 其整个军事生涯也就三场战役，两次宁远保卫战，一次北京保卫战，在袁来讲还不是他的终极目标，只能算是一场大戏的开场。而大戏的高丨潮丨，他最终盼望的身率大军、直捣黄龙、恢复辽东、扫穴犁庭的终极之战由于自身丧命而无法上演，“空留冷庙沧江上，不见犁庭铁骑归”，在历史上留下了深深的遗憾。
“才兼文武无余子，功到雄奇即罪名”，这是袁崇焕在熊廷弼死后传首九边之时，他看到熊的首级之后，写的诗句，没想到一语成谶，数年之后， 同样的悲剧又在他身上上演。
袁崇焕被逮狱中，发出了“古来上将无善死”的慨叹。
中国历史上历代有大功的名将，保全功名善终者极少。这一方面固然跟名将本人秉性智术有关，但更取决于他所面对的最高统治者的气度、人格。
白起为将，东破三晋、南败强楚，长平之战坑杀赵军四十万，攻入楚国郢都，火焚楚陵，威震天下，为秦统一六国立下汗马功劳，却因几句怨言，被秦昭王赐死。
韩信破赵灭魏、略定三齐，垓下之战，逼得天下无敌的西楚霸王项羽自刎乌江，功高震主，被刘邦和他老婆吕雉先后设计擒杀。
只有郭子仪深通韬晦之术，把一切成绩都归于皇上的英明领导，坚决服从朝廷指挥，统军六十万，只要皇帝一声令下，立刻无条件交出军权，无一句怨言。对于当权太监鱼朝恩、奸臣卢杞都能放下身段，谦虚相待，加上几任唐朝皇帝都不算忌刻，才能八子七婿满床笏，身名俱泰，富贵寿考、哀荣终始。
明朝开国大将常遇春早死，其他傅有德、朱亮祖、冯胜、蓝玉等，有的本身有些骄纵不法，有的不知进退，再遇上千年不遇的惨刻凶残的皇帝朱重八，为了他子子孙孙万年基业，将这些开国大将杀得七零八落，创造了历史记录。
还有一类如岳飞、于谦，生前功业赫赫，死后天下人皆知其冤，受人敬仰，青史流芳，也算是求仁得仁。同他们比起来，袁崇焕更具有悲剧性。
袁崇焕死了，天下人拍手称快，温体仁、梁廷栋之流自不必说，就连夏允彝、文秉、谈迁等忠臣义士也一致认为袁罪有应得。这又是袁的一大悲剧所在。
明朝当局一手掌控了社会主流舆论，这个主流舆论就是袁崇焕欺君罔上、通敌卖国。天下臣民，只有辽军将士及与袁相知甚深的少数人对此持不同看法，而他们有的摄于皇帝淫威不敢发声，有的敢于发声却又过于微弱，完全被淹没在主流声浪之中，越来越淡化，最后无声无息，只剩下当时官方的一种声音。
由于当时形势纷繁复杂，各种矛盾互相交织，加上袁崇焕矫矫不群的个性和己巳之变中本身的失误，及一些史料有意或无意的背离事实，使整个真相扑朔迷离、真假难辨，让后人争论不已。
历史是人民创造的，但在人民创造历史的过程中，不应否认、贬低杰出人物对历史演进的巨大影响。数千年的历史告诉我们，在历史的关键时刻，当时的风云人物个人的生与死、决策的对与错往往可以决定历史的走向。袁崇焕也应该是其中之一，其生死存亡、进退行藏对明末历史影响甚巨。
《明史》在谈到袁崇焕之死说道自崇焕死，边事益无人，明亡征决矣。把袁崇焕一人生死提到了关乎明朝社稷存亡的高度。不可谓无见。
袁崇焕千里入援，北京有民谣流传甚广，说“拿了袁崇焕，东人跑一半”，意思是袁通敌卖国，只要将其拿问，敌军不攻自退。历史的事实却是“拿了袁崇焕，辽军跑大半；剐了袁崇焕，大明亡一半”。
崇祯杀了袁崇焕，在某种意义上也是杀了他自己，袁崇焕西市被磔的悲剧和十四年后崇祯煤山自缢的悲剧只不过是一场大戏的开场和落幕。
从物质决定意识，现象反映本质的观点来看，相由心生有一定的道理。袁崇焕的相貌时人有一些评价，钱龙锡说袁崇焕貌寝（相貌丑陋），那时袁崇焕已经被拿问，钱龙锡又岌岌可危，他着急和袁划清界限，对袁进行了必要的丑化，措辞自然有些夸大。
明朝遗少风流公子张岱在他所著的明史《石匮书后集》中，写到袁崇焕，用笔极具贬低。说袁生得“短小精悍，形如小猱（猴子），而性极暴躁，攘臂谈天下事，多大言不惭，而终日梦梦，堕幕士云雾中，而不知其着魅着魔也。五年灭寇，寇不能灭，而自灭矣。”。张公子把袁崇焕说的极为不堪，不但外貌丑陋寒酸，而且精神都不正常。整天捋胳膊挽袖子，满嘴天下大事，除了跑火车就是吹死牛，尽是嘴把式。天天活在睡梦之中，可能还幻视幻听。身为辽东督师，却被账下几个讨饭吃的幕僚耍的团团转。这是目前所看到的对袁最低的评价。
大学士黄景昉则得自传闻，说袁崇焕妄自尊大，曾对军中幕客讲“合皇帝王霸儒道释为一者，袁自如也”，口气之大，已入疯魔。
其中信史的成分有多少，不同的人自有不同的鉴别。
今天流传下来的袁崇焕画像有四五幅，大体上袁崇焕很清瘦，有的画像袁儒雅俊秀，可能画作者仰慕袁有意做了一些美化，有一副则相貌平常，也许更为接近袁本人。