那么，崇祯为什么非要用最残忍的手段杀害袁崇焕呢？
袁崇二人，平台召对，一见倾心，彼此都很满意，但互相都缺乏深刻的了解。锦州兵变请发內帑，崇祯开始对袁有了看法，双岛斩帅，崇祯心中震怒，但隐忍不发，对袁仍不失信任与倚重。后金入犯初期，崇祯还算冷静而理智，对袁的难处颇有理解，授予他节制诸路军马大权。
皇太极潜越蓟州，将战火引到北京，袁崇关系急剧恶化，产生了严重的隔阂和误解。袁崇焕持重待援的正确策略被崇祯误解为恇怯逗留，拥兵观望、心怀叵测。二人在辽军入城和刻日进兵问题上发生冲突，崇祯对袁的抗命极为恼怒，恰好皇太极不失时机的献上反间计，崇祯登时中计，一意孤行，平台缚袁。此时，崇祯还未必有杀袁之心。
接下来祖大寿全军东溃引发政治地震，对崇祯的威信和尊严无疑是沉重打击，他把这笔账想当然的记在袁崇焕头上。而袁崇焕开始执拗不给祖大寿写信，深深地激怒了崇祯，马世龙携带的圣旨、尚方剑尚不及袁崇焕的一纸手书能让桀骜不驯的祖大寿回师西援，崇祯又对袁崇焕在辽军中高不可及的威望产生恐惧，可以推测，处死袁崇焕的念头就在这一瞬间决定。
己巳之变明朝损失惨重，十数万军民死于战火，城池陷落无数，由谁来负责？如果硬要找一个责任人的话，袁崇焕自然是最佳的责任人选。把一切责任都推到袁崇焕身上，崇祯就不需要承担御敌无方、生灵涂炭这么重大的责任。假如赦免了袁崇焕，崇祯就成了第一责任人。让他效仿春秋时的秦穆公在崤山之战大败后，亲自向被晋国俘获的百里孟明视等三将认错道歉，把战败的责任全部包揽下来，高傲而怯懦的崇祯做不到。
两年之前，初登皇位的崇祯，不动声色之间铲除了权势熏天的魏忠贤，朝野赞叹，一致认为这位年轻的皇帝英明神武，大明中兴有望。大臣们发自肺腑的拍皇帝的马屁，说他乾纲独揽，神运时出，天开圣主，尧舜复生…，崇祯听得多了自然飘飘然、熏熏然,不自觉的以圣主自居。
既然是圣主，就不会有错误，每一项决策都是英明正确，重大决策更是不会有一丝瑕疵。现在突然要皇帝说袁崇焕没罪，要把他放了，那怎么解释当初在平台不和辅臣商议，不听成基命苦劝，执意拿下袁崇焕之举呢？
当初拿袁没错，现在就不能放袁，除非崇祯自己打破他永不犯错英明领袖的完美形象。正如安徒生的《皇帝的新装》，那位只有光着屁股的皇帝其实他心里清清楚楚，根本没有什么新装，但是就是为了维护他一贯正确的皇帝形象，他不得不忍痛装傻，明明什么都没有，就要说自己穿着世界上最漂亮的新装，而不敢戳穿骗子的谎言。崇祯权衡再三，决定将错就错，将袁崇焕置于死地。
如果把袁崇焕放回辽东，十万辽军重归其掌握，朝廷还能不能掌控辽东？崇祯自问没这个自信。
这三大问题，反复在崇祯脑海中盘旋。最终，他决定杀掉袁崇焕，这三个问题都会迎刃而解。己巳之变有了替罪羊，自己不需要为错逮袁崇焕而认错，十万辽军也不会再有威望高的可能危及到朝廷的统帅。
于是，崇祯在等到孙承宗指挥辽军将后金逐出长城，史范上奏章攻击袁崇焕之时，立即下令各衙门在五天之内回奏。
五天是他精心算好的时间，以当时的交通通讯速度，五天之内，山海关的孙承宗、驻守开平的祖大寿无法赶到北京上本搭救袁崇焕，崇祯也就避免了可能的尴尬。
五天头上，崇祯立即举行朝会，乾纲独断，磔死了他曾经寄予厚望，许诺封侯的辽东督师袁崇焕。二人美轮美奂的乾坤之梦无情的破灭了，非但没有像继续前朝君臣鱼水相得、惺惺相惜的千古佳话，反而上演了君臣相屠、君孤臣灭的惨剧。
袁崇焕死后，虽然尸骨无存，崇祯依然下令传首九边。可以想象当袁崇焕枯瘦干瘪的头颅摆在祖大寿、何可纲等面前之时，辽东众将的悲愤之情。祖大寿立即有一种被玩弄的感受，皇帝利用他们把后金军赶出内地，不顾他和辽东军民的一再恳请，转手就把他们视若神明的督师用最残忍的刑罚处死。
祖大寿觉得他被骗了，以督师之忠勇，尚落得如此下场，他祖大寿再誓死效忠皇帝又有何用？从此，崇祯在他心目中神圣的光环不再。他祖家原籍淮西，移居辽东已有百年，在当地根深叶茂，有钱有势，庄田遍地、骡马成群。守辽也是守家，辽东还是要守，但再不像袁崇焕在日那般死心塌地的效忠朝廷。现在什么皇上、朝廷、精忠报国在祖大寿眼里都成了讽刺十足的笑话，想起当日誓死杀敌、奋不顾身，祖大寿不觉一阵懊悔，大骂自己是傻瓜。
平台一幕令祖大寿终身难忘，崇祯喝令拿下袁崇焕那一刻，阴冷的眼神，如在昨日，不时浮现在他眼前，令他不寒而栗。从此之后。他在辽东就当起了维持会长，什么事只要过得去就成，身家性命开始占据他心头首位。之后后金三次入犯，每次崇祯都命他带兵入援，他也一一照办，入关之后，崇祯命他进宫陛见，祖大寿死活不去，他不愿意也不敢再面对这位大明天子。
人生在世，要有精魂，没有精魂，就是行尸走肉，空具一副驱壳。一支军队，要有军魂，没有军魂，这支军队就如无头苍蝇、难以振作。袁崇焕就是辽军军魂，他督师辽东，只有一年三个月，却是有辽事以来辽军最有活力、充满朝气、蒸蒸日上的时期。全军上下，关内关外，齐心协力，为了五年复辽而拼搏奋斗。人一旦觉得有盼头，就会有动力。袁死后，十万辽军失去了军魂。祖大寿以下的各级将领心灰意冷，再没了袁崇焕在日那股蓬勃朝气，进取精神。
朝气一去，暮气即生，原先在袁崇焕复辽报国精神感召之下得以压制的追求享乐、升官发财又得以大行其道，辽军的鼎盛时期一闪而过，即使后来孙承宗再次督师也难以重振。
袁崇焕时期，整个辽东是一元化领导。袁军令如山、令行禁止，不存在互相掣肘、文武不和、上下不通的情形。袁死后，孙承宗复出，经抚不和的优良传统重出江湖，孙承宗与新任的辽东巡抚丘禾嘉又开始了新一轮斗法。孙依然用他的太极功夫与丘禾嘉展开旷日持久的缠斗，导致在大凌河战守问题上一误再误，袁崇焕苦心经营的辽军精锐损失惨重，从此失去了与后金一决高下的实力。
袁崇焕是辽军统帅，却不脱文人本色，戎马倥偬之余，不忘读书赋诗。努尔哈赤宁远战败，为了泄愤，转攻觉华岛，时值天寒，明军凿开的冰面开而复冻，后金铁骑得以跨海而上，岛上军民万余人无一幸免。
事后，袁崇焕写了一篇感情真挚沉痛的祭文，不乏文采。如“巨浪茫茫、空山寂寂，皆汝等忠灵之所洒荡也。望故乡以何日，即转劫而无期。冉冉游魂，何不相结为厉，歼仇泄愤？在生之志，籍死以伸，则虽死之日，犹生之年也”。文中体现了袁崇焕一贯的英勇之气，勉励死去的将士化为厉鬼，歼灭后金，报仇雪恨。
天启七年十二月，袁崇焕在老家东莞闲居。乡里重建三界神庙，因为他曾是朝廷大官，邀请他写了一篇庙文。从中也可看出袁对世事人生、天地鬼神的独到看法。文中写道“人情顾目前，不顾身后，见人而不见天，严于人所见，而不严于人所不见者，此中定有神以通之。一念诚，则鬼神可质，妻友倍亲，一念伪，则藏头掩面，无地可容。”“人之私，至财而极，苟语人以公而不私，其谁信？”“本来无祸，何必免祸？褔且无用，何必妄求？”
从中可见袁崇焕为人处世，信奉出于至诚，对人生祸福，心怀坦荡，不强求福，也不刻意去避祸。同时，也显示了他对人性自私、贪财的深邃见地。
文为心声，袁崇焕所作所为，不难从其文中探得一二。
崇祯二年冬，袁崇焕在山海关闻得后金入犯，军情紧急，他一面等待祖大寿率部从锦州进关，一面还要好整以暇的照例进文庙上香，接见当地生员，考察其学问，要与他们讲书。
袁的日常生活，非常简易，后来当了督师尚书，也不讲究排场，做事轻车简从，用现在的话讲叫非常接地气。而他的部下宁前道孙元化对仪仗场面这一套就很重视，以至于朝鲜使臣李忔一经对比觉得孙场面隆重，袁甚是随意，还有些不习惯。孙承宗就更不用说了，他在中央为官多年，一向讲究排场体面，所到之处，盛陈仪仗，先从气势上令人敬畏。
禅宗六祖惠能唐初南行之后，将禅宗带到岭南两广。宋明之际，盛极一时，当地文人多好谈禅，袁崇焕也好此道，与家乡的文士、和尚多有往来酬唱。
戍辽之后，安抚蒙古，发现蒙古诸部皆信奉喇嘛教，为了更好地做好对蒙统战工作，袁崇焕开始学习藏传佛教的教义经书，并将在蒙古民众中有较高声望的李喇嘛、王喇嘛招致幕下，让其与明方一道招抚蒙古。
通过宗教纽带，袁崇焕成功的与蒙古诸部拉近了距离，和高傲跋扈的林丹汗也有了交情，在书信中常引用佛经来劝导林丹汗与明朝和好，勉励其“保得边疆无事，便是本性圆明”，完全是一派纯熟的宗教用语。