平台奏对之后，袁崇焕的事权更重，他在皇帝面前放言五年复辽，同样的担心再次涌上心头。两天后，袁崇焕向崇祯上疏，提醒皇帝用人要专。驾驭边臣与别的大臣不同。军队是一个特殊的组织，其中可惊可疑的事情很多。希望崇祯只考核他五年复辽的成败大局，至于其间的细节不必细究。“着着做实，为怨实多，凡有利于封疆者，俱不利于此身。况图敌之急，敌人必然从外面进行挑拨离间，所以为边臣甚难。”语重心长，字字沉痛。崇祯和熹宗一样，温旨安抚，表示绝不听信谗言，鼓励袁崇焕放开手脚，凡事他自有主持。
可叹的是，袁崇焕的忧虑竟不幸言中，在要紧关头，皇太极果然使出了并不高明的反间计，而崇祯似乎已经忘记了袁崇焕的提醒和他的承诺，一举上钩。袁崇焕对自己命运的担忧一语成谶。
凡是王朝末年，都是一个崇尚平庸和世俗的时代。它不需要个性，只需要顺从，抹平一切棱角，体现千人一面。以袁崇焕腹笥之广，不会不知道柔顺保身、刚强遭祸史不绝书，但他依然不改锋芒毕露，我行我素的个性，不善于或者不屑于韬光养晦，最终导致命运的悲剧而不悔，又何尝不是一种高贵的信仰和坚守。
大明国中亡命徒
事业和家庭，犹如鱼和熊掌，庶民百姓还容易兼顾，大人物就不好兼得，必须在二者间作出抉择。
袁崇焕自称是“大明国中亡命徒”，“十年以来，父母不得以为子，妻孥不得以为夫，手足不得以为兄弟，交游不得为朋友”。袁崇焕为了辽东事业，牺牲了个人的一切，包括生命。
天启四年七月，袁崇焕之父袁子鹏卒于东莞。九月，袁崇焕接到家报，向巡抚、总督申请回家守制，得到批准。
古代皇帝都鼓吹以孝治天下，父母死后，不论多大的官，都要辞官回乡守制三年，称作丁忧。这是铁的制度，天经地义。万历朝，张居正父亲死了，神宗以政务繁重，非张不可为由，下旨让张居正夺情起复，不准其辞官守制，引发了一场政治风潮。可见，守制威力之大，道义之尊。
袁崇焕此时已是从三品的右参政，官不算小，可是临行之际，阮囊羞涩，连行李都置办不起。从孙承宗以下，辽东同僚凑钱资助才得成行。行至河北丰润，接到圣旨，说辽东军事紧急，宁前重地，袁崇焕不准守制，照旧供职。袁崇焕接连上了六道奏疏，请求守制，熹宗坚决不准。袁崇焕无奈，掉头返回辽东。
袁子鹏死后多年不得安葬，直到崇祯二年，袁崇焕又上疏请求回乡葬父，崇祯下旨，让其弟崇煜奉母归里安葬，袁父才入土为安。
从天启二年到天启六年，袁崇焕在辽东五年，都是孤身一人。他从炎热之岭南来到冰天雪地的关外，饮食气候都不习惯，其中苦楚自不必说。
独坐军营，听到雨声，想到军中万马齐鸣 ，甲兵尽洗。欣喜屯田得雨，可获丰收。
看到大雪飘飘，漫天皆白，用自己素来心肠颇热来自嘲不畏严寒。关心将士可否收到家里寄来的征衣，心疼骑兵如此严寒也不能离开马鞍歇息，仍要巡查边界。
秋风吹来，引发思乡愁绪。叹息天下武将跋扈，不由得为国事担忧。看到金风过处，旌旗猎猎飞腾，原来是大军操练尚未回营。
袁的性格，落落寡合，虽然也喜谈论，甚至谈锋甚健，那也是有选择性的，要遇到与他合脾对味之人，而且是他所感兴趣的话题。
内阁首辅韩爌是他的坐师，按说关系很近，但二人并无多少来往，袁下狱之后，韩爌并未替他出头搭救与他。其他人更无论矣！外臣如此，内臣就无瓜葛了。因此，袁被拿之后，基本上没有朝廷重臣替他伸冤，包括孙承宗。
孙承宗在袁被逮直到惨死西市，并未有任何公开的奏疏给袁求情辩解（从现存的资料来看）。倒是留下了两首意味深长的七律，供后人从中探求他对袁崇焕被拿的感慨。
闻袁自如被逮 【 二首】
其一：
甘泉烽火彻重帏，信手提戈护九扉。
一缕痴肠看赐剑，几行血泪洒征衣。
风惊鹤表丁威去，雪满鹅池中令归。
闻说长杨枝上鹊，羞同[胡]马向尘飞。
甘泉是西汉长安皇家宫阙名称， 甘泉烽火彻重帏代指后金入犯北京，信手提戈护九扉指袁千里勤王，入卫京师。一缕痴肠看赐剑，用了春秋末年，吴王夫差听信奸臣伯噽，用属镂剑逼令伍子胥自刎的典故来比拟袁崇焕被拿下狱，孙承宗本人对此事件的态度不言自明。几行血泪洒征衣，形象的刻画出了袁崇焕血战破敌却含冤入狱的悲痛心情。
风惊鹤表丁威去，雪满鹅池中令归。先用仙人丁令威跨鹤西去比喻袁崇焕遭到拿问，凶多吉少，再用中唐名将李愬雪夜入蔡州，生擒割据淮西的吴元济，路上途经鹅池的典故自比他夜入通州，艰苦备尝。与第二首的郭汾阳一样，孙承宗对李愬这个唐朝名将也颇为偏爱，在诗作中频频自比。
闻说长杨枝上鹊，羞同胡马向尘飞。这里用了反问，说听说西汉长杨宫上之鸟雀，尚且羞于飞向匈奴胡马奔腾带起的尘土，接下来戛然而止，没有说出来，但意思已经明确，这是中国古诗常用的手法，如同中国画的留白，留下余味，供读者品味。即鸟雀尚知汉胡不两立，岂有大明督师袁崇焕通敌卖国之理。孙承宗对强加给袁崇焕的通敌罪名进行了强烈的质疑。
其二：
练尔多方练未成，空闻曾铣尔前生。
恢疆五载承天语，却虏三师傍帝城。
魏绛偏和原有恨，汾阳单骑更无兵。
东江千古英雄手，泪洒黄龙半不平。
练尔多方练未成，空闻曾铣尔前生。首句表达了对袁的惋惜之情。为袁行事操切带来大祸感到痛惜不已，多年以来对其告诫培养做事沉稳（练气），到头来终无所成。事到如今，前朝的曾铣就是你的前生。曾铣是嘉靖朝的三边总督，力主收复被蒙古占领的河套地区，后被权臣严嵩和大同总兵仇鸾在嘉靖面前进谗言所害。可见，孙并不认为袁有罪。
恢疆五载承天语，却[虏]三师傍帝城。写到这里，孙承宗的心情很复杂，既钦佩袁崇焕五年复辽的豪气，又对他在皇帝面前轻率表态不以为然，五年复辽尚未实现，后金大军却已兵临北京城下，袁崇焕不得不背倚神京，血战退敌。
魏绛偏和原有恨，汾阳单骑更无兵。前句用春秋时晋悼公大臣魏绛力主和晋国北部的边疆民族实行和好，取得成功的例子，反衬袁崇焕空有魏绛和戎之心，却以失败告终，身落骂名。后句说他自己，好比唐代宗时的宰相郭子仪（孙承宗在诗中不止一次自比郭汾阳），在回纥大军入犯长安的危急关头，单骑闯入回纥军，责令其退兵而去。他孙阁老也是在危难之时，蒙皇帝启用，率领二十七骑星夜奔赴通州城，稳定危局。
东江千古英雄手，泪洒黄龙半不平。最后赞叹袁崇焕深入虎穴，以弥天大勇斩了跋扈的毛文龙，可谓千古英雄之手，到头来直捣黄龙，恢复辽东的壮志未酬，令人洒泪不平。
孙承宗政治上的功夫可谓炉火纯青。祖大寿东溃后，他观察到崇祯对于袁崇焕必欲置之死地而后快，再三权衡后，他没有给袁求情，眼睁睁的看着一手培养出来的擎天之柱被残忍的处死，他对袁必有愧疚，对袁的惨死感到痛惜，对崇祯的昏暗残酷也有不满，这些孙承宗都在公开场合没有表露出半分，幸而留下了这两首诗，可以让后人看到他对袁案的真实态度。
袁崇焕短短六七年之间，从七品知县升至正二品的督师尚书，几乎每年都有升迁，中间并没有跳级，这些都是以他的实际工作成绩为基础的，并非那些火箭干部可比。但比起大多数官员来说，升官之快不可谓不迅猛。相应而言，他在官场中的历练少了一些，政治经验相对不足，尤其缺乏高层政治磨练，对他应对复杂多变的政治局面也有一定的影响。