待到皇太极从蓟州破边而入，短短数天，遵化、三屯营双双失陷，两处军政主官全部自杀，后金长驱直入，北京戒严。这时候的崇祯迎来了他执政以来最大的危机和考验。
贞观元年（626年），玄武门之变后的唐太宗李世民刚刚继位，东突厥可汗率十万大军进犯长安，直逼城下。李世民临危不惧，率房玄龄等六人，亲至渭水桥边，与颉利会盟，突厥退去。
十九岁的崇祯自然没有时年二十九岁的李世民的勇略和胆识，偏偏又多了几分高傲的怯懦。年轻的皇帝面对危机，明显的有些慌乱，拿不定主意，朝令夕改，面对敌军逼近京师，一度甚至动了南迁的念头。可惜的是，当时崇祯没有像诸葛亮、李泌、寇准那样在危急关头能帮助皇帝精准判断形势、做出正确决断的回天之臣。
袁崇焕千里入援，沿途分派兵马驻防，六日驰抵蓟州。此刻，皇太极还在遵化徘徊，袁崇焕见蓟州无恙，精神大定，一面上疏皇帝请罪，一面放出豪言，只要他在蓟州，断不使敌军西越一步。
袁崇焕所言是真诚的，崇祯此刻对袁还是信任和倚重的，虽然袁有侦探不明之过，皇帝还是大度的没有责怪，明确批复敌军从蓟州方面突入不是袁的责任，他战前担忧蓟州防务薄弱，已有先见之明，安抚他既提兵前来入援，就放下思想包袱，一心御敌，并同意他让刘策回密云防守的部署，授予袁崇焕指挥全部入援兵马的权力。
此刻的袁崇关系看不出大的异常，但要维持这种关系，袁崇焕将皇太极堵在北京以外是重要的前提。
两军交战，是双方军事实力的角逐，也是两军主帅智谋、胆勇的较量。皇太极绕路攻明，成功地把袁崇焕调虎离山，脱离了袁占主动的宁锦战场。袁崇焕想让皇太极顿兵于蓟州城下，他好故伎重演，用坚城火炮好生招待远路而来的贵客，幻想皇太极重蹈两百年前陈友谅强攻洪州八十天不下后被歼灭的覆辙。
袁崇焕的计谋被皇太极一眼识破，后金军潜越蓟州直扑北京，袁崇焕的设想落空，不使后金军越过蓟州一步的豪言顿时成了妄语，袁头上笼罩着的光环黯然失色，对袁持反对看法的舆论大炽，一些别有用心的政客如温体仁等开始用攻击袁崇焕来打击他们心目中的政敌，袁崇焕本身的功过和朝廷多年积累的党争矛盾搅在一起，使得袁的处境更加困难。
战前虽然有袁崇焕等人的一再预警，但明廷中枢并没有做丝毫认真的准备。十万金蒙联军突然杀入，明朝方面措手不及，一切都显得那么突然，一时间连吃败仗，毫无还手之力。
明金战争，是一场不均衡的较量。明朝主要的弱点是，长期处于和平环境，政治腐败、武备废弛，兵虽多但可战之兵极少；火器虽利但缺乏训练、不擅操作；各路援兵统帅互不相下，形不成战斗合力，被敌军各个击破；尤其是缺少一个优秀的中央统帅部。
因此，战争初期的被动挨打有其一定的必然性。
明朝虽弱，但他又是一个超级大国，地广兵多、财物充盈，只要捱过初期的痛苦，进入相持阶段，它固有的力量就会发挥。到了崇祯三年，明朝各路援军陆续抵达北京，约有十万之众，都是各地精锐兵马，如果指挥得宜，可以和后金一决高下。
成功击破袁崇焕的设想后，皇太极掌握了战争的主动权，战斗的时间、地点都由其选择。后金兵进北京，沿途烧杀抢掠，如入无人之境，袁崇焕迫于众寡不敌，不敢也不能主动邀击，两军各行其道，会于北京城下。
这个过程不过三天时间，崇祯对袁崇焕态度急转直下。
他身边的近臣、太监由于自身财产坟墓园林被后金军洗劫一空，这些人很自然的把对敌军的仇恨转移到袁崇焕身上，天然的认为袁御敌不力致使他们的利益受到损害，纷纷在崇祯面前说袁的坏话。
由于袁军和后金军中途并未交战，而又前后脚到达北京，北京城中出现各种谣言。有的说袁崇焕观望不战心怀叵测，有的说袁崇焕勾引后金入犯，都对袁具有极强的杀伤力。谣言越传越广，连朝中大臣都将信将疑，到后来后金久围不退，袁军又不出战，很多人渐渐地对谣言信以为真。
崇祯末年的大学士黄景昉时任翰林院编修，他当时对所传袁崇焕通敌之事不敢信其有也不敢信其无，而且相信袁崇焕避敌不战整日置酒高会，夜夜歌吹响彻城外；皇帝派太监视察军队袁一味跪下大哭的传闻。这些传闻已经相当荒谬，严重偏离事实，但无人去查证，在敌军兵临城下之际，惊慌烦躁已经统治了许多人的头脑，人们智商急剧下降，不愿意冷静分析，个个坚信这就是事实，这就是真实的袁崇焕。
常言道众口铄金、三人成虎，可见谣言威力之大。崇祯是一个以刚愎自用出名的皇帝，但又伴随着严重的缺乏定见、耳根子软的特征。这些话听多了，他对袁崇焕的能力、忠心都产生了很大的动摇。这时候，最需要强有力的人物在皇帝面前支持袁崇焕，比如内阁辅臣或崇祯宠幸的太监，可是，袁崇焕的性格是不善于攀附政治关系，尤其是高层政治关系，在此关键时刻，朝中并无什么重臣为袁在皇帝面前通融，使得君臣二人产生了严重的隔阂，酿成了日后的悲剧。
袁崇焕兵至北京，崇祯对他热情中带着冷漠，使用中含着限制，辽兵远道而来，饥寒交迫，却不让进城歇息；对袁安抚备至、赏赐有加，出入城门却得缒城而入；严令户部按时足额供应袁军粮饷，却使用太监把门，粮草不得开门而运。必须翻越两道城墙，从数丈高的城头往下溜放，且不许城上城下说话。
凡此种种，不胜诡异。无疑给世人传递出一个信号-袁崇焕可能有问题。
后金军围困北京，崇祯最急迫的要求是立刻击退敌军，解北京之围，然后乘胜追击，将其重创，赶出长城。广渠门之战，袁军获胜，崇祯想当然认为袁崇焕有能力击败后金军，于是严令其刻日进兵，至于袁军与后金军决战，有无胜算、伤亡多少，可能不在他的考虑氛围之内，一如日后严令满桂出击之时。而袁崇焕认为广渠门一战幸而获胜，是出于侥幸，后金军虽暂退，其实力未遭大创，此时出战，绝无幸理，徒死无益，需待辽军后续援军陆续到来，再寻机出击。鉴于部队城外饥寒，又经恶战，他明知崇祯不喜，仍然请求辽军入城休息。
后金入犯以来，各处告急文书每天如雪片般飞来。几乎无一例外的都是城池失陷、百姓被杀，文官自尽、武将阵亡。到处请兵要饷，都说十万火急。堂堂天朝大明，被小小属夷逼迫的山穷水尽、一筹莫展。崇祯觉得不可思议，他本能的怀疑是文武大臣不实心任事，尤其是入援部队的几位大将。
大敌当前，每天都有紧急军情上报，虽然有大臣们的初步处理意见，但最后都得皇帝来拍板。如何在短时间内准确的辨明真伪，分清是非，并得出最佳的处理方案，需要极快极高的反应能力和分析判断能力，比他继位之初处理魏忠贤要复杂困难得多。