一战长安 三
稍后，迟到的朱玫率邠宁军赶到，已经晚了一步，他与齐军大战城西开远门，邠宁军战败。朱玫本人让齐军军士用长枪在脖子上捅了个窟窿，身负重伤，但竟然没有死，只得率败军退守兴平定国砦（在长安以西约85里）。
黄巢大胜之后，于四月十日，带着还乡团的嘴脸，重新回到长安。他觉得自己太有理由生气了：我黄巢和大齐朝哪里对不起你们这些长安人？唐军对你们又有什么好？为什么有这么多人帮着唐军与多大齐为敌？！可见人之初，性本恶，你不打，他不服，扫帚不到，灰尘照例不会自己跑到！既然怀柔政策不顶用，那么“狠狠打击一小撮”就显得非常必要了。
于是，第二次打进长安城的齐军，完全抛弃了几个月前第一次进长安时的仁义外套，开始了代号“洗城”的大屠杀行动！这是齐军在长安发动的第三次屠杀，规模远远超过了前两次，一般认为有近八万人死于此难。不但杀人数创了黄巢的新纪录，针对的对象也由皇族、官绅、豪商、士子等原社会中上层扩展到了普通百姓。打击面的不断扩大，反证出大齐政权统治基础的不断缩小，从此以后，黄巢的大齐朝已经彻底丧失了民意基础，只能完全依靠暴力杀戮来支撑门面了。
大齐在政治上已经完全失败了，不过在军事上仍有可圈可点之处，只是没有政治作保障的军事成果，也是不可能持久的。
仅从战术上看，齐军在黄巢指挥的此次长安会战中无疑获得了全胜。在此役中，唐军王处存部来了五千人，但为了赶时间，这可能只是义武军中的部份轻锐，程宗楚和唐弘夫的军队估计都比他更多，再加上朱玫邠宁军的损失，此役中唐军总伤亡可能不比龙尾陂之战中齐军的损失小。
但若论战略意义，则长安之战明显不如龙尾陂之战，因为此战后，黄巢困守长安，被动挨打的格局并无变化。也许可以套用一战时美国《纽约时报》对日德兰海战的评论来形容这次战役：黄巢痛殴了狱卒，但他自己仍被关在牢房里！
不仅如此，就在长安会战期间，这套牢房的面积还缩小了，由四室一厅带阳台的豪华套房变两室一厅的经济适用房。
可能由于信息传递不够通畅，大齐的同州刺史王溥在风闻黄巢退出长安后，不知道那只是一次战术佯动，故而惊慌失措。此时王重荣的河中军就在离同州很近的沙苑，王溥自知不是对手，只能固守城池，寄希望于黄巢能发兵来救他，可如果大齐朝连长安都丢了，那大齐皇帝岂不是已经变成连自身都难保的过河泥菩萨，谁还能来保佑他王溥？思来想去，三十六计，终归还是走为上计，王溥放弃同州，带上他的人，向南一溜烟逃到了华州。王重荣兵不血刃，收复了同州，随即让自己的部下米诚作同州刺史。
恐慌就像非典，有很强的传染性，华州刺史乔谦，与王溥一见面，就觉得所见略同。这时，这两位又听说齐军的潼关守将成令瓌也逃了，唐昭义节度使高浔的军队乘机收复了这一天险，华州已处在河中军与昭义军北、东两面威胁之下！于是两位刺史连华州也不守了，再一同逃往商州。不久后，华州被王重荣和高浔的联军攻克。
老天爷似乎不怕乏味，同样的故事在商州竟然又上演了一次，王溥、乔谦再加上商州刺史宋岩，三位市长全部擅离职守，再一骨脑逃到了邓州。
邓州守将朱温对三位同僚不战而逃的怯懦颇为鄙视，正好，黄巢大败唐军，克复长安的消息传到，朱温便以军法将王溥、乔谦二人斩首，只有宋岩因为和朱温有些交情，被他私下释放回商州（好在商州还没丢）。这一轮戏剧性的崩塌，让齐帝国损失了同州、华州、潼关三个要地，长安的东面，藩篱尽失。
关中混战 一
不过，朱温也坚持不了多长时间了。五月，身任忠武监军的晚唐宦官名将杨复光，已率领精锐的忠武军大举反攻邓州来了。此前杨复光已经杀掉了秦宗权的部将王淑，实现了他对许州兵和蔡州兵的统一指挥。经过重新整编，杨复光将这八千精锐编成八个都，由鹿晏弘、晋晖、王建、韩建、张造、李师泰、庞丛等八人任都头（所有的史书都只记录了这七个人的名字，不清楚第八个都头是漏记，还是由杨复光自己兼任），此后，杨复光统率的这支军队，就有了“忠武八都”的叫法。
朱温率军出击，与忠武八都大战于邓州城外，鹿晏弘、王建等八位都头设伏以待。这很可能是后来的后梁太祖“泼朱三”，与前蜀高祖“贼王八”之间，第一次（也许是唯一一次）在战场上兵戎相见。可能由于齐军素质不及忠武军，交战的结果，是朱温战败，被迫弃城北走。杨复光挥军追击，又收复了商州，一直追至蓝田蓝桥驿（也就是刘裕时代的青泥）。至此，齐帝国除长安外直辖的四个州全部沦陷。
六月初，朱温率余部撤回长安，他虽然也战败了，但表现仍是齐朝几个刺史中最好的，大敌当前，正是用人之际，朱温的用兵之才在大齐诸将中数一数二。而且，对黄巢而言，邓州和商州的丧失，也可以说是塞翁失马，焉知非福。如今大齐兵力正吃紧，让朱温率一支不多不少的孤军驻守邓州，那是把好钢用在了刀背上。
实际上在下认为：由于邓州与长安相距过远，中间又隔着秦岭、熊耳山，难以形成犄角互援之势，即使不发生杨复光反攻邓州的军事行动，黄巢也迟早要把朱温调回长安（当然，站在事后诸葛亮的角度，我觉得黄巢最明智的选项，应该是放弃长安，到邓州与朱温会合，然后南下经营荆襄）。现在朱温回来，正好让黄巢能够集中齐军的精锐之师和能战之将，寻机唐军交战，以打破被围的困局。因此黄巢并没有追究朱温的过失，而是亲至灞上迎接，深加慰劳。
于是，囚徒与狱卒的新一轮较量，马上又开始了。
黄巢盯上的第一个目标，是距离长安最的邠宁军朱玫所部。自从长安败归兴平后，朱玫得到了郑畋派来的凤翔援军，和原属程宗楚的泾原军残部，他乘机集结兵力，在这里筑起一个坚固的营垒，号称“定国砦”，如一枚芒刺，插在黄巢之背。
黄巢决心拨掉它，命王璠为主帅、朱温为副，率军围攻兴平定国砦，朱玫招架不住齐军的凶猛攻势，再败，率邠宁军退守奉天，凤翔军则退守龙尾陂。
齐军本欲乘胜追击，消灭朱玫，不想这时，唐朝从西川调来的援军一万七千人赶到了。在黄头军使李鋋、巩咸以及神机营使高仁厚指挥下，这一万多西川军再占兴平，迫使齐军后撤与之交战。王璠、朱温与高仁厚等西川诸将激战多次，竟无法将西川军从兴平挤出去。郑畋再派大将李昌言率凤翔军主力支援兴平的西川军，至此，双方都难有突破，西线陷入持久战僵局。