日本是希望尽可能的做好先发制人的准备并尽量不让俄国人察觉出来。
“老天保佑吧！”伊集院接受了夜袭的时间点，并立即与相关部门商讨细节问题。
2月5日，陆军首先行动起来。
前往韩国京城的临时派遣队在第23旅团长木越安纲的指挥下出发了。他们将乘坐运输船和联合舰队一起从佐世保启程。
运输船是日本邮船会社的“小樽丸”和“大连丸”，早已在佐世保东面的杉尾川河口和东浦等待，负责人分别是海军中尉森肋荣枝和兼坂隆。应急用的大阪商船会社的“平壤丸”也在一旁待命。
先遣队由福冈第24连队、小仓第14连队、大村第46连队、大分第47连队的各一个大队组成，共计2252人，16匹马和53驮物资。
早上六点，各大队分别从驻地出发，乘车前往佐世保附近的早岐，集合后乘渡船沿杉尾川上船出海。
十一点，山本和伊东、伊集院入宫谒见，取得了“大海令第一号”命令发布的许可，命令如下：
我们认为俄国的行动已表现出了敌意，帝国舰队将采取行动：
一，联合舰队司令长官和第三舰队司令长官计划歼灭俄国在东亚的舰队；
二，联合舰队立即出发，首先消灭黄海方面的俄国舰队；
三，第三舰队立即占领镇海湾，警戒朝鲜海峡。
天皇询问与俄国断绝邦交一事如何进行衔接，山本回答舰队的实际攻击将在断交通告发出进行。天皇陷入了沉思。海军军令部编写的《明治37-38年海战秘史》记述道：“陛下沉思良久，终于点头同意……”
“大海令第一号”已由军令部参谋山下源太郎分别送达第三舰队参谋长中村静嘉大佐和东乡司令长官手上。山本于下午一点三十分发电通知片冈和东乡：下午五点打开“大海令第一号”。小村预定于下午两点给栗野发断交指示电，“大海令”的开封时间据此确定。
接着山本向各镇守府司令、重要港口司令发出了作战命令，并指示在佐世保与韩国西南岸八口浦、对马与韩国镇海湾之间铺设海底电线。又指示伊东、东乡、片冈对行动及目的要做好保密工作，命令京城的海军武官吉田增次郎少佐切断义州府和元山津以北的电话线，阻断俄国与韩国的联络。
下午两点，小村给栗野去电：“将要给你去电四封，其中五零、五一、五二号内容基本一致。在将此电报和五三号公文一同递交拉姆斯道夫后，你和大使馆人员立即离开彼得堡，前往柏林待命，递交电报和公文的同时，通知敖德萨领事馆的全体人员，立即前往维也纳待命。”紧随着预告电报（五四号），五零至五三号电报开始发送。五零至五二号电报即最后通告文，内容是：为保证日本的康宁和安全，韩国的独立及领土完整不可欠缺，为此与俄国进行了多番交涉，俄方毫无诚意，因此决定终止徒劳的谈判。帝国政府为了保护帝国的自身权益，将保留采取最适当的独立行动的权利。
第五三号电是断交通告：“目前，保持与俄国政府的外交关系对日本而言已无价值，决定自即日起与俄断绝外交关系。”
剩下就是等待栗野告知离开彼得堡的时间了。
东京与彼得堡之间有七个小时的时差。发报时间是2月5日下午两点，即彼得堡时间5日上午七点，按惯例，电报将在彼得堡时间上午十点发送完毕。但是小村的电报是通过驻德公使井上胜之助的，因此栗野收到电报已是晚上。
栗野看完指示撤离的预告电报已经知道要断交了，但当晚有一个尼古拉二世举办的招待会，无法缺席，栗野只能先去会场，准备晚些时候等电报全部处理完毕再行递交。因为要保密，电报是指定发给栗野的，栗野是带着电报密码出席招待会的。
栗野回忆说：“当我出现在会场时，引来了各国外交官的瞩目，开始还以为自己多心了，但看了俄国外相、陆相、海相等人的神情，显然有不平常的事，但电报和密码都没有泄露，到底何事令我如此狼狈呢，毫无头绪。”期间清国公使询问是不是要发生了什么大事了，法国代理公使也搭话说马上要出大事了吧，栗野均摇头否认，心中却闪过一丝不安。栗野摸着口袋里的电报，想起了维特曾说过破解了日本外交密码的话，再结合场内的气氛和公使们的询问，他感到“密码危机”恐怕是真实存在的了。
沙皇尼古拉二世的态度也令人回味。英国公使问栗野：“今晚沙皇陛下和阁下说了好长时间的话，有什么特别内容么？”确实沙皇展现了以往不曾有的殷勤，笑着谈论日本的事、聊着栗野的事，感觉似乎很愉快。
栗野后来才知道日本外交密码被破译的事。但当晚，栗野带着“无法理解”的疑惑回到使馆，赶紧着手翻译电报。
2月6日，临时派遣队于零点登船完毕，三艘运输船在黑暗的河口静静地等待着。
凌晨一点，佐世保联合舰队旗舰“三笠”号的舰桥上信号灯闪起：“各队指挥官、舰长到旗舰集合”。数十条汽艇从各个方向聚往“三笠”号，以第二舰队司令上村彦之丞中将为首的各战队司令、舰长、参谋挤满了将官室。
联合舰队司令东乡平八郎宣读了敕令和大海令第一号：“……我们确认俄国政府对东亚和平毫无诚意……保证清韩两国领土完整对我日本的独立自主至关重要，鉴于此，朕决定授命政府断绝与俄交涉并采取自卫行动捍卫我国的利益……”
接着朗读了山本海相的训令，训令更明确地说明了此次战争的目的：“帝国为了保护在韩利益和在满州的既得权益，不得不采取这次自卫行动。”
随后东乡颁布了《联合舰队密令第102号》：“联合舰队奉谕，六日出港，隐蔽行动急速赶至黄海，击破旅顺及仁川方面的敌人，同时，掩护前往占领韩国京城的陆军先遣队在仁川或牙山附近登陆。”
命令是前一天起草的，原本计划在起草当天传达，因为修正的原因拖到现在，原因就是陆军至今尚未确定登陆地点。
第十三章 旅顺口和仁川（二）
东乡从安全角度考虑，决定避开仁川，因为仁川有俄国巡洋舰“瓦良格”号和炮舰“朝鲜人”号，而其南面的牙山则没有敌人。但陆军方面却表示反对。牙山至京城行军需要四天，加上佐世保至牙山两天的运输时间，差不多接近一周。时间太长，担心京城出现变化。如果在仁川登陆，次日即可进入京城，因此主张“冒险”。东乡虽判断牙山是合适的登陆地点，但考虑到陆军的期望，决定尽可能协助在仁川登陆，所以命令中两个地点都列上了，并在第六项中规定，由第四战队瓜生司令负责制定实施仁川方面的作战计划。
根据《联合舰队密令第102号》，联合舰队主力分成两队并各负使命。
原来的舰队编成是：第一舰队辖第1、第3战队、第1、第2、第3驱逐舰队、第1、第14鱼雷艇队；第二舰队辖第2、第4战队、第4、第5驱逐舰队、第9、第20鱼雷艇队。