如果清国接受以上条款，俄国将撤军把满州完全交还清国，并且奉天省内的牛庄、凤凰城、沙开子、辽阳立刻撤离；吉林省内的吉林城、伊通州、宽城子、没沙子、它赖照等地四个月内撤离；吉林省内的宁古塔、阿什开、黑龙江省内的齐齐哈尔、海拉尔等地一年内撤离。
很明显，《交收满州条约》规定的第三期撤军期限10月8日即将到期，俄国为此抛出了这个提案。
内田康哉从陶大均处获悉此事，9月8日，总理外务大臣庆亲王向内田通报：“为平稳应对此次俄国提出的要求，我国考虑如在10月8日第三期撤兵期限之前予以拒绝，恐怕给俄方延迟撤军的口实，故准备就个别条款进行承诺，视10月8日撤军执行情况再做下一步交涉。”
内田忠告庆亲王，先不要急着回复俄方，待他向东京请示后再做决定。但是庆亲王并没有明确表态，内田担心庆亲王已经答应俄国的要求了。当晚，陶大均向内田转达了庆亲王的话，准备拒绝延期撤军和在齐齐哈尔至布拉戈维申斯克沿线设置车站的条款，在万不得已的情况下，可以接受再延期四个月撤军。
内田又仔细地审读了俄方的新要求，得出了这样一个印象：“新要求措辞巧妙，足可欺骗思想简单的清国人，最终结果将比之前条约优越许多，本意就要将满州置于其统治之下。”内田告诉陶大均俄方新要求严重侵害了清国的主权和各国利益，决不能对俄松口。“如果庆亲王不顾日本政府的劝告向俄国妥协，那将引发大事件，我就不得不离开这里了！”听闻似有断交之意，陶大均脸色苍白地走了。
内田在小村的指示下，于9月10日照会庆亲王，正式提出严重抗议。庆亲王答应不对俄方做任何妥协。
两天后，湖广总督张之洞作为庆亲王的使者拜访了内田，提出日本撤回抗议，等10月8日到期再议，内田予以拒绝。
小村同时向英美两国通报了俄国提出撤军新要求的情况，英美两国也开始向清国政府施压。在三国共同干涉下，庆亲王终于于9月15日向雷萨尔发出通告：“清国政府希望俄国立即按照交收满州条约的约定撤军，关于新要求，等待撤军完成后再行商议。”俄方拒不执行第二期撤军，又在第三期撤军期限当口提出新要求，清国已经对俄彻底不信任了。然而清国政要从心底里对俄有着深深的恐惧感，这也对今后事态的发展产生着影响。
俄国正在满州各地强化军备，石光真清也在哈尔滨加紧打探俄军的动向。
来自布拉戈维申斯克和满州里的情报显示俄军正在加速南下，辽阳报告大兵营已完成过半，奉天报告俄军部队在增加。
前往菊地照相馆的各色日本人都注意到了俄国人加强战备的举动，感到非常不安。八月底在从大连踏上旅俄旅程的工兵总监上原勇作少将担负着收集交通，特别是铁路运输能力的相关情报的任务，邮船会社社长近藤廉平也开始调查日本军队的对满运输能力。石光真清利用情报网进行了分析，推测以当前速度，俄军将于一年后在满州拥有大规模兵力。
俄国扩充满州军备的指挥所此时就在远东总督府所在地旅顺口。9月5日阿列克谢耶夫从符拉迪沃斯托克回来之后便着手安排相关事宜。
根据海军军令部第三局伊集院俊大尉的探查，旅顺口的兵力迅速集结膨胀，旧市街东面的兵营附近添设了帐篷营房，驻扎了七八千人，加上之前的守备部队，数量达到了两万人左右。湾口防卫炮台的建设正加紧推进，特别是背面的阵地构筑考虑得很周到，松树山的炮台下临铁路，依山丘而建，形成一巨大碉堡，易守难攻。港口疏浚后已可使两三千吨级的军舰驶入内港停泊，将来甚至能收容整个太平洋舰队。
阿列克谢耶夫于九月中旬来到了菊地照相馆旅顺口分店拍摄总督就职纪念照，正巧石光真清也在旅顺口，他和店长田中幸三郎一同接待了总督。拍完照，阿列克谢耶夫与石光握手致谢并邀请他参观近日举行的舰队演习。
数日后，舰队演示实施，正对大海的黄金山、鸡冠山炮台进行了实弹射击，港内的军舰换成了近黑色的涂装，港口架设了防御栅栏，明显是在做战争准备。
9月16日的俄文《关东报》记述：“现时事态下，满州撤军已不可能实施，日本已表现出对俄敌对态度，而且满州的秩序尚不能完全恢复……日本舆论毫无和平解决之意，充斥着与俄开战的论调，说明日本正在加紧战备。”确实，日本的舆论一片沸腾。以法学七博士（东京帝国大学教授富井政章、寺尾亨、金井延、户水宽人、高桥作卫、小野塚喜平次和东京高等商业学校教授中村进午）的主战论、“对俄同志会”的强硬论为首，各界层对俄开战的呼声越来越高。
日俄交涉虽然确定了交涉地点设在东京，但俄方迟迟没有音信，这种状态也使得舆论朝向强硬化上发展。9月22日，俄国终于有所反应，而这一天恰好桂太郎内阁又进行了改组。改组是大臣专务，即去掉兼职，任命贵族院议员久保田让为文相、司法总务长波多野敬直为法相、警视总监大浦兼武为邮相。大臣专务的任命意味着行政调整的完成，而废除文部省也显示了“官僚间的对抗”。
当天，罗森造访了小村，告知小村他将前往旅顺口与阿列克谢耶夫总督商议对案，总督已派巡洋舰“留里克”号到长崎接他。
同一时间以“阿斯科尔德”号巡洋舰为首的13艘军舰从符拉迪沃斯托克前往旅顺口参加演习，这一消息又进一步刺激了日本的舆论。
在日本红十字医院工作的外籍医师贝尔茨在日记中记录了当时日本普通民众的兴奋心态：“在前往宫下的车上，几个时髦年轻人的对话显示了日本民间对俄情绪已经逐渐失控，他们认为政府必须对俄宣战，否则将会引发内乱，甚至危及天皇的地位。这帮年轻人太感情用事，丝毫没有考虑到战争的严酷和战争带来的严重后果。日本媒体的态度也在推波助澜，一味强调战争迫在眉睫，认为交涉时机已过，只能依靠武器来解决问题，却丝毫未提及现实与困难。”面对急迫的现实，开战的气氛愈发浓烈，俄国方面的情况和日本差不多，深思熟虑的人很少。
9月26日，罗森乘“阿斯科尔德”号抵达旅顺口，随即与阿列克谢耶夫进行了会谈。
罗森提出的分析如下：日本下定决心要将韩国置于其完全监管之下；日本以保全清韩两国独立完整和机会均等为由，取得了英美等国在精神上和外交上的支持，而俄国却缺乏类似援助；日本担心俄国在为加强军备争取时间，很可能会发出最后通牒，甚至扬言发动攻击；唯一合理的解决办法是俄国巩固满州，放弃韩国。
而阿列克谢耶夫的回忆录里却这样记载着罗森的论调：强调龙岩里租界问题、清国对撤军新要求问题都因为日本的干涉而遭遇挫折，因此对日方针应该调整，在满州问题充分解决后再与日本交涉，不与清国以外的国家交涉满州问题，日本如在北韩寻求落脚点则必须武力干涉，必须让日本放弃野心。阿列克谢耶夫表示赞同并于9月28日发电报向尼古拉二世请示，电报中对在北韩行动做出了具体方略：如日军登陆朝鲜半岛，俄海军应立即执行海上封锁，远东总督府将实施紧急动员。电报最后指出：“依臣等所见，如要取得对日谈判的成功，必须让日本充分认识到我们为保护满州利益不惜动武的决心。”