其民族来源，尚无定论。多数研究者认为，广义上的马来人其祖先约在5000年前从亚洲内陆逐渐南下，迁至中南半岛，并经马来半岛(一说经安达曼群岛)进入苏门答腊岛，然后往东扩散到爪哇、加里曼丹、苏拉威西和菲律宾群岛，往西扩散到马达加斯加岛。这种迁徙浪潮持续数千年之久。一般按迁徙时间先后大体分为两种：原始马来人(包括古马来人)和新马来人。原始马来人迁徙的时间，约在公元前3000～前1000年，社会发展水平较低；新马来人迁徙的时间约在公元前2～公元16世纪，已受到印度、中国和阿拉伯文化的影响，社会发展水平较高。各地马来人在其分布地区均留下人数众多的后裔，不同程度地与当地居民发生混合以及相互混合，已发展为许多个具有不同族称的民族。

马来人自何处来，历史学界尚无定论。但主要有二种说法，起源于马来群岛的爪哇岛或来自缅甸、云南。

1、马来群岛起源说

马来群岛起源说的支持有J.Crawfurd, K.Himly, Sutan Takdir Alisjahbana和Gorys Keraf等。

以下是马来群岛起源说的论据

马来人和爪哇人在19世纪都有很高的文化。能达到这种成就只有不断发展的本土古老文化才能达到。以此说名马来人并非来自任何地方。而是土生土长。

K.Himly 不同意马来语与柬埔寨语相似。认为二语相似只是表面印象，没有足够理据。通过比较语言学判定马来语属于南岛语系的马来-玻里尼西亚语族，而柬埔寨语属于南亚语系孟-高棉语族。除了部分词汇发音表面相似但意义却不同之外，两者截然不同。

爪哇岛发现的梭罗猿人[6]（马来文：Homo Soloinensis）和维杰人[7]（马来文：Homo Wajakensis）化石表明马来人是马来群岛起源，可能马来人就是来自爪哇岛。

马来群岛各族的语言与中亚属于印欧语系的语言有异。

马来群岛起源论在世界范畴得到了多数人的支持。

2、缅甸、云南起源说

缅滇起源说主要的支持者有R.H Geldern, J.H.C Kern, J.R Foster, J.R Logen, Slametmuljana 和Asma Haji Omar等。

缅滇起源说的依据如下：

在马来群岛发现的古老斧头，与中亚的某些地区类似，说明有中亚居民移民马来群岛。（但移民只是一部分，不能代表所有）

马来族的风俗与Assam地区类似（Assam是印度与缅甸之间的地区）。（事实上马来文化受南亚文化、印度文化的影响是中古时期的事，但同时马来文化也影响着缅甸、孟-高棉的文化）

马来语与柬埔寨语相似（实际上这种说法是没有根据的，比较语言学判定两者属于两种不同的语系），而柬埔寨人又被认为来自于缅甸、云南、孟加拉等地，云南的一部分移民沿着湄公河南下到柬埔寨。

缅滇起源说并没有被广大人群所接受，马来西亚的中学历史课本中都介绍马来人起源于本土和移民的融合。依此学说，马来人的祖先分为本土系和移民系，而缅滇起源说只能证明移民的那部分。二批移民在不同年代从缅甸、云南等地迁移到马来群岛。这二批移民的祖先分别称为缅甸人及云南人，统称为混血马来人（马来文：Melayu Deutro），而本土的爪哇马来人被称为原始马来人（马来文：Melayu Proto〕。

原始马来人及混血马来人又合称南岛人（马来文:Indonesian[5]），二者的文化为新石器时代的文化。南岛人其实是最后移入的人群。之前迁入的有澳洲种人（英文：Australoid），尼利多人（英文：Negrito）和美拉尼西亚人（英文：Melanesoid）。

阿埃塔人

阿埃塔人（Aeta），是菲律宾的少数民族之一。人口约5万(2001年)。主要分布在吕宋岛北部山区，比科尔半岛（Bicol）以及棉兰老、民都洛、巴拉望、班乃和内格罗斯等岛的山林地带。属赤道人种尼格利陀类型，被认为属于矮黑人或原始马来人（身高1.4米），分阿塔人、巴塔科人、杜马加特人、马曼雅人、帕拉兰人等支系。属澳大利亚尼格利陀人种，近人口约6.2万。身材矮小，肤色暗黑，毛发鬈曲。原有自己的语言，无文字；后改说马来语。信仰万物有灵。

阿埃塔人的祖先是在旧石器时代后期由亚洲大陆迁来的。后来部分被同化，部分退居山林，分布地区日益缩小。有凿齿和刻肤习俗。以二三十人为单位组成群体，在一定地区内流动，从事采集和渔猎；部分从事刀耕火种农业，种植旱稻、玉米等。

原有自己的语言，无文字；后改说马来语。信仰万物有灵。阿埃塔人的祖先是在旧石器时代后期（即二三万年前）由亚洲大陆迁来的。后来部分被同化，部分退居山林，分布地区日益缩小。有凿齿和刻肤的习俗。从事采集和渔猎；部分从事刀耕火种农业，种植旱稻、玉米等。其体貌特征是身材矮小，皮肤黑色或深棕色，毛发卷曲，鼻子小，眼睛棕黑色。南宋赵汝适《诸蕃志》称之为“海胆”人。

阿埃塔人被认为是菲律宾的最早居民之一，早于后来的包括他加卢人在内的所有南岛人。居住在北吕宋的阿埃塔人也被称为“Pugut”或者“Pugot”。这是他们附近的伊洛卡诺人对他们的称呼，在伊洛卡诺语里面，这个词的含义为“森林精灵”。

阿埃塔人的起源至今还在争论，一种观点认为其祖先是在旧石器时代后期（当时菲律宾尚于亚洲大陆相连）由亚洲大陆经过迁来的。阿埃塔人和后来移入的南岛人不同，在西班牙殖民时期，他们始终拒绝改变，最终部分被同化，部分逐渐退居山林。随着当地采矿，林业生产的发展，阿埃塔人的人数和分布地区日益缩小，人均寿命也不足20岁。

阿埃塔人相信万物有灵，有凿齿和刻肤的习俗，从事采集和渔猎；部分从事刀耕火种农业，种植旱稻、玉米等。以二三十人为一组狩猎。在一定区域内流动，

阿埃塔人原本有属于自己与众不同的语言，没有文字，但是随着马来种族对阿埃塔人所居住地区进一部的扩张，阿埃塔人逐步和他们融合，他们的语言也逐步被南岛人所同化，现在在阿埃塔人所讲的南岛语言中残留了一些阿埃塔语的底层成分，从这些底层词汇来看可能和新几内亚的土著语言，马来群岛的塞芒语可能有一些千丝万缕的联系。其后改说马来语。