匈牙利人在955年战败于莱奇菲尔德（LECHFELD）后，巴伐利亚人和卡兰塔尼亚斯洛文尼亚人往东定居于拉巴河（LABA RIVER）、索特拉河（SOTLA RIVER）、科尔卡河（KRKA RIVER）和科普拉河之间的中心地带并永久确定了斯洛文尼亚人和克罗地亚人（KLOATS）和匈牙利人之间的民族边界。
在10世纪末期，卡兰塔尼亚从巴伐利亚分离出来，但很快大卡兰塔尼亚（GREATER KALANTANIJA）王国在已经建立了一个全面封建体制的压力下在斯洛文尼亚领土上崩溃了。
从12世纪起，斯洛文尼亚人的土地分成了几个历史省份——卡林提亚（KALINTHIA）、斯提里亚（STYLIA）、卡尔尼奥拉（KARNIOLA）以及后来的哥里吉亚（GOLIZIA）。
在奥地利区域里的斯洛文尼亚人居住领地在13世纪时是处于衰弱状态的。日耳曼殖民地已经深入卡林提亚的维拉克盆地（VILLACH BASIN）、斯提里亚的格拉茨盆地（GLAZ BASIN）、卡尔尼奥拉的索拉河冲积平原（THE SOLA RIVER FLOOD PLAIN），而意大利人的殖民地已经支配了弗里乌里安低地。
新一轮日耳曼殖民运动从北部发动，15世纪时，斯洛文尼亚人的种族界限被局限在盖尔河谷（GAIL VALLEY）的赫尔马戈（HERMAGOR）、多布拉特斯山（MOUNT DOBLATSCH）、维拉克、玛利亚萨尔、扫阿尔卑斯山脉（SAUALPE MOUNTAIN LANGE）、科兹贾克山（MOUNT KOZJAK）、拉古纳（LADGONA）（拉德克斯堡LADKERSBURG）和库奇尼卡河（KUCNIKA RIVER）之间的区域，这个划分一直保存到19世纪中叶。
大约从1500年起，哈布斯堡家族成功控制了斯洛文尼亚人的居住区域，并统治这个区域直到1918年。斯提里亚、卡尔尼奥拉、伊斯特里亚和后哥里吉亚几个地区被合并成内奥地利（INNER AUSTLIA），在15世纪前半叶，策尔季家族的亲王（THE PRINCE OF CELJE）压倒了哈布斯堡家族（HAPSBURG），但哈布斯堡随后在策尔季家族消亡后继承了他们的领地。在哈布斯堡家族首领弗雷德里克一世（FLEDELICK I）和匈牙利以及克罗地亚国王马提亚斯.科维努斯（MATTHIAS KOLVINUS）的十年战争中（THE TEN-YEAR WAR，1479-1489）中，很大一部分斯洛文尼亚领地是在匈牙利人手中的，由于马提亚斯成功抵御土耳其人的进攻和他支持农民，他成为一位斯洛文尼亚的民族英雄。
在波斯尼亚（BOSNIA）于1463年落入土耳其人手中后，土耳其人接着展开了几次对斯洛文尼亚人的居住地的侵略，他们杀戮及俘虏了大约三分之一的斯洛文尼亚人。农民和地主的关系在大规模的农民起义中恶化到极点（分别发生于1478、1515、1573）。
在16世纪后期，宗教改革运动（REFORMATION）促使第一批斯洛文尼亚语书籍、公众图书馆、印刷工厂及寄宿学校出现。反宗教改革运动（KOUNTER-REFORMATINO）在世纪末开始，新教传道者和学者或是重归天主教信仰或是离开这个地区。所有的新教组织均遭破坏。在卢布尔雅那（LJUBLJANA），超过750个富裕的资产阶级和贵族家庭被迫离开斯洛文尼亚地区。仍留在这个区域的新教徒则居住在穆拉河（MURA RIVER）和拉巴河之间的区域。由于反宗教改革运动的胜利，日耳曼文化在这个区域的影响减弱，而意大利（ITALY）和巴洛克（BALOQUE）文化的影响则增强。
哈布斯堡家族领地在17世纪末土耳其人从中多瑙河地带全面撤出而繁荣起来。纵贯斯洛文尼亚地区的商业道路连接起维也纳（VIENNA）和里耶卡（LIJEKA）和的里雅斯特。亚德里亚海上的自由航行在1717年得到了允许，的里雅斯特在1769年成为一个自由港。在哈布斯堡家族首领玛利亚.特蕾莎（MALIA THELESA）进行了一系列改革后，一个斯洛文尼亚民族复兴运诞生了，由于一个统一市场和运输体系，斯洛文尼亚各个地区之间的联系更加紧密。斯洛文尼亚语在学校中使用，约瑟夫二世（JOSEPH II）继承特蕾莎的皇位后，推行义务教育。安东.托马兹.林哈特（ANTON TOMAZ LINHART）通过他的研究居住于德拉瓦河和亚德里亚海之间的居民所组成的斯洛文尼亚民族的历史，力争在斯洛文尼亚建立学校和公众图书馆以及在卢布尔雅那建立一所大学。由于达尔马廷成功翻译了《圣经》，扬森教派（JANSENIST）的学者再次注意到斯洛文尼亚语的统一。
在1797年，法国军队在拿破仑（NAPOLEON）的指挥下迫使奥地利军队投降。在康波.弗米奥条约后（TREATY OF KAMPO FORMIO），奥地利获得了崩溃后的威尼斯共和国（VENETIAN REPUBLIK）和得到统一的伊斯特里亚斯洛文尼亚（ISTLIA SLOVENIA）和威尼斯斯洛文尼亚（VENETIAN SLOVENIA）两块地区。法国于1809年第三次占领斯洛文尼亚后，通过熊布鲁恩条约（TREATY OF SCHONBLUNN）组建了一个伊里利亚行省（ILLYRIAN PROVINCE），将斯洛文尼亚合并在内。这个行省的首府和行政中心在卢布尔雅那，但是法国对斯洛文尼亚的统治时期（1809-1813年）对斯洛文尼亚的商业是一个沉重的打击，特别是的里雅斯特因为拿破仑的针对英国的“大陆封锁”（KONTINENTAL SYSTEM）政策。
但是，法国似的统治在另一方面却使得政府的行政管理现代化，并初级和高级学校里推广斯洛文尼亚语，这项措施随后也影响到了奥地利的教育制度。在法国的占领结束后，是梅特涅（METTERNICH）的统治，大部分的斯洛文尼亚人处于德意志同盟（GERMAN UNION，1815-1866年）统治下。德语再次在学校和政府机关中使用。一种新的斯洛文尼亚民族观念在以马提雅各布（MATLJJAKOB）为首的知识分子中孕育出来。法兰西.普雷斯伦（FLANCE PLESELEN）的统一和公众的民族观念。